【摘要】：LAZY1基因?qū)τ谥参锓种嵌�、分枝方向具有重要影響。以沙柳為試�?yàn)材料克隆LAZY1基因,利用生物信息學(xué)軟件分析LAZY1基因序列、構(gòu)建進(jìn)化樹,并預(yù)測蛋白結(jié)構(gòu)。結(jié)果表明,SpsLAZY1a和SpsLAZY1b的CDS全長分別為1 161、1 143bp,分別編碼386和380個(gè)氨基酸。生物信息學(xué)分析表明SpsLAZY1a、SpsLAZY1b2種蛋白均為親水性蛋白,均無信號肽區(qū)域。氨基酸序列具有IGT基因家族典型結(jié)構(gòu)域,并且其C端有LAZY1蛋白的典型EAR結(jié)構(gòu)。系統(tǒng)發(fā)育樹將18個(gè)LAZY1蛋白家族聚為2個(gè)大類,SpsLAZY1a和SpsLAZY1b屬于其中第1類,均為雙子葉植物,并與其他植物具有較高相似性。氨基酸同源結(jié)構(gòu)比對發(fā)現(xiàn)這些植物間既有相似同源區(qū)域,也存在一定差異區(qū)域。單子葉比雙子葉植物缺少某些同源區(qū)域,草本比木本植物又缺少某些同源區(qū)域。LAZY1基因在沙柳進(jìn)化過程中發(fā)生基因重復(fù),本研究由沙柳中成功克隆SpsLAZY1a、SpsLAZY1b基因,隸屬IGT基因家族,并初步揭示LAZY基因的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系。
[Abstract]:LAZY1 gene plays an important role in branching angle and branching direction. The LAZY1 gene was cloned from Salix willow and the sequence of LAZY1 gene was analyzed by bioinformatics software to construct the evolutionary tree and predict the protein structure. The results showed that the CDS length of SpsLAZY1a and SpsLAZY1b was 1161 BP and 380 amino acids, respectively. Bioinformatics analysis showed that all SpsLAZY1a,SpsLAZY1b2 proteins were hydrophilic and had no signal peptide region. The amino acid sequence has the typical domain of IGT gene family, and its C-terminal has the typical EAR structure of LAZY1 protein. In phylogenetic tree, 18 LAZY1 protein families were grouped into two large classes, SpsLAZY1a and SpsLAZY1b, belonging to the first group, both dicotyledonous plants, and highly similar to other plants. The comparison of amino acid homology revealed that there were not only similar homologous regions but also some difference regions among these plants. Monocotyledon lacks some homologous regions than dicotyledonous plants, and herbaceous plants lack some homologous regions. LAZY1 gene repeats during the evolution of Salix willow. In this study, SpsLAZY1a,SpsLAZY1b gene was cloned from Salix wilfordii and belonged to IGT gene family. The phylogenetic relationship of LAZY gene was revealed.
【作者單位】： 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)林學(xué)院;
【基金】：國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31360187) 林木遺傳育種國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室(中國林業(yè)科學(xué)研究院)開放課題(TGB2015001)
【分類號】：S793.9

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：2226119