本文關(guān)鍵詞：烏珠穆沁綿羊RIPK2基因多態(tài)性與生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)

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【摘要】：【目的】基于前期綿羊肉用性狀GWAS研究結(jié)果,旨在探討RIPK2基因?qū)踔槟虑呔d羊生長(zhǎng)性狀的影響,找到該基因中與綿羊生長(zhǎng)性狀相關(guān)的分子標(biāo)記,同時(shí)對(duì)GWAS結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證�！痉椒ā吭�343只烏珠穆沁綿羊試驗(yàn)群體中,選取其中30個(gè)個(gè)體的血液DNA樣本,以相同濃度組成池DNA,設(shè)計(jì)引物對(duì)RIPK2基因外顯子及其上下游1 000bp的調(diào)控區(qū)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,PCR產(chǎn)物檢測(cè)為目的條帶后測(cè)序。使用DNAMAN和Chromas2軟件對(duì)測(cè)序峰圖進(jìn)行分析,采用飛行質(zhì)譜方法對(duì)檢測(cè)到的SNP位點(diǎn)及前期GWAS得到的SNP位點(diǎn)進(jìn)行基因型分型。使用Haploview軟件對(duì)多態(tài)位點(diǎn)構(gòu)建單倍型及連鎖不平衡分析。使用SPSS(22.0)軟件進(jìn)行RIPK2基因SNP位點(diǎn)與生長(zhǎng)性狀間的關(guān)聯(lián)分析�！窘Y(jié)果】共發(fā)現(xiàn)了4個(gè)多態(tài)位點(diǎn),A5536G的同義突變r(jià)s01位于第四外顯子內(nèi),在該位點(diǎn)檢測(cè)到三種基因型,AA基因型頻率為0.42,AG基因型頻率為0.45,GG基因型頻率為0.13,優(yōu)勢(shì)等位基因?yàn)锳,其頻率為0.65;在第七外顯子上檢測(cè)到T8952C錯(cuò)義突變r(jià)s02,在該突變位點(diǎn)檢測(cè)到3種基因型,其中TT基因型頻率為0.82,TC基因型頻率為0.16,CC基因型頻率為0.02,T為優(yōu)勢(shì)等位基因,基因頻率為0.9;在第十外顯子檢測(cè)到T2836C的突變r(jià)s05,在該位點(diǎn)檢測(cè)到兩種基因型TT和CC,沒(méi)有檢測(cè)到雜合子基因型,TT基因型頻率為0.25,CC基因型頻率為0.75;上游調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)一個(gè)G5181C的突變r(jià)s30,有3種基因型,其中GC基因型頻率為0.50,CC基因型頻率為0.18,GG基因型頻率為0.32,G為優(yōu)勢(shì)等位基因,其頻率為0.58;GWAS得到的SNP位點(diǎn)是T4456C,在本研究中被命名為rs34,在該位點(diǎn)有3種基因型,其中TT基因型頻率為0.49,TC基因型頻率為0.37,CC基因型頻率為0.14,優(yōu)勢(shì)等位基因T的頻率為0.68。χ~2適合性檢驗(yàn)發(fā)現(xiàn),除rs34位點(diǎn)外,其余位點(diǎn)均處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P0.05)。rs02位點(diǎn)處于低度多態(tài)(PIC0.25),其余位點(diǎn)處于中度多態(tài)(0.25PIC0.5)。連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn),rs01和rs02位點(diǎn)強(qiáng)連鎖,在群體中共構(gòu)建了3種單倍型,AT為優(yōu)勢(shì)單倍型,其頻率為0.645,這兩個(gè)位點(diǎn)共構(gòu)建了6種基因型組合,其中AATT為優(yōu)勢(shì)基因型組合,頻率為0.425。單標(biāo)記關(guān)聯(lián)分析表明:rs01位點(diǎn)的AA、AG基因型的個(gè)體和GG基因型個(gè)體在4月齡體重、胸圍上差異顯著(P0.05),在6月齡體高、胸圍上差異顯著(P0.05)。rs02位點(diǎn)CC基因型個(gè)體在4月齡體重、體高、胸圍和6月齡胸寬上顯著優(yōu)于TT、TC基因型個(gè)體(P0.05),在4月齡體斜長(zhǎng)、6月齡體高和體斜長(zhǎng)上極顯著優(yōu)于TT、TC基因型的個(gè)體(P0.01)。rs30位點(diǎn)上,GG基因型的個(gè)體在4月齡體重、胸圍與其他兩種基因型個(gè)差異顯著(P0.05),3個(gè)基因型的個(gè)體在6月齡胸圍上均有顯著差異(P0.05)。rs34位點(diǎn)的3個(gè)基因型的個(gè)體僅在4月齡體重上差異顯著(P0.05)。rs01-rs02組合基因型關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn):GGCC基因型組合的個(gè)體在4月齡體重、體高、體斜長(zhǎng)、胸圍上與其他基因型之間差異顯著(P0.05),GGCC基因型組合的個(gè)體在6月齡體高、體斜長(zhǎng)、胸寬上與其他基因型組合的個(gè)體差異顯著(P0.05)�！窘Y(jié)論】RIPK2基因?qū)d羊生長(zhǎng)性狀具有較顯著的影響,其SNPs作為分子標(biāo)記對(duì)烏珠穆沁綿羊生長(zhǎng)性狀的選育具有一定的指導(dǎo)意義。
【作者單位】： 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所;
【基金】：國(guó)家“十二五”863項(xiàng)目(2011AA100307-02) 2015年農(nóng)業(yè)部財(cái)政項(xiàng)目(2015-ncx-25)
【分類號(hào)】：S826
【正文快照】： Association of the RIPK2 Gene Genetic Variationwith Ujumqin Sheep Growth Traits 0引言【研究意義】以前期綿羊肉用性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析結(jié)果為基礎(chǔ),從分子水平上篩選RIPK2基因中與烏珠穆沁綿羊生長(zhǎng)性狀顯著相關(guān)的分子標(biāo)記,以豐富烏珠穆沁綿羊育種中可用的分子標(biāo)記,為烏

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