本文關鍵詞：SNP芯片基因型填充至測序數(shù)據(jù)的策略

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【摘要】：根據(jù)畜禽基因組信息,模擬了1條染色體測序數(shù)據(jù)、中密度和高密度SNP芯片數(shù)據(jù)。利用Beagle和FImpute將SNP芯片填充至測序數(shù)據(jù),提出了一步法和兩步法2種填充策略。結果表明,直接將中密度芯片填充至測序數(shù)據(jù)的一步法策略填充準確性較低,當公畜為參考群體時,兩步法策略將后裔填充準確性由一步法時的0.691提高至0.863;當不同規(guī)模母畜為參考群體時,一步法策略下半同胞填充準確性為0.553~0.664,而兩步法策略則大幅度提高到0.832~0.866。隨著參考群體的增加,SNP芯片到測序數(shù)據(jù)的填充準確性可進一步提高,同樣親緣關系也有助于填充準確性提高。一步法填充策略下,Beagle填充準確性低于FImpute,但隨著參考群體的擴大,差距逐步縮小,而在兩步法策略下,Beagle與FImpute基因型填充準確性沒有顯著差異。
【作者單位】： 中國農(nóng)業(yè)大學動物科學技術學院;農(nóng)業(yè)部動物遺傳育種與繁殖重點實驗室;國家畜禽育種工程實驗室;
【基金】：高等學校博士學科點專項科研基金資助項目(20110008110001) 國家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術體系生豬產(chǎn)業(yè)技術體系資助項目(CARS-36) 北京市科技計劃項目(D15110004615004)
【分類號】：Q811.4
【正文快照】： 隨著生物技術的發(fā)展,SNP芯片和二代測序技術在動植物育種中的應用逐漸廣泛,尤其利用全基因組遺傳標記進行基因組選擇帶來了動植物育種的革命,彌補了傳統(tǒng)育種方法的不足,受到了越來越多的關注[1]。動植物中已開發(fā)了諸多商業(yè)化SNP芯片,以奶牛為例,有低密度的3K芯片(Bovine3K)和7

【參考文獻】

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【共引文獻】

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