本文關(guān)鍵詞： 蛋白質(zhì)豐度 基因表達 CAI ITE 翻譯延伸效率 相關(guān)分析 擬南芥　出處：《中國生物工程雜志》2017年02期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：蛋白質(zhì)的合成是一個復(fù)雜的過程,其中蛋白質(zhì)豐度是衡量基因表達的一個最終指標(biāo),在生物體生命活動中具有重要作用的蛋白質(zhì)通常都為高豐度蛋白質(zhì)。通過對PaxDB網(wǎng)站擬南芥各組織器官蛋白質(zhì)豐度的統(tǒng)計,并采用DAMBE和CodonW計算其對應(yīng)基因的I_(TE)和CAI值,最后用R語言分析蛋白質(zhì)豐度與I_(TE)的關(guān)系,并采用對數(shù)值替代原有的豐度值。結(jié)果表明,所使用的I_(TE)較原有CAI的分析方法更有效,在擬南芥的基因中高表達基因在不同的組織中有相似的表達水平,擬南芥蛋白質(zhì)豐度與I_(TE)有很好的相關(guān)性,并且I_(TE)值能更好地擬合擬南芥蛋白質(zhì)豐度值的變化。
[Abstract]:Protein synthesis is a complex process in which protein abundance is the ultimate indicator of gene expression. Proteins that play an important role in the life activities of organisms are usually high abundance proteins. Based on the statistics of protein abundance of Arabidopsis thaliana tissues and organs on the PaxDB website, DAMBE and CodonW are used to calculate the ISCT and CAI values of their corresponding genes. Finally, R language was used to analyze the relationship between protein abundance and CAI), and the logarithmic value was used to replace the original abundance value. The results showed that the ISAT method used was more effective than the original CAI analysis method. The high expression genes in Arabidopsis have similar expression levels in different tissues, and the protein abundance of Arabidopsis has a good correlation with Iapta, and I / T) can better fit the variation of protein abundance in Arabidopsis.
【作者單位】： 加拿大渥太華大學(xué)生物系;中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)資源與農(nóng)業(yè)區(qū)劃研究所;
【分類號】：Q943.2

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本文編號：1526835