本文關(guān)鍵詞：假黃單胞菌株J1的篩選及木質(zhì)纖維素降解基因的生物信息學(xué)分析

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【摘要】：[目的]本研究旨在發(fā)掘木質(zhì)纖維素降解菌種資源,并尋找木質(zhì)纖維素降解關(guān)鍵酶基因和代謝通路。[方法]以纖維素為唯一碳源,從土壤、腐葉混合物中分離出27株具有纖維素降解能力的細(xì)菌。通過測定纖維素酶活力,將降解效果最優(yōu)菌株進行全基因組測序。通過與同屬細(xì)菌的全基因組序列的比對構(gòu)建貝葉斯樹。[結(jié)果]菌株J1內(nèi)切纖維素酶、濾紙酶和β-葡萄糖苷酶活力峰值分別為0.39、0.18和0.11 IU·m L~(-1),并將菌株J1鑒定為假黃單胞菌(Pseudoxanthomonas sp.)。Clusters of Orthologous Groups(COG)和Carbohydrate-Active Enzyme Database(CAZy)等基因數(shù)據(jù)庫注釋結(jié)果表明:菌株J1具有木質(zhì)纖維素降解酶基因。代謝通路預(yù)測表明:該菌株具有利用纖維素生成乙醇的代謝通路。[結(jié)論]本研究分離篩選到的假黃單胞菌株J1可以作為生物乙醇發(fā)酵的候選菌株,同時測序獲得的全基因組數(shù)據(jù)將為假黃單胞菌屬降解木質(zhì)纖維素的途徑提供依據(jù)。
【作者單位】： 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生物信息學(xué)中心/生命科學(xué)學(xué)院;
【分類號】：Q93
【正文快照】： 木質(zhì)纖維素由纖維素、木質(zhì)素和半纖維素等組成,木質(zhì)纖維素的降解是碳循環(huán)必不可少的過程之一。木質(zhì)纖維素的最主要成分是纖維素,約占木質(zhì)纖維素干質(zhì)量的45%,半纖維素占木質(zhì)纖維素干質(zhì)量的25%~30%,其余成分主要為木質(zhì)素[1]。纖維素和半纖維素通過降解生成葡萄糖、半乳糖和木聚

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