珙桐轉(zhuǎn)錄因子DiMYB1基因的生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2018-04-02 23:33
本文選題:DiMYB 切入點(diǎn):珙桐 出處:《北方園藝》2017年02期
【摘要】:利用生物信息學(xué)方法對前期通過轉(zhuǎn)錄組測序獲得的珙桐DiMYB1基因編碼蛋白序列進(jìn)行分析,為后續(xù)DiMYB1基因的功能鑒定和調(diào)控研究奠定基礎(chǔ)。結(jié)果表明:DiMYB1蛋白全長924bp,編碼307個(gè)氨基酸,相對分子量為35kDa,為親水性蛋白。DiMYB1屬于R2R3-MYB蛋白家族,含有1個(gè)信號肽結(jié)構(gòu)和2個(gè)功能結(jié)構(gòu)域,亞細(xì)胞定位預(yù)測該基因位于細(xì)胞核的可能性是91.3%。系統(tǒng)進(jìn)化樹分析表明,其與柿樹MYB2轉(zhuǎn)錄因子的同源性最高,相似度為84%。
[Abstract]:Bioinformatics was used to analyze the coding protein sequence of DiMYB1 gene of Davidia involucrata by transcriptional sequencing, which laid a foundation for the functional identification and regulation of DiMYB1 gene.The results showed that the total length of the protein was 924 BP, encoding 307 amino acids, and the relative molecular weight was 35 kDa.DiMYB1 was a hydrophilic protein belonging to the R2R3-MYB family, which contained a signal peptide structure and two functional domains.The possibility of subcellular localization predicting that the gene is located in the nucleus is 91. 3%.Phylogenetic tree analysis showed that it had the highest homology with MYB2 transcription factors and the similarity was 84%.
【作者單位】: 中南林業(yè)科技大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;
【基金】:中南林業(yè)科技大學(xué)博士后科研基金資助項(xiàng)目(0490016);中南林業(yè)科技大學(xué)青年基金資助項(xiàng)目(QJ201512)
【分類號】:S792.99
【相似文獻(xiàn)】
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本文編號:1702632
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