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鹽角草PsaH基因的克隆及生物信息學(xué)分析

發(fā)布時(shí)間:2018-04-12 12:51

  本文選題:鹽角草 + SePsaH基因 ; 參考:《新疆農(nóng)業(yè)科學(xué)》2017年09期


【摘要】:【目的】從鹽生植物鹽角草(Salicornia europaea)中克隆得到一個(gè)參與光合反應(yīng)光系統(tǒng)I(PSI)復(fù)合蛋白H亞基的Psa H基因,分析該基因進(jìn)行生物信息學(xué),為研究該基因的作用奠定基礎(chǔ)并為改良作物耐鹽性分子育種提供候選基因。【方法】以鹽生植物鹽角草為實(shí)驗(yàn)材料,采用RT-PCR方法克隆Psa H基因,利用NCBI、MEGA、Expasy等生物信息學(xué)工具對(duì)其核酸序列、編碼的氨基酸序列及蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能進(jìn)行分析。【結(jié)果】克隆得到一個(gè)與耐鹽有關(guān)的基因,命名為Se Psa H,屬于光系統(tǒng)I(PSI)家族H亞基成員,其開放閱讀框(ORF)為438 bp,基因編碼145個(gè)氨基酸,預(yù)測(cè)蛋白分子量為15.3 k D,等電點(diǎn)9.84,是親水性蛋白;系統(tǒng)進(jìn)化樹分析表明其與菠菜親緣關(guān)系較近,通過對(duì)該蛋白保守性分析發(fā)現(xiàn)其含有4個(gè)保守性結(jié)構(gòu)域!窘Y(jié)論】獲得鹽角草Se Psa H基因,為進(jìn)一步研究該基因耐鹽功能及其在鹽生植物耐鹽機(jī)制中的作用提供了基礎(chǔ)。
[Abstract]:[objective] to clone a Psa H gene from Salicornia europaea, a complex protein H subunit involved in photosynthetic response light system, and analyze the gene for bioinformatics.In order to study the role of this gene and to provide candidate genes for improving crop salt-tolerant molecular breeding. [methods] Psa H gene was cloned by RT-PCR with halophytic plant halophytes as experimental material.The nucleic acid sequence, encoded amino acid sequence and the structure and function of protein were analyzed by bioinformatics tools such as NCBI MEGAGA-Expasy. [results] A salt-tolerant gene was cloned.Se Psa H, a member of H subunit of the light system Igna PSI family, is an open reading frame (ORF) of 438bp. the gene encodes 145 amino acids, the predicted protein molecular weight is 15.3kD, and the isoelectric point is 9.84. it is a hydrophilic protein.Phylogenetic tree analysis showed that it was closely related to spinach. The conserved protein contained four conserved domains. [conclusion] se Psa H gene was obtained.It provides a basis for further studying the salt tolerance function of the gene and its role in the mechanism of salt tolerance in halophytes.
【作者單位】: 新疆農(nóng)業(yè)科學(xué)院核技術(shù)生物技術(shù)研究所;
【基金】:新疆維吾爾自治區(qū)自然科學(xué)基金項(xiàng)目“堿蓬SsPSI基因提高轉(zhuǎn)基因煙草耐旱性的研究”(2015211A028) 新疆農(nóng)業(yè)科學(xué)院優(yōu)秀青年科技人才基金“鹽生植物鹽角草耐鹽基因的發(fā)掘與功能研究”(xjnky-2012-003)~~
【分類號(hào)】:Q943.2;S156.4

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本文編號(hào):1739835

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