本文關(guān)鍵詞：SNP芯片基因型填充至測序數(shù)據(jù)的策略

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【摘要】：根據(jù)畜禽基因組信息,模擬了1條染色體測序數(shù)據(jù)、中密度和高密度SNP芯片數(shù)據(jù)。利用Beagle和FImpute將SNP芯片填充至測序數(shù)據(jù),提出了一步法和兩步法2種填充策略。結(jié)果表明,直接將中密度芯片填充至測序數(shù)據(jù)的一步法策略填充準(zhǔn)確性較低,當(dāng)公畜為參考群體時(shí),兩步法策略將后裔填充準(zhǔn)確性由一步法時(shí)的0.691提高至0.863;當(dāng)不同規(guī)模母畜為參考群體時(shí),一步法策略下半同胞填充準(zhǔn)確性為0.553~0.664,而兩步法策略則大幅度提高到0.832~0.866。隨著參考群體的增加,SNP芯片到測序數(shù)據(jù)的填充準(zhǔn)確性可進(jìn)一步提高,同樣親緣關(guān)系也有助于填充準(zhǔn)確性提高。一步法填充策略下,Beagle填充準(zhǔn)確性低于FImpute,但隨著參考群體的擴(kuò)大,差距逐步縮小,而在兩步法策略下,Beagle與FImpute基因型填充準(zhǔn)確性沒有顯著差異。
【作者單位】： 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)技術(shù)學(xué)院;農(nóng)業(yè)部動(dòng)物遺傳育種與繁殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;國家畜禽育種工程實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：高等學(xué)校博士學(xué)科點(diǎn)專項(xiàng)科研基金資助項(xiàng)目(20110008110001) 國家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系生豬產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系資助項(xiàng)目(CARS-36) 北京市科技計(jì)劃項(xiàng)目(D15110004615004)
【分類號(hào)】：Q811.4
【正文快照】： 隨著生物技術(shù)的發(fā)展,SNP芯片和二代測序技術(shù)在動(dòng)植物育種中的應(yīng)用逐漸廣泛,尤其利用全基因組遺傳標(biāo)記進(jìn)行基因組選擇帶來了動(dòng)植物育種的革命,彌補(bǔ)了傳統(tǒng)育種方法的不足,受到了越來越多的關(guān)注[1]。動(dòng)植物中已開發(fā)了諸多商業(yè)化SNP芯片,以奶牛為例,有低密度的3K芯片(Bovine3K)和7

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10 張e，

本文編號(hào)：1171787