【摘要】：熱激蛋白是從細(xì)菌到高等真核生物中普遍存在的一種在受到環(huán)境脅迫的響應(yīng)后迅速合成的蛋白。因?yàn)樾》肿訜峒さ鞍椎姆肿恿科毡樵?0k Da左右,故稱為HSP20。借助番茄基因組數(shù)據(jù)庫,利用生物信息學(xué)方法對(duì)HSP20基因家族進(jìn)行鑒定及分析,結(jié)果表明,番茄中至少含有43個(gè)HSP20基因,不均勻的分布在番茄的12條染色體上。通過對(duì)茄科植物番茄、辣椒、馬鈴薯HSP20進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn),三者存在同源關(guān)系。對(duì)HSP20基因啟動(dòng)子序列分析發(fā)現(xiàn)多個(gè)響應(yīng)植物糖代謝和逆境脅迫的順式作用元件,包括SURE、W-box等。基于RNA-Seq數(shù)據(jù)庫中2種測(cè)序番茄(Heinz1706和pimpinellifolium)的表達(dá)分析發(fā)現(xiàn),大多數(shù)家族成員在果實(shí)發(fā)育時(shí)期表達(dá)量高,在其他組織中的表達(dá)量相對(duì)較低。這些研究結(jié)果為鑒定番茄HSP20基因的進(jìn)化及其功能奠定了基礎(chǔ)。
[Abstract]:Heat shock protein (HSPs) is a rapidly synthesized protein from bacteria to higher eukaryotes, which is rapidly synthesized in response to environmental stress. Because the molecular weight of small heat shock protein is generally about 20k Da, it is called HSP20.. With the help of tomato genome database and bioinformatics method, the HSP20 gene family was identified and analyzed. The results showed that there were at least 43 HSP20 genes in tomato, which were unevenly distributed on 12 chromosomes of tomato. Phylogenetic analysis of tomato, capsicum and potato HSP20 showed that there was a homologous relationship among them. HSP20 gene promoter sequence analysis revealed several cis-acting elements, including SURE,W-box, that respond to plant glucose metabolism and stress. Based on the analysis of the expression of two kinds of sequenced tomato (Heinz1706 and pimpinellifolium) in RNA-Seq database, it was found that the expression of most family members was high during fruit development, but relatively low in other tissues. These results laid a foundation for identifying the evolution and function of tomato HSP20 gene.
【作者單位】： 沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院/設(shè)施園藝省部共建教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/遼寧省設(shè)施園藝重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31672138)
【分類號(hào)】：S641.2

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本文編號(hào)：2264161