本文關(guān)鍵詞： 三色堇(Viola wittrockiana) -多巴雌二醇雙加氧酶(DODA) cDNA末端快速克隆(RACE) 生物信息學(xué)　出處：《分子植物育種》2017年02期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：本實(shí)驗(yàn)以三色堇(Viola wittrockiana)的花瓣為研究材料,提取其總RNA,通過(guò)RACE(rapid-amplification of cDNA ends)技術(shù)擴(kuò)增4,5-多巴雌二醇雙加氧酶(4,5-DOPA dioxygenase extradiol)基因的cDNA全長(zhǎng),并對(duì)其進(jìn)行生物信息學(xué)分析。本實(shí)驗(yàn)成功克隆VwDODA的cDNA全長(zhǎng)1 055 bp,其中3'端非編碼區(qū)157 bp,包含29 bp Poly(A),5'端非編碼區(qū)103 bp,其開(kāi)放閱讀框?yàn)?95 bp,編碼263個(gè)氨基酸。通過(guò)NCBI的BLAST比對(duì)表明VwDODA編碼的氨基酸序列與其他植物相關(guān)基因的相似性達(dá)到80.29%,與大豆(Glycine max)親緣關(guān)系最近。通過(guò)生物信息學(xué)分析軟件對(duì)VwDODA的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能進(jìn)行預(yù)測(cè),結(jié)果表明Vw D-%ODA是一種親水穩(wěn)定蛋白,不存在跨膜區(qū)域和信號(hào)肽,分子式為C1337H2026N356O384S7,等電點(diǎn)為6.70,分子量為29 455.37。本研究為將來(lái)三色堇中甜菜色素與花色素的互斥現(xiàn)象研究打下了基礎(chǔ)。
[Abstract]:In this experiment, pansy (Viola Wittrockiana) were used as research materials, total RNA extracted by RACE (rapid-amplification of cDNA ends) amplified 4,5- DOPA estradiol dioxygenase (4,5-DOPA dioxygenase extradiol) the full-length cDNA gene, and its bioinformatics analysis. This study successfully cloned the full-length cDNA of VwDODA 1055 BP, the 3'non encoding region is 157 BP, containing 29 BP Poly (A), 5' non encoding region of 103 BP, the open reading frame is 795 BP, encoding 263 amino acids. The BLAST ratio of NCBI showed similarity to genes encoding the amino acid sequence of VwDODA with other plants reached 80.29%, and soybean (Glycine max) had the closest relationship. Through bioinformatics analysis of protein structure and function of VwDODA software to forecast, the results show that Vw D-%ODA is a stable hydrophilic protein, does not exist in the transmembrane domain and signal peptide, The molecular formula is C1337H2026N356O384S7, its isoelectric point is 6.70, molecular weight is 29 455.37. this study lays a foundation for future research for mutual exclusion beet pigment and anthocyanin pansy.

【作者單位】： 海南大學(xué)園藝園林學(xué)院熱帶作物種質(zhì)資源保護(hù)與開(kāi)發(fā)利用教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31060265;31260488) 海南大學(xué)中西部計(jì)劃學(xué)科建設(shè)項(xiàng)目(ZXBJH-XK008)共同資助
【分類號(hào)】：S682.19;Q943.2

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本文編號(hào)：1500296