發(fā)布時(shí)間：2018-03-01 17:37

  本文關(guān)鍵詞： 櫻桃谷鴨 microRNA 毛囊 高通量測(cè)序　出處：《安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)》2016年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：羽絨性狀是鴨重要的經(jīng)濟(jì)性狀之一。羽毛發(fā)育受多種因素的影響,其中遺傳因素發(fā)揮重要作用。miRNA可通過調(diào)節(jié)基因表達(dá)進(jìn)而影響羽毛發(fā)育。本研究通過對(duì)櫻桃谷鴨胚胎期不同發(fā)育階段毛囊發(fā)育miRNA表達(dá)譜的研究,從mi RNA水平上揭示影響羽毛發(fā)育遺傳調(diào)控的關(guān)鍵分子,為鴨羽毛發(fā)育的遺傳機(jī)理提供科學(xué)理論基礎(chǔ)。試驗(yàn)選取櫻桃谷鴨胚胎期E11、E15、E20和出雛1d皮膚樣品(每時(shí)期3個(gè)重復(fù)),建立各時(shí)期mi RNA表達(dá)譜文庫,同時(shí)選取差異表達(dá)miRNA進(jìn)行qRT-PCR驗(yàn)證,miRNA與羽毛發(fā)育有關(guān)基因的相關(guān)性采用SAS9.4簡(jiǎn)單相關(guān)性分析。與雞miRBase數(shù)據(jù)庫比對(duì),共獲得已知miRNAs 337個(gè),其中差異表達(dá)的miR NA為216個(gè)。新miRNAs 93個(gè)。根據(jù)表達(dá)特征,可將差異表達(dá)miRNA分為8種類型。根據(jù)miRNA在測(cè)序數(shù)據(jù)庫中的表達(dá)量,篩選出7個(gè)高表達(dá)miRNA,可能與羽毛發(fā)育調(diào)控相關(guān),KEGG Pathway分析共獲得12條信號(hào)通路,其中包括Notch信號(hào)通路、磷脂酰肌醇信號(hào)通路等一些參與毛囊發(fā)生發(fā)育的信號(hào)通路。由此可見,Notch等一些明確參與毛囊發(fā)育的信號(hào)通路和甘油酯代謝等一些脂質(zhì)合成代謝途徑可能與羽毛的品質(zhì)相關(guān)。為驗(yàn)證數(shù)據(jù)庫的準(zhǔn)確性,選定已知數(shù)據(jù)庫中兩個(gè)差異表達(dá)的miRNAs和一個(gè)差異表達(dá)的新miRNA通過qRT-PCR表達(dá)分析不同時(shí)期的相對(duì)表達(dá)水平,定量結(jié)果與mi RNA表達(dá)譜結(jié)果具有較高的一致性。為探索數(shù)據(jù)表達(dá)結(jié)果,我們將已選中的三個(gè)mi RNAs與相關(guān)基因(Fzd3,Wnt8a,Lrp6,and Birc6)進(jìn)行Pearson相關(guān)系數(shù)分析(r-v alues)。miR-30a-5p和miR-203a表達(dá)量與Fzd3表達(dá)量呈顯著負(fù)相關(guān)(r=-0.663,P=0.0004;r=-0.640,P=0.0008)。此外,gga-miR-new-20表達(dá)量與Wnt8a和Birc6表達(dá)量呈顯著負(fù)相關(guān)(r=-0.421,P=0.040;r=-0.778,P0.0001)。由此可見,Wnt信號(hào)途徑在胚胎發(fā)育早期即開始參與毛囊生長(zhǎng)調(diào)控過程。
[Abstract]:Feather traits are one of the important economic traits in duck. Feather development is affected by many factors. Genetic factors play an important role. MiRNAs can affect feather development by regulating gene expression. In this study, miRNA expression profiles of hair follicles in different stages of embryonic development of Cherry Valley ducks were studied. The key molecules affecting the genetic regulation of feather development were revealed at the mi RNA level. To provide a scientific theoretical basis for the genetic mechanism of duck feather development, we selected E11E15 E20 and 1 day skin samples of Cherry Valley Duck at embryonic stage (3 repeats per stage) to establish the expression library of mi RNA in each stage. At the same time, differential expression miRNA was selected to verify the correlation between miRNAs and genes related to feather development using SAS9.4 simple correlation analysis. Compared with chicken miRBase database, a total of 337 known miRNAs were obtained. Among them, 216 miRNA were differentially expressed and 93 new miRNAs. According to the expression characteristics, the differentially expressed miRNA could be divided into 8 types. According to the expression amount of miRNA in sequencing database, Seven highly expressed miRNAs were screened, and 12 signal pathways were obtained by KEGG Pathway analysis, including Notch signaling pathway, which may be related to the regulation of feather development. Some signal pathways such as phosphatidylinositol signaling pathway are involved in hair follicle development. It can be seen that some signal pathways such as Notch and glycerol metabolism may be related to feather. Quality correlation. To verify the accuracy of the database, Two differentially expressed miRNAs and a new differentially expressed miRNA in known databases were selected to analyze the relative expression levels at different periods by qRT-PCR expression. The quantitative results were in good agreement with the results of miRNA expression profile. Pearson correlation coefficient analysis was performed between the three selected mi RNAs and the related gene Fzd3 / Wnt8aFrp6 and Birc6). There was a significant negative correlation between the expression of r-v alues).miR-30a-5p and miR-203a and the expression of Fzd3. It can be seen that the expression of r-v alues).miR-30a-5p and miR-203a is negatively correlated with the expression of Fzd3, and the expression of new-gga-miR-20 is negatively correlated with the expression of Wnt8a and Birc6, and it can be seen that there is a significant negative correlation between the expression of r-v alues).miR-30a-5p and miR-203a and the expression of Fzd3. It can be seen that there is a significant negative correlation between the expression of new-gga-miR-20 and the expression of Wnt8a and Birc6. The Wnt signaling pathway takes part in the regulation of hair follicle growth at the early stage of embryonic development.
【學(xué)位授予單位】：安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S834;Q78

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本文編號(hào)：1552901