本文關(guān)鍵詞：海島棉GbHCT基因克隆及生物信息學(xué)分析

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【摘要】：克隆海島棉木質(zhì)素合成關(guān)鍵酶基因GbHCT全長cDNA序列,分析其在纖維不同發(fā)育時(shí)期的表達(dá)情況。根據(jù)海島棉轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的HCT序列設(shè)計(jì)引物,采用RT-PCR技術(shù)克隆基因,通過生物信息學(xué)方法分析GbHCT的cDNA序列和氨基酸序列。通過分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)研究GbHCT在纖維不同發(fā)育時(shí)期的表達(dá)。從海島棉中克隆了1個(gè)編碼HCT的基因GbHCT,開放閱讀框長度為1311bp,編碼436個(gè)氨基酸,蛋白質(zhì)分子量為48.58kD,等電點(diǎn)為6.03。GbHCT氨基酸序列中含有HTLGD和DFGWG2個(gè)保守基序。GbHCT氨基酸與陸地棉、亞洲棉和雷蒙德氏棉HCT一致性較高,與其他植物中的HCT氨基酸的一致性為55.7%-60.7%。轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn)GbHCT在纖維不同發(fā)育階段都有表達(dá),在5DPA的纖維中表達(dá)量最高,表明該基因可能參與棉花纖維的發(fā)育。
【作者單位】： 新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)學(xué)院新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)生物技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所棉花生物學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： 海島棉 HCT 基因克隆 生物信息學(xué)
【基金】：棉花生物學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室開放課題基金資助項(xiàng)目(CB2015A26) 國家自然基金項(xiàng)目(31360264) 國家大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓(xùn)練計(jì)劃項(xiàng)目(201510758001) 新疆維吾爾自治區(qū)自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(2014211A025,2013211B19) 新疆維吾爾自治區(qū)高技術(shù)研究發(fā)展計(jì)劃(201411103) 中國博士后科學(xué)基金(2015M582741) 新疆維吾爾自治區(qū)優(yōu)秀博士后普通資助
【分類號(hào)】：S562;Q943.2
【正文快照】： 棉花是世界上最重要的纖維作物之一,棉纖維品質(zhì)優(yōu)劣直接影響紡織品的市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)力[1,2]。棉花為錦葵科棉屬,棉屬有52個(gè)種,包括4個(gè)栽培棉種、47個(gè)野生棉種�，F(xiàn)廣泛種植的陸地棉和海島棉為異源四倍體栽培種[3]。陸地棉適應(yīng)性廣且產(chǎn)量高,占我國所產(chǎn)原棉的99%。海島棉在我國目前只有，

本文編號(hào)：1013470