本文關(guān)鍵詞：番茄LBD基因家族的全基因組序列鑒定及其進(jìn)化和表達(dá)分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué) 2 0 l 3’ 4 6 ( 1 2 ): 2 5 0 1— 2 5 1 3 S c i e n t i a A g i f c u l t u r a S i n i c a

d o i: 1 0 . 3 8 6 4￣ . i s s n . 0 5 7 8 1 7 5 2 . 2 0 1 3 . 1 2 . 0 1 1

番茄 L B D基因家族的全基因組序列鑒定及其進(jìn)化和表達(dá)分析 王小非，劉鑫，蘇玲，孫永江，張世忠，郝玉金，由春香 (山東農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝科學(xué)與工程學(xué)院/作物生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/國(guó)家蘋果工程技術(shù)研究中心，山東泰安 2 7 1 0 1 8 )

摘要：【目的】從番茄全基因組中鑒定 L B D基因，并進(jìn)行基因進(jìn)化、基因結(jié)構(gòu)、染色體定位以及組織表達(dá)和誘導(dǎo)表達(dá)分析，為番茄 L B D基因的功能研究與利用奠定基礎(chǔ)�！痉椒ā坷梅鸦蚪M數(shù)據(jù)庫(kù)，通過生物信息學(xué)手段，鑒定番茄 L B D家族成員；采用 M E G A 5軟件進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹分析；通過 p e r l程序、M a p D R A W及 G S D S工具進(jìn)行 基因結(jié)構(gòu)及染色體定位分析；利用已有的番茄芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行組織表達(dá)譜和基因表達(dá)響應(yīng)分析【結(jié)果】系統(tǒng)分析鑒

定了 4 6個(gè)番茄 L B D家族基因，根據(jù)基因結(jié)構(gòu)及系統(tǒng)進(jìn)化分析將其分成 C 1 a s S I與C l a s S I I兩類，細(xì)分為 5個(gè) 亞家族 ( I a、I b、I c、I d與 I I )�；蚨ㄎ槐砻鳎�1 2條染色體中的 1 0條均有 L B D基因，該基因家族的分布具

有廣泛性。各個(gè)發(fā)育階段表達(dá)譜的分析結(jié)果表明，L B D家族基因具有不同的組織表達(dá)模式，在各個(gè)發(fā)育時(shí)期均有 L B D基因的表達(dá)�；蝽憫�(yīng)分析發(fā)現(xiàn)，不同 L B D基因響應(yīng)不同的外界信號(hào)�！窘Y(jié)論】通過全基因組分析，番茄 L B D 家族基因包括 4 6個(gè)成員，在進(jìn)化上分為兩大類，5個(gè)亞家族，分布于 1 0條染色體上，組織表達(dá)模式及基因響 應(yīng)具有多樣性。這些信息為番茄 L B D基因家族的功能分析奠定了基礎(chǔ)。 關(guān)鍵詞：番茄；L B D基因家族；系統(tǒng)進(jìn)化；基因表達(dá)

I d e n t i f i c a t i on, Ev o l u t i on a n d Ex p r e s s i o n An al y s i s o f

t h e L BD Ge n e F a mI l y i n T o ma t o WA NG Xi a o - f e i, L I U Xi n, S U

L i n g, S UN Y o n g - j i a n g, Z HA NG S h i— z h o n g, HA O Y u - j i n, YO U C h u n— x i a n g ( S t a t e Ke y L a b o r a t o r yo fC r o pB i o l o g y, Na t i o n a l R e s e a r c h C e n t e r f o r A p p l e E n g i n e e r i n ga n dT e c h n o l o y, g C o l l e g e f Ho o r t i c u l t u r a l S c i e n c e a n dEn g i n e e r i n g, S h a n d o n gA g r i c u l t u r a l Un i v e r s i t y, T a i a n 27 1 0 1 8, S h a n d o n g)

Ab s t r a c t:【 Ob j e c t i v e】I d e n t i i f c a t i o n o f L B D g e n e s f r o m t o ma t o g e n o me,a n d na a l y s i s o f p h y l o g e n y,g e n e s t r u c t u r e, c h r o mo s o me l o c a t i o n, p h y l o g e n e t i c nd a t i s s u e e x p r e s s i o n p a t t e r n a n a l y s i s o f L BD f a mi l y g e n e s i n t o ma t o wi l l b e u s e f u l t o t h e

f u n c t i o n s i d e n t i i f c a t i o n o f p l a n t L B D g e n e s .[ Me ho t d]B a s e d o n t o ma t o g e n o me d a t a b a s e a n d b i o i n f o r ma t i c me ho t d, t o ma t o L B D f a mi l y g e n e s we r e i d e n t i ie f d a n d he t g e n e s we r e s e q u e n c e d . A p h y l o g e n e t i c t r e e wa s c r e a t e d u s i n g t h e ME GA5 p r o g r a m. Ge n e s t r u c t u r e a n d c ro h mo s o me s l o c a t i o n we r e d o n

e b y P e r l— b se a d p r o g r m,M a a p Dr a w a n d GS DS . Ex p r e s s i o n p a R e m o f LBD g e n e s a t

d i f e r e n t d e v e l o p me n t s t a g e s w a s na a l y z e d b a s e d o n he t e x i s t i n g mi c r o a r r a y d a t a b a s e .[ R e s u l t]A t o t a l o f 4 6 L B D g e n e s we r e

s y s t e ma t i c a l l y i d e n t i i f e d f r o m t o ma t o nd a c l a s s i i f e d i n t o 2 c l a s s e s ( c l a s s I a n d c l a s s I I ), he t n w a s c l ss a i i f e d i n t o 5 s u b f mi a l i e s ( I a ' I b, I c . I d nd a I I ) a c c o r d i n g t o he t g e n e s t r u c t u r e a n d c o n s e r v e d d o ma i n p h y l o g e n y r e l a t i o n s h i p . T h e y w e r e d i s t i r b u t e d o n 1 0 o f t o ma t o c ro h mo s o me s,s u g g e s t i n g t h a t t h e y h a v e a l l e x t e n s i v e d i s t r i b u t i o n o n t h e t o ma t o c ro h mo s o me s .M o s t o f t h e L BD g e n e s h a d

d i f e r e n t i a l e x p r e s s i o n p a t t e r n a n d r e s p o n s e t o e x t e r n a l s t i mu l a t i o n .[ C o n c l u s i o n]F o r t y - s i x L B D f mi a l y g e n e s i n t o ma t o we r e i d e n t i i f e d b y g e n o me— wi d e s c r e e n i n g .T h e y we r e c l a s s i ie f d i n t o 2 c

l a s s e s,5 s u b f m i a l i e s nd a d i s t r i b u t e d o n 1 0 c ro h mo s o me s wi t h

d i fe r e n t e x p r e s s i o n p a t t e ns r i n d i fe r e n t t i s s u e s nd a d e v e l o p me n t a l s t a g e s . he T y h a d s p e c i a l r e s p o n s e t o e x t e r n a l s t i mu l a t i o n . Th e s e r e s u l t s a r e h e l p f u l f o r he t un f c t i o n a l na a l y s i s o f LBD g e n e s i n p l a n t s .

K e y wo r d s: t o ma t o; L BD g e n e f a mi l y; p h y l o g e n y a n a l y s i s; g e n e e x p r e s s i o n

收稿日期：2 0 1 2— 1 2 . 2 5;接受日期：2 0 1 3 . 0 2 . 2 6 基金項(xiàng)目：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目 ( 3 1 1 7 1 9 4 6 ) 聯(lián)系方式：王小非，T e l:0 5 3 8— 8 2 4 6 1 5 1;E - ma i l:x f wa n g 2 0 0 4@1 6 3 . t o m;通信作者由春香，T e l:0 5 3 8 . 8 2 4 6 6 9 2;E - mm l:y o u c h u n x i a n g@1 2 6 _ c 0 m

  本文關(guān)鍵詞：番茄LBD基因家族的全基因組序列鑒定及其進(jìn)化和表達(dá)分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。