草魚GH基因3′部分序列多態(tài)性與生長性狀及肌肉成分的相關(guān)性分析
本文選題:草魚 + GH基因; 參考:《水產(chǎn)學(xué)報(bào)》2017年09期
【摘要】:為了解草魚GH基因多態(tài)性與早期生長性狀及肌肉成分的相關(guān)性,實(shí)驗(yàn)利用直接測(cè)序法從156尾草魚GH基因的3′部分序列中共篩選到9個(gè)變異位點(diǎn)(分別命名為SNP1~SNP9:G2825A、G2914T、T2966G、A3002T、T3022C、A3301G、C3463T、C3547T、C3620T)。卡方檢驗(yàn)結(jié)果顯示,9個(gè)位點(diǎn)均未顯著偏離Hardy-Weinberg平衡,且均表現(xiàn)為中等多態(tài)性(0.25PIC0.5);經(jīng)連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn),SNP3、SNP4和SNP5位點(diǎn)為一組完美連鎖不平衡,SNP2、SNP7、SNP9位點(diǎn)為一組完美連鎖不平衡;GH基因3′部分序列5個(gè)位點(diǎn)單倍型分析共發(fā)現(xiàn)6種單倍型,其中Hap1(30.4%)所占的比例最高,Hap6(4.8%)所占比例最低。利用GLM及多重比較對(duì)草魚GH基因中9個(gè)SNPs多態(tài)性與早期生長性狀和肌肉成分進(jìn)行相關(guān)性分析,發(fā)現(xiàn)SNP2和SNP3位點(diǎn)的純合突變型在體質(zhì)量、體長和粗脂肪性狀上均顯著高于野生型和雜合突變型;在雙倍型分析時(shí)得出了相似的結(jié)果,同時(shí)含有SNP2和SNP3位點(diǎn)純合突變的雙倍型組合在生長和粗脂肪性狀上均顯著性高于其他組合。研究表明,草魚GH基因中SNP2和SNP3位點(diǎn)與早期生長性狀及肌肉成分存在顯著性相關(guān),可作為草魚生長及肉質(zhì)改良的候選輔助分子標(biāo)記,并且為進(jìn)一步對(duì)相關(guān)變異位點(diǎn)的功能驗(yàn)證奠定研究基礎(chǔ)。
[Abstract]:In order to understand the relationship between GH gene polymorphism and early growth traits and muscle composition of grass carp, nine mutation sites were selected from 156 grass carp GH gene by direct sequencing (named SNP1: SNP9: G2825AG2914T, T2966GN, A3002T, T3022CA3301G, C3463T, C3547T, C3620T, respectively. The results were as follows: (1) in order to understand the relationship between GH gene polymorphism and early growth traits and muscle composition, nine mutation loci were selected from 156 grass carp GH genes (named SNP1: SNP9: G2825AG2914T1, respectively. The results of chi-square test showed that none of the 9 loci deviated significantly from the Hardy-Weinberg equilibrium. By linkage disequilibrium analysis, it was found that SNP3SNP4 and SNP5 loci were a group of perfect linkage disequilibrium (SNP2SNP7SNP9) loci, which were a group of perfect linkage disequilibrium genes. Six haplotypes were found by haplotype analysis of 5 loci in the 3 'partial sequence of GH gene. The proportion of Hap1 + 30.4) was the highest and the lowest was Hap64.8. Nine SNPs polymorphisms in GH gene of grass carp were analyzed by GLM and multiple comparisons. The homozygous mutants of SNP2 and SNP3 were found in vivo. The body length and crude fat were significantly higher than those of wild type and heterozygous mutant. The diploid combinations with homozygous mutations at both SNP2 and SNP3 loci were significantly higher than other combinations in growth and crude fat traits. The results showed that the SNP2 and SNP3 loci in the GH gene of grass carp were significantly correlated with the early growth traits and muscle composition, and could be used as candidate assistant molecular markers for growth and meat quality improvement of grass carp. It also lays a foundation for further research on functional verification of related mutation sites.
【作者單位】: 上海海洋大學(xué)省部共建水產(chǎn)種質(zhì)資源發(fā)掘與利用教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】:現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系專項(xiàng)(CARS-46-04) 上海市工程中心提升項(xiàng)目(16DZ2281200) 通威產(chǎn)學(xué)研項(xiàng)目(TW2014F003)~~
【分類號(hào)】:S917.4
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,本文編號(hào):1903068
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