鹽角草PsaH基因的克隆及生物信息學(xué)分析
本文選題:鹽角草 + SePsaH基因 ; 參考:《新疆農(nóng)業(yè)科學(xué)》2017年09期
【摘要】:【目的】從鹽生植物鹽角草(Salicornia europaea)中克隆得到一個(gè)參與光合反應(yīng)光系統(tǒng)I(PSI)復(fù)合蛋白H亞基的Psa H基因,分析該基因進(jìn)行生物信息學(xué),為研究該基因的作用奠定基礎(chǔ)并為改良作物耐鹽性分子育種提供候選基因。【方法】以鹽生植物鹽角草為實(shí)驗(yàn)材料,采用RT-PCR方法克隆Psa H基因,利用NCBI、MEGA、Expasy等生物信息學(xué)工具對(duì)其核酸序列、編碼的氨基酸序列及蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能進(jìn)行分析。【結(jié)果】克隆得到一個(gè)與耐鹽有關(guān)的基因,命名為Se Psa H,屬于光系統(tǒng)I(PSI)家族H亞基成員,其開放閱讀框(ORF)為438 bp,基因編碼145個(gè)氨基酸,預(yù)測(cè)蛋白分子量為15.3 k D,等電點(diǎn)9.84,是親水性蛋白;系統(tǒng)進(jìn)化樹分析表明其與菠菜親緣關(guān)系較近,通過對(duì)該蛋白保守性分析發(fā)現(xiàn)其含有4個(gè)保守性結(jié)構(gòu)域!窘Y(jié)論】獲得鹽角草Se Psa H基因,為進(jìn)一步研究該基因耐鹽功能及其在鹽生植物耐鹽機(jī)制中的作用提供了基礎(chǔ)。
[Abstract]:[objective] to clone a Psa H gene from Salicornia europaea, a complex protein H subunit involved in photosynthetic response light system, and analyze the gene for bioinformatics.In order to study the role of this gene and to provide candidate genes for improving crop salt-tolerant molecular breeding. [methods] Psa H gene was cloned by RT-PCR with halophytic plant halophytes as experimental material.The nucleic acid sequence, encoded amino acid sequence and the structure and function of protein were analyzed by bioinformatics tools such as NCBI MEGAGA-Expasy. [results] A salt-tolerant gene was cloned.Se Psa H, a member of H subunit of the light system Igna PSI family, is an open reading frame (ORF) of 438bp. the gene encodes 145 amino acids, the predicted protein molecular weight is 15.3kD, and the isoelectric point is 9.84. it is a hydrophilic protein.Phylogenetic tree analysis showed that it was closely related to spinach. The conserved protein contained four conserved domains. [conclusion] se Psa H gene was obtained.It provides a basis for further studying the salt tolerance function of the gene and its role in the mechanism of salt tolerance in halophytes.
【作者單位】: 新疆農(nóng)業(yè)科學(xué)院核技術(shù)生物技術(shù)研究所;
【基金】:新疆維吾爾自治區(qū)自然科學(xué)基金項(xiàng)目“堿蓬SsPSI基因提高轉(zhuǎn)基因煙草耐旱性的研究”(2015211A028) 新疆農(nóng)業(yè)科學(xué)院優(yōu)秀青年科技人才基金“鹽生植物鹽角草耐鹽基因的發(fā)掘與功能研究”(xjnky-2012-003)~~
【分類號(hào)】:Q943.2;S156.4
【相似文獻(xiàn)】
相關(guān)期刊論文 前10條
1 張科;張道遠(yuǎn);王雷;張立運(yùn);田長(zhǎng)彥;;自然生境下鹽角草的離子吸收-運(yùn)輸特征[J];干旱區(qū)研究;2007年04期
2 張科;張道遠(yuǎn);王雷;張立運(yùn);田長(zhǎng)彥;;自然生境下鹽角草的生物學(xué)特征及其影響因子[J];干旱區(qū)地理;2007年06期
3 聶玲玲;馮娟娟;呂素蓮;江萍;范鵬祥;臺(tái)方;李銀心;;真鹽生植物鹽角草對(duì)不同氮形態(tài)的響應(yīng)[J];生態(tài)學(xué)報(bào);2012年18期
4 王慶亞,劉敏,張守棟,劉俊,劉友良;鹽脅迫對(duì)鹽角草種子萌發(fā)與幼苗生長(zhǎng)效應(yīng)的研究[J];江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué);2002年02期
5 ;最耐鹽堿的植物[J];新農(nóng)業(yè);2005年09期
6 張梅茹;馬金彪;姚銀安;張選;肖薪龍;;鹽角草(Salicornia europaea)對(duì)NaCl處理的生理響應(yīng)[J];中國沙漠;2014年02期
7 尹海龍;田長(zhǎng)彥;任婧;陳春秀;黃建;;土壤氮、鹽濃度對(duì)鹽角草(Salicornia europaea)生長(zhǎng)發(fā)育及氮素吸收的影響[J];中國沙漠;2014年05期
8 周峰;周泉澄;華春;陳全戰(zhàn);;Na_2CO_3和NaCl處理對(duì)鹽角草生長(zhǎng)和抗氧化酶活性的影響[J];安徽農(nóng)業(yè)科學(xué);2007年36期
9 白雪源,陳香美,邱強(qiáng);人腎高親和力鈉離子依賴性二羧酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因的克隆和生物信息學(xué)分析[J];中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào);2002年04期
10 陳曉華;蔡國平;;人致肺纖維化相關(guān)因子的克隆和生物信息學(xué)分析[J];生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展;2006年07期
相關(guān)會(huì)議論文 前10條
1 史秀玲;李銀心;;鹽角草(Salicomia europaea L.)體外再生體系的建立[A];全國作物生物技術(shù)與誘變技術(shù)學(xué)術(shù)研討會(huì)論文摘要集[C];2005年
2 賈虎森;許亦農(nóng);;鹽生生物柴油原料植物的生物學(xué)研究——鹽濃度對(duì)鹽角草生長(zhǎng)及產(chǎn)油量的影響[A];生態(tài)健康與循環(huán)經(jīng)濟(jì)——第二屆中國生態(tài)健康論壇文集[C];2005年
3 華春;丁春霞;周峰;周泉澄;毛善國;;鹽角草不同溶劑提取物抗氧化活性研究[A];2013全國植物生物學(xué)大會(huì)論文集[C];2013年
4 呂慧穎;李銀心;陳華;劉晶;李平;楊慶凱;;鹽角草與耐鹽相關(guān)的Na~+/H~+逆向轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因SeNHX1[A];中國植物學(xué)會(huì)七十周年年會(huì)論文摘要匯編(1933—2003)[C];2003年
5 唐愛發(fā);余振東;桂耀庭;郭新;李賢新;周錦堂;朱輝;蔡志明;;SPACA4基因在人和小鼠的表達(dá)及其生物信息學(xué)分析[A];遺傳學(xué)進(jìn)步與人口健康高峰論壇論文集[C];2007年
6 劉惠君;譚宇蓉;劉持;向陽;屈飛;秦曉群;;BRS-3相互作用新基因的生物信息學(xué)分析及功能研究[A];湖南省生理科學(xué)會(huì)2008年度學(xué)術(shù)年會(huì)論文摘要匯編[C];2008年
7 黃浩;陸啟軒;陳臨溪;楊莉;毛小環(huán);李蘭芳;秦旭平;曹建剛;;APJ受體的生物信息學(xué)分析[A];全國第十二屆生化與分子藥理學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文集[C];2011年
8 陳大清;吳功慶;李亞男;;淹水脅迫下薏苡根系adh基因的克隆及其生物信息學(xué)分析[A];2005'海峽兩岸植物生理與分子生物學(xué)教學(xué)研討會(huì)論文集[C];2005年
9 田琪琳;施定基;賈曉會(huì);王曉燕;黃希文;何培民;;真核藻PEPC的生物信息學(xué)分析[A];中國藻類學(xué)會(huì)第八次會(huì)員代表大會(huì)暨第十六次學(xué)術(shù)討論會(huì)論文摘要集[C];2011年
10 易樂飛;閻斌倫;王萍;滕亞娟;周向紅;;條斑紫菜HSP70基因克隆與生物信息學(xué)分析[A];慶祝中國藻類學(xué)會(huì)成立30周年暨第十五次學(xué)術(shù)討論會(huì)摘要集[C];2009年
相關(guān)博士學(xué)位論文 前4條
1 韓和平;鹽角草(Salicornia europaea L.)SePSY和SeLCY基因克隆及功能分析[D];中國科學(xué)院研究生院(植物研究所);2006年
2 陳蕾;原始蛋白酶結(jié)構(gòu)功能的生物信息學(xué)分析及化學(xué)基礎(chǔ)[D];山東師范大學(xué);2009年
3 蘇志熙;幾種哺乳動(dòng)物表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)生物信息學(xué)分析[D];浙江大學(xué);2006年
4 趙佳媛;靈長(zhǎng)類二氧化碳感知通路相關(guān)基因的進(jìn)化及生物信息學(xué)分析[D];復(fù)旦大學(xué);2010年
相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條
1 魏夢(mèng)浩;新疆艾丁湖鹽角草生物學(xué)特征及其異型種子的特性[D];新疆農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年
2 張瑩瑩;運(yùn)城鹽湖鹽角草的生物學(xué)特征及其影響因子[D];山西師范大學(xué);2012年
3 李肖芳;應(yīng)用蛋白質(zhì)組學(xué)方法研究鹽角草(Salicornia europaea L.)的抗鹽性[D];中國科學(xué)院研究生院(植物研究所);2006年
4 徐永盛;鹽角草高親和K~+轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因的表達(dá)調(diào)控[D];大連理工大學(xué);2012年
5 楊蓓;豬TTV1-ORF1和TTV2-ORF1基因的克隆、表達(dá)及生物信息學(xué)分析[D];石河子大學(xué);2015年
6 張?zhí)旌?果蠅miRNA-92a進(jìn)化保守性及其靶基因功能的生物信息學(xué)分析[D];南京師范大學(xué);2015年
7 智倩;一株桿菌產(chǎn)脂肪酶基因的克隆及生物信息學(xué)分析[D];大連工業(yè)大學(xué);2013年
8 陳晨;基于文獻(xiàn)挖掘的前列腺癌蛋白組學(xué)差異表達(dá)蛋白的生物信息學(xué)分析[D];華北理工大學(xué);2016年
9 徐冉;紫球藻Lhc基因的克隆及其生物信息學(xué)和表達(dá)分析[D];遼寧師范大學(xué);2016年
10 謝秒秒;紅三葉草壞死花葉病毒外殼蛋白的表達(dá)、純化及生物信息學(xué)分析[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2016年
,本文編號(hào):1739835
本文鏈接:http://sikaile.net/kejilunwen/jiyingongcheng/1739835.html