【摘要】：為了揭示花分生組織決定基因AP1(APETALA1)的分子機制以及物種間的進化關(guān)系,從GenBank數(shù)據(jù)庫挑選8個不同植物AP1基因編碼序列,利用R軟件分別計算GC含量、有效密碼子數(shù)(Effective number of codons,ENC)、同義密碼子相對使用度(Relative synonymous codon usage,RSCU)、相對密碼子使用偏好性(Relative codon usage bias,RCBS)等參數(shù),分析比較不同植物AP1基因密碼子使用模式中密碼子偏好性和堿基組成動力學。結(jié)果表明,不同植物AP1基因密碼子使用受到GC偏好性(GCbias)影響,特別是GC3s;大多數(shù)最優(yōu)密碼子偏好使用以A/U結(jié)尾,其中不同植物AP1基因中ACA、AUA和CAG均表現(xiàn)為較高的RSCU值,為最優(yōu)勢密碼子;芍藥(Paeonia lactiflora)和牡丹(Paeonia suffruticosa)AP1基因的密碼子使用特點相似,碧桃(Prunus persica)和蘋果(Malus×domestica)相似;較低的最優(yōu)密碼子頻率Fop值和較高的ENC值暗示了不同植物AP1基因在密碼子使用中具有一個較弱的偏好性。
[Abstract]:In order to reveal the molecular mechanism of flower meristem determinant gene AP1 (APETALA1) and the evolutionary relationship between species, eight different plant AP1 gene coding sequences were selected from GenBank database and GC content was calculated by R software. Effective codon number (Effective number of codons,ENC), synonymous codon relative usage degree (Relative synonymous codon usage,RSCU) and relative codon usage preference (Relative codon usage bias,RCBS) were analyzed and compared in different plant AP1 codon usage patterns. The results showed that the codon use of AP1 gene in different plants was influenced by GC preference (GCbias), especially in GC3s; most of the optimal codon preference ended with A / U, in which ACA,AUA and CAG in different plant AP1 genes showed higher RSCU values. The codon usage characteristics of (Paeonia lactiflora) and peony (Paeonia suffruticosa) AP1 genes were similar, while that of (Prunus persica) and Malus 脳 domestica were similar. The lower optimal codon frequency Fop value and higher ENC value suggest that different plant AP1 genes have a weak preference for codon use.
【作者單位】： 揚州大學動物科學與技術(shù)學院;揚州大學園藝與植物保護學院江蘇省作物遺傳生理重點實驗室;
【基金】：國家自然科學基金項目(31372097,31400592) 江蘇省高校自然科學研究重大項目(13KJA210005)
【分類號】：Q943.2

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