本文關鍵詞：基于生物信息學的hsa-miR-32靶基因預測與功能分析

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【摘要】：目的利用生物信息學方法,預測hsa-miR-32的靶基因并分析其功能,為深入研究其生物學功能提供指導和思路。方法利用miRBase數(shù)據(jù)庫獲取并分析不同物種的miR-32序列特征;從公共GEO(gene expression omnibus,GEO)數(shù)據(jù)庫中下載不同疾病相關的microRNA表達譜芯片數(shù)據(jù),通過miRGator v3.0在線工具和Qlucore Omics Explorer 3.0軟件分析hsa-miR-32在不同疾病組織中表達情況;并用Pic Tar、DIANA-micro T-CDS 7.0、PITA及miRanda等方法預測hsa-miR-32靶基因,對獲得的靶基因集合分別進行功能富集分析(gene ontology analysis)和生物通路富集分析(pathway enrichment analysis)。結果 miR-32在不同物種間高度保守。與癌旁正常組織相比,hsamiR-32在子宮癌、結直腸癌、胰腺癌、前列腺癌、乳腺癌等多種癌組織中表達異常(均有P0.05)。包括已被證實的靶基因,共得到168個候選基因,這些靶基因主要參與調控基因表達、細胞增殖、信號轉導、細胞死亡等生物學過程(均有P0.05),涉及小細胞肺癌、前列腺癌、膠質瘤、黑素瘤等疾病相關通路,以及p53等腫瘤相關信號通路和細胞周期等信號轉導通路(均有P0.05)。結論 hsa-miR-32功能廣泛,與癌癥的發(fā)生、發(fā)展密切相關。
【作者單位】： 南方醫(yī)科大學基礎醫(yī)學院基因工程研究所;解放軍第421醫(yī)院檢驗輸血科;
【關鍵詞】： 癌 基因 計算生物學 預測
【基金】：國家自然科學基金(39880032) 廣東省領軍人才基金(C1030925)
【分類號】：R730.2
【正文快照】： ，

本文編號：1129586