本文選題：Lasso + 基因表達(dá)譜　； 參考：《廣西師范學(xué)院學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版)》2016年04期

【摘要】：如何從腫瘤基因表達(dá)譜成千上萬(wàn)個(gè)基因中提取與疾病相關(guān)的信息基因,已成為腫瘤分類問(wèn)題的研究核心.該文介紹了Lasso回歸,以公開(kāi)的結(jié)腸癌數(shù)據(jù)集為分析對(duì)象,采用信噪比指標(biāo)對(duì)基因排序過(guò)濾無(wú)關(guān)基因.然后利用R軟件中求解Lasso的程序包msgps和glmnet進(jìn)行降維,從而選擇出信息基因.與前人研究結(jié)果比較,說(shuō)明了Lasso回歸的有效性.該文的算法利用R軟件實(shí)現(xiàn),代碼公開(kāi),操作簡(jiǎn)單.
[Abstract]:How to extract disease-related information genes from thousands of genes in tumor gene expression profile has become the core of tumor classification. In this paper, Lasso regression is introduced. The published data set of colon cancer is used as an analysis object, and the SNR index is used to filter the unrelated genes in gene sequencing. Then the dimension is reduced by using msgps and glmnet, which can solve Lasso in R software, and then the information gene is selected. Compared with previous studies, the validity of Lasso regression is demonstrated. The algorithm is implemented by R software, the code is open and the operation is simple.
【作者單位】： 廣西師范學(xué)院數(shù)學(xué)與統(tǒng)計(jì)科學(xué)學(xué)院;
【基金】：混合與缺失數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析廣西高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室科學(xué)基金開(kāi)放項(xiàng)目(GXMMSL201407) 廣西高校科學(xué)技術(shù)研究項(xiàng)目(KY2015YB190)
【分類號(hào)】：R73-3

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2 黃海燕;;高矮胖瘦由你說(shuō)[J];大眾科技;1999年08期

3 張樹(shù)波;賴劍煌;;基于融合信息的癌癥相關(guān)基因選擇方法[J];計(jì)算機(jī)科學(xué);2010年12期

4 姬翔;王安文;;一種基于SVM和相關(guān)性的基因選擇方法[J];計(jì)算機(jī)應(yīng)用與軟件;2007年06期

5 黃海燕;;胖瘦將由你掌握——人類未來(lái)飲食的重大變革[J];大科技;1999年05期

6 游偉;李樹(shù)濤;譚明奎;;基于SVM-RFE-SFS的基因選擇方法[J];中國(guó)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)報(bào);2010年01期

7 石修權(quán);王增珍;;多因子降維法在評(píng)價(jià)代謝酶基因-基因-環(huán)境交互作用中的應(yīng)用[J];環(huán)境與健康雜志;2010年12期

8 丁劍濤,黃濤,李蘭英,范鈺,沈巖,吳冠蕓;FMR1基因在人胚胎組織中的選擇剪接表達(dá)[J];中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院學(xué)報(bào);1997年04期

9 孟超;;“瘋狂基因”:進(jìn)化的動(dòng)力?[J];中國(guó)新聞周刊;2011年46期

10 李鈞濤;賈英民;;PCD型自適應(yīng)彈性網(wǎng)絡(luò)在微陣列分類中的應(yīng)用[J];智能系統(tǒng)學(xué)報(bào);2010年03期

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2 張春美;;守望生命,關(guān)注人的尊嚴(yán)——基因倫理的若干熱點(diǎn)問(wèn)題[A];中國(guó)的遺傳學(xué)研究——中國(guó)遺傳學(xué)會(huì)第七次代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)討論會(huì)論文摘要匯編[C];2003年

3 李卉卉;袁谷;;血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(VEGF)基因啟動(dòng)子區(qū)G-四鏈體識(shí)別的研究[A];第六屆全國(guó)化學(xué)生物學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要集[C];2009年

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4 姬翔;基于SVM的多病類診斷基因選擇方法研究[D];西安電子科技大學(xué);2005年

5 吳希賢;基于優(yōu)化算法的基因選擇與癌癥分類[D];湖南大學(xué);2008年

6 劉申嶺;基于SVM的基因選擇[D];西安電子科技大學(xué);2004年

7 陸燕;基于啟發(fā)式聚類的混合特征基因選擇方法研究[D];湖南大學(xué);2010年

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本文編號(hào)：1901112