本文選題：鴨疫里默氏菌　切入點(diǎn)：基因組測(cè)序　出處：《四川農(nóng)業(yè)大學(xué)》2016年碩士論文

【摘要】：鴨疫里默氏菌病作為感染雛鴨的主要細(xì)菌性疾病,給養(yǎng)鴨業(yè)造成了巨大的經(jīng)濟(jì)損失。防控鴨疫里默氏菌感染主要通過(guò)疫苗免疫接種和藥物防治。由于鴨疫里默氏菌血清型種類繁多,且各血清之間無(wú)交叉免疫性,極大地限制了疫苗在防控鴨疫里默氏菌感染上的應(yīng)用;因此生產(chǎn)上主要依靠藥物防控,但由于藥物使用的不規(guī)范,造成鴨疫里默氏菌耐藥情況越來(lái)越嚴(yán)重,呈現(xiàn)多重耐藥現(xiàn)象。研究表明細(xì)菌的耐藥表型是由其含有的抗性基因共同作用的結(jié)果。為從分子角度研究鴨疫里默氏菌的耐藥機(jī)制,研究選取生產(chǎn)上各個(gè)省市送檢病料分離鑒定細(xì)菌,并對(duì)分離得到的細(xì)菌做耐藥情況檢測(cè),從中篩選多重耐藥菌株,提取基因組使用高通量測(cè)序并進(jìn)行生物信息學(xué)分析,初步從分子水平揭示其耐藥機(jī)制與耐藥表型的關(guān)系。這些為進(jìn)一步深入研究鴨疫里默氏菌的耐藥機(jī)制奠定了基礎(chǔ)。研究首先將四川、北京、廣東、海南、廣西、吉林、貴州、江蘇等八個(gè)省市規(guī)�；B(yǎng)鴨場(chǎng)送檢疑似鴨疫里默氏菌感染病料剖檢,剖檢后呈現(xiàn)纖維素性滲出物包膜覆蓋于心臟、肝臟等器官以及腦膜充血等典型癥狀。無(wú)菌挑取發(fā)病鴨的肝臟和腦,接種于鴨血瓊脂平板上并在37℃燭缸中培養(yǎng),最后根據(jù)菌落形態(tài)并通過(guò)鑒別培養(yǎng)基篩選疑似鴨疫里默氏菌菌株,最后使用Biolog全自動(dòng)微生物生化以及PCR鑒定分離得到的菌株。然后使用K-B藥敏紙片擴(kuò)散法檢測(cè)分離菌株藥物敏感情況,篩選出耐藥較嚴(yán)重20株臨床菌株。實(shí)驗(yàn)室鑒定結(jié)果顯示其中15株為鴨疫里默氏菌,為更準(zhǔn)確的了解這15株鴨疫里默氏菌的耐藥情況,實(shí)驗(yàn)選取10類抗生素中具有代表性的24種藥物通過(guò)微量肉湯稀釋法檢測(cè)其M1C值；MIC結(jié)果顯示15株鴨疫里默氏菌分離菌株均表現(xiàn)多重耐藥,RCAD0122是其中耐藥情況最為嚴(yán)重(即耐藥水平最高和耐藥譜最廣)的一株菌。為從分子角度初步研究鴨疫里默氏菌的耐藥機(jī)制,提取這15株RA的基因組送樣進(jìn)行高通量測(cè)序,序列組裝并依據(jù)NCBI基因組注釋原則(Prokaryotic Genome Annotation Pipeline)進(jìn)行注釋,通過(guò)修正軟件對(duì)注釋結(jié)果進(jìn)行修正,以減少錯(cuò)誤的出現(xiàn)。對(duì)測(cè)序得到的基因組數(shù)據(jù)首先使用抗性基因鑒定數(shù)據(jù)庫(kù)和耐藥基因簇?cái)?shù)據(jù)庫(kù)鑒定RCAD0122株基因組中所含抗性基因及多重耐藥基因簇：然后將所有注釋的抗性基因及其上下游基因在NCBI上進(jìn)行序列比對(duì),篩選可能的抗性基因。結(jié)果發(fā)現(xiàn)RCAD0122株中含有與紅霉素、氨基糖苷類、β-內(nèi)酰胺類、氟喹諾酮類、林可胺類、磺胺類、萬(wàn)古霉素等抗性相關(guān)基因及多個(gè)多重耐藥外排泵；并在該菌株中發(fā)現(xiàn)了一個(gè)多重耐藥基因簇。根據(jù)RCAD0122株所含全部與抗性相關(guān)基因在全基因組中的位置及長(zhǎng)度使用SnapGene軟件構(gòu)建抗性基因結(jié)構(gòu)圖；最后將RCAD0122與ATCC11845菌株中所含抗性基因及耐藥表型進(jìn)行比較分析,分析所含抗性基因與耐藥表型的關(guān)系,初步從分子水平揭示了鴨疫里默氏菌的耐藥機(jī)制。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S852.61

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本文編號(hào)：1678431