發(fā)布時間：2018-05-30 09:23

  本文選題：桃 + NAC轉(zhuǎn)錄因子�。� 參考：《江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué)》2017年22期

【摘要】：從11個桃品種嫩葉中分別提取基因組DNA,根據(jù)GDR數(shù)據(jù)庫中NAC基因序列信息,設(shè)計特異引物,PCR擴增,對產(chǎn)物克隆測序。然后,使用DNAman軟件進行核苷酸和氨基酸序列比對,使用ORF Finder獲得開放閱讀框和推導(dǎo)氨基酸序列,使用CDD工具進行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域分析,利用Blastp工具搜索同源蛋白,采用Mega軟件繪制系統(tǒng)進化樹。結(jié)果發(fā)現(xiàn),NAC蛋白第16~140位存在1個NAC結(jié)構(gòu)域,N端比較保守,C端則多樣性比較高;核苷酸變異有SNP和Indel 2類,津柳早紅和小白桃在第3外顯子區(qū)SNP和Indel變異數(shù)量非常多,說明這2個品種的NAC基因結(jié)構(gòu)具有獨特性。蛋白比對發(fā)現(xiàn),桃NAC與梅同源性最高,其次是鴨梨;進化樹體現(xiàn)了物種的親緣關(guān)系。結(jié)果表明,參試品種NAC基因存在比較豐富的遺傳多樣性,在保守區(qū)內(nèi)的氨基酸變異可能影響蛋白的功能。
[Abstract]:Genomic DNAs were extracted from tender leaves of 11 peach cultivars. According to the sequence information of NAC gene in GDR database, specific primers were designed for PCR amplification, and the products were cloned and sequenced. Then, nucleotide and amino acid sequence alignment was carried out with DNAman software, open reading frame and deduced amino acid sequence were obtained by ORF Finder, protein domain was analyzed by CDD tool, homologous protein was searched by Blastp tool. Mega software is used to draw the phylogenetic tree. The results showed that the N-terminal diversity of the N-terminal of one NAC domain was relatively high, and the nucleotide mutations were SNP and Indel 2, and the number of SNP and Indel mutations in exon 3 of Jinliusaonghong and Xiaobai peach were very large. The results showed that the NAC gene structure of the two cultivars was unique. Protein comparison showed that peach NAC had the highest homology with plum, followed by Yali pear, and the phylogenetic tree reflected the phylogenetic relationship of the species. The results showed that there was abundant genetic diversity in the NAC gene, and the amino acid variation in the conserved region might affect the function of the protein.
【作者單位】： 天津農(nóng)學(xué)院園藝園林學(xué)院;
【基金】：天津市應(yīng)用基礎(chǔ)與前沿技術(shù)研究計劃一般項目(編號:14JCYBJC30100) 天津市科技型中小企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新資金(編號:14ZXCXNC00063) 天津市高等學(xué)�？萍及l(fā)展基金(編號:20130617) 國家大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓(xùn)練計劃(編號:201410061007) 天津市2014年度“131”創(chuàng)新型人才培養(yǎng)工程 天津市高校第二批“優(yōu)秀青年教師資助計劃”
【分類號】：S662.1

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本文編號：1954771