本文關(guān)鍵詞：基于RNA-seq數(shù)據(jù)分析小鼠House-keeping基因在轉(zhuǎn)錄本水平的表達(dá)規(guī)律

  更多相關(guān)文章： 小鼠 RNA-seq 轉(zhuǎn)錄組 管家基因 可變剪接 轉(zhuǎn)錄本

【摘要】：小鼠(Mus musculus)是一種常用的模式生物,在生理學(xué)上也與人類相似,因此常被用于人類疾病的研究；小鼠基因組在2002年完成測(cè)序,其基因組很大部分與人類同源,這對(duì)注釋人類基因組、提高對(duì)人類基因功能的理解上有重要的作用。House-Keeping (HK)基因是一類維持細(xì)胞基本功能所必需的基因,在不同組織、發(fā)育階段或細(xì)胞循環(huán)狀態(tài)下都表達(dá),對(duì)HK基因的研究有助于了解細(xì)胞的基本功能,鑒定細(xì)胞活動(dòng)所需的最小基因集。得益于測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,RNA-seq實(shí)現(xiàn)了高通量、低成本的目標(biāo),研究者可以通過(guò)對(duì)某個(gè)組織所有轉(zhuǎn)錄出來(lái)的mRNA進(jìn)行測(cè)序,來(lái)研究相應(yīng)的基因功能和表達(dá)譜特征,加速解碼基因組的速度。通過(guò)多組織的RNA-seq數(shù)據(jù)鑒定HK基因也變得更高效和準(zhǔn)確。本文利用公共數(shù)據(jù)庫(kù)獲得的小鼠14個(gè)組織RNA-seq數(shù)據(jù),重新鑒定出8,648個(gè)HK基因,其中包括1,828個(gè)單轉(zhuǎn)錄本基因和6,820個(gè)多轉(zhuǎn)錄本基因。過(guò)濾不表達(dá)轉(zhuǎn)錄本之后,利用自己開(kāi)發(fā)的方法從6,820個(gè)多轉(zhuǎn)錄本HK基因中鑒定出4,208個(gè)HK基因,其表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本中有一個(gè)轉(zhuǎn)錄本起到主要的作用,本研究將這類轉(zhuǎn)錄本定義為主效轉(zhuǎn)錄本。通過(guò)與其他轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量的差異顯著性分析,以及與基因表達(dá)量的相關(guān)性分析、聚類分析和含量分析,發(fā)現(xiàn)主效轉(zhuǎn)錄本在表達(dá)量上與對(duì)應(yīng)基因的其他轉(zhuǎn)錄本具有顯著差異,而與對(duì)應(yīng)基因則有很高的相似性,說(shuō)明這些主效轉(zhuǎn)錄本能代表對(duì)應(yīng)基因的表達(dá)。通過(guò)對(duì)主效轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)分析,發(fā)現(xiàn)主效轉(zhuǎn)錄本傾向于具有基因長(zhǎng)度和內(nèi)含子相對(duì)較短而外顯子相對(duì)較長(zhǎng)的特點(diǎn)；在功能特征上,這類包含主效轉(zhuǎn)錄本的多轉(zhuǎn)錄本HK基因傾向于富集在基礎(chǔ)代謝途徑,比如氧化磷酸化和蛋白質(zhì)泛素化,而其他HK基因則在多個(gè)信號(hào)通路上顯著富集。本研究還鑒定了組織特異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本,發(fā)現(xiàn)這些轉(zhuǎn)錄本主要集中在睪丸細(xì)胞中；同時(shí)還發(fā)現(xiàn)一些基因的主效轉(zhuǎn)錄本在不同組織中的表達(dá)量各不相同。
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：Q78

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中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 ;國(guó)內(nèi)期刊亮點(diǎn)[J];科技導(dǎo)報(bào);2014年14期

2 任美燕;潭德勇;毛傳澡;吳忠長(zhǎng);吳平;;PHO1反義轉(zhuǎn)錄本的功能研究[J];中國(guó)科學(xué):生命科學(xué);2014年04期

3 石夏榮;李群;何祖華;;受逆境誘導(dǎo)的水稻Rim2/Hipa假基因轉(zhuǎn)錄本選擇性加尾和剪接(英文)[J];植物生理與分子生物學(xué)學(xué)報(bào);2005年06期

4 聶傳朋;李焰焰;;花粉發(fā)育相關(guān)基因BcMF13不同轉(zhuǎn)錄本的克隆及分析[J];植物分類與資源學(xué)報(bào);2011年03期

5 楊惠軍,王宗陽(yáng),張景六,蔡秀玲,洪孟民;水稻OsEBP-89基因部分轉(zhuǎn)錄本中第1內(nèi)含子的滯留[J];科學(xué)通報(bào);2001年22期

6 閆莉婕,孫彤,印莉萍;缺鐵水稻根轉(zhuǎn)錄本組及與膜泡運(yùn)輸相關(guān)基因的分析[J];生物信息學(xué);2004年01期

7 趙國(guó)光;焦飛;廖奇;羅海濤;李慧;孫亮;卜德超;余鯤濤;趙屹;陳潤(rùn)生;;基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在人類全基因組內(nèi)鑒定與癌癥相關(guān)的polyadenylation和non-polyadenylation RNA[J];中國(guó)科學(xué):生命科學(xué);2013年05期

8 郭芬;林丕容;李月琴;蘇憲禮;王丁丁;周天鴻;;BRPF1新型轉(zhuǎn)錄本BRPF2的鑒定及其在小鼠組織中的表達(dá)[J];遺傳;2013年01期

9 田曉軒;謝強(qiáng);卜文俊;;乳草長(zhǎng)蝽Ubx基因克隆及多轉(zhuǎn)錄本分析[J];昆蟲(chóng)學(xué)報(bào);2011年04期

10 秦雅婷;趙衍鑫;岳兵;肖海林;;CCACA堿基序列是玉米CMS-S線粒體orf355-orf77轉(zhuǎn)錄本剪切識(shí)別位點(diǎn)[J];中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào);2013年06期

中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前3條

1 袁媧;鄭英;霍然;陸麗;黃曉燕;尹嵐嵐;李建民;周作民;沙家豪;;NORPEG基因新的轉(zhuǎn)錄本的克隆與表達(dá)[A];21世紀(jì)男科學(xué)——中華醫(yī)學(xué)會(huì)第五次全國(guó)男科學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文集[C];2004年

2 徐靖博;任久生;柳思源;李付娟;高研;張嘉保;;牛黃體不同發(fā)育時(shí)期中LHR一種轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)差異研究[A];中國(guó)畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)動(dòng)物繁殖學(xué)分會(huì)第十六屆學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2012年

3 薛強(qiáng);劉光清;仇華吉;蔡雪輝;童光志;;豬繁殖與呼吸綜合征病毒(PRRSV)CH-1a株基因組全序列測(cè)定及感染性轉(zhuǎn)錄本的體外構(gòu)建[A];中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)會(huì)第八屆會(huì)員代表大會(huì)暨全國(guó)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要集[C];2001年

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 王西亮;肉蓯蓉主要藥用成分相關(guān)基因的挖掘及分子標(biāo)記的鑒定[D];中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所;2015年

2 黃玲;玉米C型胞質(zhì)敗育相關(guān)基因的表達(dá)分析[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

3 趙宇慧;基于多組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的小鼠lincRNA的鑒定和功能分析[D];中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所;2015年

4 原春暉;植物自然反義轉(zhuǎn)錄本與競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNAs的挖掘和特征研究[D];浙江大學(xué);2015年

5 仝君;局灶節(jié)段腎小球硬化的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[D];上海交通大學(xué);2015年

6 葉菊秀;傳染性法氏囊病毒粒子感染及其A節(jié)段編碼基因轉(zhuǎn)化細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄本初步分析[D];浙江大學(xué);2006年

7 孫錦堂;骨橋蛋白不同轉(zhuǎn)錄本在乳腺癌發(fā)生中的作用及機(jī)制研究[D];山東大學(xué);2014年

8 孫濤;人DDAH1新轉(zhuǎn)錄本的發(fā)現(xiàn)及其表達(dá)調(diào)節(jié)研究[D];中南大學(xué);2013年

9 王滔;豬皮下與內(nèi)臟脂肪組織mRNA轉(zhuǎn)錄組鑒定和差異分析[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

10 丁冬;玉米苗期鹽脅迫響應(yīng)轉(zhuǎn)錄本表達(dá)譜構(gòu)建[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2008年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 張雙雙;馬鈴薯表達(dá)譜平臺(tái)的構(gòu)建與應(yīng)用[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

2 常建梅;Jak2基因兩個(gè)新的截短型轉(zhuǎn)錄本的鑒定[D];山西醫(yī)科大學(xué);2015年

3 晁天樂(lè);綿羊臂二頭肌轉(zhuǎn)錄組新轉(zhuǎn)錄本及新長(zhǎng)非編碼RNA的鑒別與驗(yàn)證[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

4 黃海燕;假盤(pán)菌誘導(dǎo)下紫花苜蓿不同株系的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與抗病相關(guān)基因差異表達(dá)研究[D];甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

5 汪生慶;基于RNA-seq的玉米CMS-C花藥可變剪接和新轉(zhuǎn)錄本的分析[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

6 侯郁果;山羊GSK-3β基因不同轉(zhuǎn)錄本的分離鑒定及表達(dá)模式研究[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

7 王新輝;基于高豐度轉(zhuǎn)錄本的細(xì)菌RT-qPCR檢測(cè)技術(shù)及其應(yīng)用[D];吉林大學(xué);2016年

8 李彩霞;秦川牛PDLIM7基因新轉(zhuǎn)錄本的鑒定與功能研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2016年

9 張煌凱;基于RNA-seq數(shù)據(jù)分析小鼠House-keeping基因在轉(zhuǎn)錄本水平的表達(dá)規(guī)律[D];中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所;2016年

10 陳迪俊;植物天然反義轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建與分析[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

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本文編號(hào)：1296580