本文關(guān)鍵詞： 原發(fā)性高血壓 全基因組重測序 基因組　出處：《中華高血壓雜志》2017年08期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：目的應(yīng)用第二代測序技術(shù)結(jié)合DNA pooling策略和生物信息學(xué)分析技術(shù)尋找原發(fā)性高血壓的易感基因。方法選擇2014年6月至2015年6月深圳市人民醫(yī)院心內(nèi)科及重癥醫(yī)學(xué)院科門診和住院的患者,以100例原發(fā)性高血壓患者和100名健康人分別建立DNA pooling,應(yīng)用第二代測序技術(shù)進(jìn)行全基因組重測序。使用BWA軟件對測序結(jié)果進(jìn)行比對,分別對單核苷酸多態(tài)性(SNP)、插入缺失(InDel)、基因拷貝數(shù)變異(CNV)、單核苷酸變異(SNV)、結(jié)構(gòu)變異(SV)等變異進(jìn)行檢測,應(yīng)用ANNOVAR軟件對所有的變異序列進(jìn)行注釋。針對檢測到的基因變異位點(diǎn)數(shù)據(jù),采用Fisher精確檢驗(yàn)進(jìn)行檢驗(yàn)分析,檢測達(dá)到統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P0.01)的位點(diǎn)即推測為與疾病相關(guān)的變異位點(diǎn),然后利用公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行過濾,統(tǒng)計(jì)突變類型,并且將其在全基因組水平上進(jìn)行分布分析,利用基因本體功能注釋、京都基因和基因組百科全書(KEGG)通路分析、突變基因相互作用分析對篩選出的變異位點(diǎn)進(jìn)行生物信息學(xué)檢驗(yàn),推測可能參與原發(fā)性高血壓發(fā)病的易感基因。結(jié)果分組檢驗(yàn)分析得到33 919個SNP位點(diǎn)、18 594個插入缺失位點(diǎn)、352個結(jié)構(gòu)變異位點(diǎn)和88 707個CNV位點(diǎn)。纖維連接蛋白1(FN1)、蛋白激酶N1(PKN1)、融合蛋白19(CD19)、細(xì)胞分裂周期蛋白5樣蛋白抗體(CDC5L)這4個位點(diǎn)是互相作用網(wǎng)絡(luò)通路流經(jīng)數(shù)據(jù)量最大的幾個節(jié)點(diǎn)。結(jié)論通過全基因組重測序技術(shù)獲得了全基因組水平上原發(fā)性高血壓多種基因突變,而且發(fā)現(xiàn)尚未報(bào)道過的FN1、PKN1、CD19、CDC5L可能是原發(fā)性高血壓發(fā)病過程中的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)基因。
[Abstract]:Objective to use the second generation sequencing technique, DNA pooling strategy and bioinformatics analysis technique to search for the susceptible genes of essential hypertension. Methods from June 2014 to June 2015, we selected the Department of Cardiology and the College of critical Medicine of Shenzhen people's Hospital. Outpatient and inpatient patients, DNA pooling was established in 100 patients with essential hypertension and 100 healthy persons. The whole genome was resequenced by the second generation sequencing technique. The sequencing results were compared by BWA software. Single nucleotide polymorphisms (SNPs), insertion deletions (InDell), copy number variation (CNV), single nucleotide mutation (SNPV), structural variation (SVV) were detected respectively. All the mutation sequences were annotated by ANNOVAR software. Fisher accurate test was used to test and analyze the loci that reached statistical significance (P0.01), that is to say, the mutation sites associated with disease were speculated, then filtered by common database, and the mutation types were counted. Distribution analysis was carried out on the whole genome level, and bioinformatics analysis of the selected mutation sites was carried out by means of gene Noumenon annotation, Kyoto gene and genome encyclopedia KEGG pathway analysis and mutation gene interaction analysis. Results 33,919 SNP loci, 18,594 insertion deletion sites, 352 structural variation sites and 88,707 CNV loci, fibronectin 1, FN1, protein were identified by cluster analysis. The four sites of kinase N1H PKN1, fusion protein 19s CD19 and cytokinin 5-like protein antibody CDC5L) are the nodes with the largest amount of data flowing through the interacting network pathway. Conclusion the whole genome can be obtained by whole genome re-sequencing technique. Multiple gene mutations in essential hypertension, It was also found that unreported FN1PKN1 CD19 CD19 CDC5L may be a key node gene in the pathogenesis of essential hypertension.
【作者單位】： 深圳市龍崗區(qū)人民醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科;暨南大學(xué)第二臨床醫(yī)學(xué)院深圳市人民醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科 臨床醫(yī)學(xué)研究中心;
【基金】：廣東省科技廳項(xiàng)目(2014A020212702)
【分類號】：R544.11

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本文編號：1536878