【摘要】：目的采用生物信息學(xué)的方法篩選骨肉瘤組織差異表達基因,并探討其與患者預(yù)后的關(guān)系。方法收集骨肉瘤組織及其配對癌旁正常組織標(biāo)本各4例份,采用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)篩選兩種組織中的差異表達基因,并進行基因本體(GO)功能顯著性富集分析。在癌癥和腫瘤基因圖譜骨肉瘤數(shù)據(jù)庫中選擇258例份骨肉瘤組織標(biāo)本,采用Kaplan-Meier曲線分析富集于生物學(xué)過程的差異表達基因?qū)颊呱鏁r間的影響。結(jié)果骨肉瘤及其癌旁正常組織存在差異表達基因875個,其中表達上調(diào)的基因346個、表達下調(diào)的基因529個。GO功能顯著性富集分析共識別出14個有意義的類型;在6個生物學(xué)過程類型中,差異表達基因主要富集于外源性代謝過程、細胞黏附、細胞外基質(zhì)組成、類固醇代謝過程等;在8個細胞成分類型中,差異表達基因主要富集于細胞外體、細胞外空間、膠原三聚體、核小體等。258例份骨肉瘤組織中,還原酶1(NQO1)基因高表達233例份、低表達25例份,NQO1基因高表達、低表達患者生存時間分別為(2 763±15)、(1 568±13)d,二者比較P0.01;醛脫氫酶3族A1(ALDH3A1)基因高表達233例份、低表達25例份,ALDH3A1基因高表達、低表達患者生存時間分別為(2 725±11)、(1 421±14)d,二者比較P0.01;其余基因表達情況對患者的生存時間均無明顯影響(P均0.05)。結(jié)論采用生物信息學(xué)的方法篩選出骨肉瘤組織差異表達基因875個,主要富集于生物學(xué)過程和細胞成分類型;其中NQO1、ALDH3A1基因低表達提示患者預(yù)后不良。
[Abstract]:Objective to screen differentially expressed genes in osteosarcoma by bioinformatics and to explore the relationship between differential expression and prognosis of osteosarcoma. Methods four specimens of osteosarcoma and 4 matched normal tissues were collected, and the differentially expressed genes were screened by transcriptome sequencing technique, and the functional enrichment of gene proprioception (GO) was analyzed. Two hundred and fifty-eight specimens of osteosarcoma from cancer and tumor gene map were selected and the effect of differentially expressed genes enriched in biological process on the survival time of patients was analyzed by Kaplan-Meier curve. Results there were 875 differentially expressed genes in osteosarcoma and its adjacent normal tissues, including 346 up-regulated genes and 529 down-regulated genes. A total of 14 significant types were identified by functional enrichment analysis. The survival time of the patients with low expression was (2 763 鹵15), (1 568 鹵13) d, compared with that of P0.01.The aldehydes dehydrogenase 3 group A1 (ALDH3A1) gene was overexpressed in 233 cases, and the low expression of ALDH3A1 gene was found in 25 cases. The survival time of the patients with low expression was (2 725 鹵11), (1 421 鹵14) d, compared with that of P0.01.The other gene expression had no significant effect on the survival time of the patients (all P 0. 05). Conclusion 875 differentially expressed genes in osteosarcoma tissues were screened by bioinformatics, which were mainly concentrated in biological processes and cell types, among which the low expression of NQO1 / ALDH3A1 gene suggested poor prognosis in patients with osteosarcoma.
【作者單位】： 云南省腫瘤醫(yī)院;
【分類號】：R738.1

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