本文關(guān)鍵詞：甘草microRNA及其靶基因的生物信息學(xué)預(yù)測

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【摘要】：目的利用生物信息學(xué)手段預(yù)測甘草Glycyrrhiza uralensis的micro RNA(mi RNA),并實驗驗證其存在,確定相應(yīng)的靶基因,為理解甘草mi RNA的生物學(xué)功能奠定基礎(chǔ)。方法下載公共核酸數(shù)據(jù)庫中的甘草高通量測序序列和表達(dá)序列、標(biāo)簽序列,使用Trinity和Assembler等軟件拼接以獲得轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)。基于mi RNA前體序列在植物物種間的保守性,將mi RBase數(shù)據(jù)庫中的已知植物mi RNA前體與甘草轉(zhuǎn)錄組序列進(jìn)行Blast比對,按照mi RNA前體應(yīng)具備的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行篩選。通過stem-loop q RT-PCR實驗驗證mi RNA。使用ps RNATarget軟件進(jìn)行mi RNA的靶基因預(yù)測,并對靶基因進(jìn)行功能分析。結(jié)果序列拼接獲得88 263條甘草轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。使用這些數(shù)據(jù)預(yù)測到分屬于17個家族的49個mi RNA序列,以及相應(yīng)的30個莖環(huán)結(jié)構(gòu)前體,隨機(jī)選取其中12個,經(jīng)實驗驗證,確實存在。這些mi RNA靶向的172個基因主要參與基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、發(fā)育調(diào)控和防御反應(yīng)等生物學(xué)過程。結(jié)論新預(yù)測的甘草mi RNA及其靶基因為進(jìn)一步研究mi RNA在甘草中的生物學(xué)功能奠定了基礎(chǔ)。
【作者單位】： 中央民族大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院;
【基金】：國家自然科學(xué)基金資助(31370356) 中央民族大學(xué)學(xué)術(shù)團(tuán)隊建設(shè)項目(2015C8) 國家大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓(xùn)練計劃(GCCX2014110045)
【分類號】：S567.71
【正文快照】： 李華云,王寧,韋春香,張彤,付晨熙,高飛*,周宜君中央民族大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院,北京100081甘草Glycyrrhiza uralensis Fisch.為豆科(Leguminosae)甘草屬Glycyrrhiza L.多年生草本植物,是中國傳統(tǒng)大宗補益中草藥,藥用部位是根及根莖。甘草具有祛痰止咳、清熱解毒、抗癌和免疫

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本文編號：1192259