本文關(guān)鍵詞：朝倉(cāng)花椒幼芽轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)組裝及基因功能注釋

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【摘要】：采用2代Illumina Hi-Seq測(cè)序技術(shù)對(duì)朝倉(cāng)花椒雌株結(jié)果期幼芽的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序,構(gòu)建了轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù),獲得49 672 080條Clean Reads數(shù)據(jù),包含總長(zhǎng)度為4 967 208 000 nt序列數(shù)據(jù)信息;經(jīng)拼接組裝,獲得轉(zhuǎn)錄組基因信息長(zhǎng)達(dá)55 902 243 nt的176 407個(gè)Contig片段,再通過(guò)進(jìn)一步拼接,共獲得平均長(zhǎng)度為878 nt的96 475個(gè)Unigene片段。與Nt、Nr、Swiss-Prot、COG、GO、KEGG等數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行BLAST信息比對(duì)(E-value艽10-5),共獲得68 315個(gè)注釋基因,以及62 150個(gè)表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)。與NR數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),發(fā)現(xiàn)花椒轉(zhuǎn)錄組基因序列與同科柑橘屬的甜橙(Citrus sinensis)和克萊門(mén)柚(Citrus clementina)具有較高的同源性,分別為43.96%及41.86%,與其他物種的同源性較低,均不足10%;可將花椒轉(zhuǎn)錄組的Unigene的功能通過(guò)與COG數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行注釋比對(duì)劃分為25類;根據(jù)GO數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋,可將其分為生物過(guò)程、細(xì)胞組分和分子功能3大類共55分支,根據(jù)與KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的比較分析發(fā)現(xiàn)朝倉(cāng)花椒的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中含有代謝通路相關(guān)基因128類,其中包括多種化合物的代謝途徑和次生代謝產(chǎn)物的生物合成途徑,其中有較多的次生物質(zhì)代謝途徑,如萜類化合物生物合成途徑、黃酮類生物合成代謝途徑以及花青素的生物合成途徑等。
【作者單位】： 貴州大學(xué)山地植物資源保護(hù)與種質(zhì)創(chuàng)新省部共建教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/貴州省山地生態(tài)與農(nóng)業(yè)生物工程2011協(xié)同創(chuàng)新中心;貴州大學(xué)藥學(xué)院;貴州大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院/農(nóng)業(yè)生物工程研究院;
【基金】：貴州省科技計(jì)劃項(xiàng)目“無(wú)刺花椒快速繁殖技術(shù)及產(chǎn)業(yè)化示范研究”(黔科合計(jì)Z字(2012)4008) 國(guó)家轉(zhuǎn)基因生物新品種培育科技重大專項(xiàng)“安全轉(zhuǎn)基因技術(shù)研究”子課題任務(wù)(2014 ZX 08010-003)基金共同資助
【分類號(hào)】：S573.9
【正文快照】： Transcriptome Data Assembly and Gene Function Annotation ofZanthoxylum piperitum DC var.inerme MakinoZhao Yichen1,2Liu Xuewei1,3Li Yan1,3Zhao Degang1,3*1 The Key Laboratory of Plant Resources Conservation and Germplasm Innovation in Mountainous Region(Mi

【相似文獻(xiàn)】

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8 包秀楠;水肥處理對(duì)漢源花椒光合作用的影響[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

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本文編號(hào)：1201838