本文關(guān)鍵詞： 食管鱗癌 SEPT家族基因 差異表達(dá)基因 生物信息學(xué) PI3K/Akt 通路　出處：《北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院》2017年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：目的:在SEPT家族基因中,篩選出在食管鱗癌中差異表達(dá)且有臨床意義的亞群,并通過生物信息學(xué)方法探索,在SEPT不同表達(dá)組間存在的差異表達(dá)基因,以探索SEPT可能存在的機(jī)制。方法:獲取本實驗室發(fā)表的食管鱗癌mRNA表達(dá)數(shù)據(jù),篩選腫瘤組織與正常組織中差異表達(dá)的SEPT家族基因。差異表達(dá)基因根據(jù)其相應(yīng)的表達(dá)水平分為兩組,并進(jìn)行生存分析,研究差異表達(dá)SEPT基因?qū)κ彻荀[癌預(yù)后的影響。將第二步中得到的與食管鱗癌預(yù)后相關(guān)的SEPT家族基因分為高表達(dá)組及低表達(dá)組,使用edgeR、DESeq2兩款生物信息學(xué)軟件,分析SEPT不同表達(dá)水平分組間的差異表達(dá)基因,使用DAVID在線分析工具,通過GO(Gene Ontology)富集分析及KEGG pathway分析,探索差異表達(dá)基因潛在的功能。結(jié)果:SEPT家族基因中,除SEPT4外,其余成員均在腫瘤細(xì)胞中差異表達(dá)。其中,SEPT6、SEPT9及SEPT12的表達(dá)水平與食管鱗癌患者的總生存期相關(guān)。在SEPT6基因高表達(dá)組和低表達(dá)組之間分別使用edgeR和DESeq2共計辨識出15995和18075個差異表達(dá)基因;綜合使用兩款差異表達(dá)分析軟件對SEPT9的高/低表達(dá)組進(jìn)行分析得到的結(jié)果為273個差異表達(dá)基因;在SEPT6基因高表達(dá)組和低表達(dá)組之間分別使用edgeR和DESeq2共計辨識出和個差異表達(dá)基因。對SEPT9高/低表達(dá)組間的273個差異表達(dá)基因進(jìn)行功能上的分析,發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)基因的產(chǎn)物多富集于細(xì)胞膜周;功能上多與信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞間識別相關(guān);涉及PI3K/Akt通路。
[Abstract]:Objective: to screen the differentially expressed and clinically significant subsets of SEPT family genes in esophageal squamous cell carcinoma, and to explore the differentially expressed genes in different expression groups of SEPT by bioinformatics. To explore the possible mechanism of SEPT. Methods: to obtain the data of mRNA expression in esophageal squamous cell carcinoma published in our laboratory. The differentially expressed SEPT family genes in tumor tissues and normal tissues were screened. The differentially expressed genes were divided into two groups according to their corresponding expression levels, and survival analysis was carried out. To study the effect of differentially expressed SEPT gene on the prognosis of esophageal squamous cell carcinoma, the SEPT family genes obtained in the second step were divided into two groups: high expression group and low expression group. The differential expression genes in different expression levels of SEPT were analyzed. The potential functions of differentially expressed genes were explored by means of GO(Gene Ontology enrichment analysis and KEGG pathway analysis using DAVID online analysis tools. The expression levels of SEPT6, SEPT9 and SEPT12 were correlated with the total survival time of patients with esophageal squamous cell carcinoma. A total of 15995 and 15995 were identified by edgeR and DESeq2 between high and low expression groups of SEPT6 gene, respectively. 18075 differentially expressed genes; Using two differential expression analysis software, 273 differentially expressed genes were obtained in the high / low expression group of SEPT9. A total of edgeR and DESeq2 were used to identify and differentiate the differentially expressed genes between the high and low expression groups of SEPT6 gene. The functional analysis of 273 differentially expressed genes in the high / low expression group of SEPT9 was carried out. It was found that the products of differentially expressed genes were mostly enriched around the cell membrane, functionally related to signal transduction and intercellular recognition, and involved in PI3K/Akt pathway.
【學(xué)位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：R735.1

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本文編號：1534586