本文選題：肌萎縮側(cè)索硬化 + 差異表達(dá)　； 參考：《華中科技大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版)》2016年03期

【摘要】：目的從分子水平揭示肌萎縮側(cè)索硬化(ALS)的發(fā)病機(jī)制,為臨床診療提供新工具。方法在GEO中檢索ALS患者芯片數(shù)據(jù),使用BRB-Array Tools、GSEA、GOEAST、TOPPGENE等生物信息學(xué)工具進(jìn)行統(tǒng)合分析。結(jié)果對GSE56808和GSE26276兩個(gè)樣本集進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘,發(fā)現(xiàn)6個(gè)共同差異表達(dá)基因,并進(jìn)行樣本層次聚類,功能富集主要集中在氧化應(yīng)激、鈣代謝障礙、炎癥反應(yīng)、血管生成、線粒體代謝、其它神經(jīng)系統(tǒng)退行性疾病、PI3K/AKT通路、P38MAPK通路、NOTCH通路等模塊上。利用多種分類預(yù)測工具構(gòu)建出一個(gè)包含6個(gè)特征基因的最優(yōu)化分類器,基本可用于區(qū)分ALS患者和健康對照組。結(jié)論利用多種生物信息學(xué)方法從不同的角度定義了ALS患者分子發(fā)病機(jī)制的表達(dá)特征,為進(jìn)一步的生物學(xué)探索提供了依據(jù)。
[Abstract]:Objective to reveal the pathogenesis of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) at molecular level and to provide a new tool for clinical diagnosis and treatment. Methods the data of ALS patients were retrieved in GEO, and the bioinformatics tools, such as BRB-Array tools, BRB-Array tools, GOEAST, TopPGENE and so on, were used for integrative analysis. Results six common differentially expressed genes were found in GSE56808 and GSE26276 samples, and cluster was carried out at sample level. The function enrichment was mainly focused on oxidative stress, calcium metabolism disorder, inflammatory reaction, angiogenesis and mitochondrial metabolism. Other neurodegenerative diseases include PI3 K / AKT pathway, P38 MAPK pathway, NOTCH pathway and other modules. An optimal classifier consisting of six characteristic genes was constructed by using a variety of classification and prediction tools, which can be used to distinguish ALS patients from healthy controls. Conclusion various bioinformatics methods are used to define the expression characteristics of molecular pathogenesis in patients with ALS from different angles, which provides a basis for further biological exploration.
【作者單位】： 華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院附屬同濟(jì)醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科;華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院附屬同濟(jì)醫(yī)院血液內(nèi)科;
【基金】：國家自然科學(xué)基金青年基金資助項(xiàng)目(No.81400122)
【分類號(hào)】：R744.8

【參考文獻(xiàn)】

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【共引文獻(xiàn)】

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【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

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【相似文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1855344