發(fā)布時間：2018-07-12 16:47

  本文選題：黑曲霉 + TRK基因家族�。� 參考：《基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)》2017年11期

【摘要】：TRK是一種與鉀離子吸收轉(zhuǎn)運相關(guān)的基因,在調(diào)節(jié)生物體生命活動方面起著重要的作用。本研究建立在黑曲霉(Aspergillus niger)基因組數(shù)據(jù)庫基礎(chǔ)上,利用生物信息學(xué)手段鑒定黑曲霉TRK基因家族成員,分析其基因結(jié)構(gòu)特征和系統(tǒng)進化關(guān)系;并利用MEGA 6.06軟件,采用最大似然法(MLT)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹;使用PAL2NAL軟件進行da/ds估算,利用GSDS 2.0軟件進行基因結(jié)構(gòu)分析,MEME程序進行Motif分析。在黑曲霉基因組中共鑒定TRK基因家族4個成員:An Trk1、An Trk2、An Trk3、An Trk4,發(fā)現(xiàn)均含有TRK特征結(jié)構(gòu)域和保守的Motif基序,不同基因間結(jié)構(gòu)差異較大,但聚類關(guān)系較近的基因其結(jié)構(gòu)相似。黑曲霉中TRK基因家族成員在基因結(jié)構(gòu)特征等方面與酵母存在著顯著差異,親緣關(guān)系和蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析進一步驗證了這個結(jié)論,因此推斷黑曲霉中TRK基因還存在其他的調(diào)節(jié)途徑,這個結(jié)論為進一步研究黑曲霉TRK滲透脅迫相關(guān)蛋白功能、作用機制提供理論依據(jù),從而為了解黑曲霉的滲透調(diào)節(jié)機理奠定基礎(chǔ)。
[Abstract]:TRK is a gene related to the absorption and transport of potassium ions, which plays an important role in regulating biological activities. Based on the (Aspergillus niger) genomic database of Aspergillus Niger, this study identified the members of Aspergillus Niger (Aspergillus niger) gene family by bioinformatics, analyzed its gene structure and phylogenetic relationship, and used MEGA6.06 software. The phylogenetic tree was constructed by maximum likelihood method (MLT), da/ds was estimated by PAL2NAL software, and motif analysis was carried out by GSDS2.0 program. In the genome of Aspergillus Niger, four members of TRK gene family: an Trk1An Trk2An Trk3An Trk3An Trk4 were identified. It was found that TRK characteristic domains and conserved motif were found in all genes. TRK gene family members in Aspergillus Niger have significant differences with yeast in gene structure and other aspects. The analysis of genetic relationship and protein interaction network further verifies this conclusion. Therefore, it is concluded that there are other regulatory pathways of TRK gene in Aspergillus Niger. This conclusion provides a theoretical basis for further study on the function and mechanism of TRK osmotic stress related protein in Aspergillus Niger. So as to understand the mechanism of Aspergillus Niger osmotic regulation laid a foundation.
【作者單位】： 江西科技師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院江西省生物加工過程重點實驗室;
【基金】：國家自然科學(xué)基金(31171731) 國家863計劃(31460447) 江西省贛鄱555英才工程(3000039703) 江西省生物加工重點實驗室和體外診斷試劑及儀器協(xié)同創(chuàng)新中心共同資助
【分類號】：Q933

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本文編號：2117800