DNA邏輯門無(wú)酶信號(hào)放大傳感分析方法的構(gòu)建和檢測(cè)miRNA的應(yīng)用
發(fā)布時(shí)間:2021-12-16 07:58
小分子核糖核酸(miRNA)是一種進(jìn)化保守的家庭內(nèi)生19-22元長(zhǎng)非編碼RNA,參與轉(zhuǎn)錄后的調(diào)控以及參與細(xì)胞的分化、增殖、凋亡、代謝,在多種生理和病理過(guò)程的作用是實(shí)現(xiàn)重大疾病的精準(zhǔn)早期診斷和預(yù)后基因治療。本論文工作采用表面增強(qiáng)拉曼檢測(cè)技術(shù)(Surface-enhanced Raman scattering,SERS),以微流控芯片為集成平臺(tái)將DNA無(wú)酶信號(hào)放大方法引入DNA邏輯門中,構(gòu)建了新型功能化DNA無(wú)酶信號(hào)放大邏輯系統(tǒng),實(shí)現(xiàn)了一系列邏輯運(yùn)算,并將邏輯運(yùn)算應(yīng)用于miRNA的檢測(cè)中,實(shí)現(xiàn)了高靈敏高選擇性的miRNA檢測(cè)在此基礎(chǔ)上,進(jìn)一步將靶引發(fā)級(jí)聯(lián)反應(yīng)DNA機(jī)器引入邏輯門運(yùn)算中,設(shè)計(jì)了新型的級(jí)聯(lián)反應(yīng)DNA納米機(jī)器邏輯門平臺(tái),結(jié)合SERS和熒光技術(shù),對(duì)腫瘤細(xì)胞中的miRNA進(jìn)行雙模式信號(hào)成像分析并實(shí)現(xiàn)沉默基因的輸出和治療。本論文包括以下兩個(gè)部分:(1)采用SERS技術(shù)和DNA無(wú)酶信號(hào)放大技術(shù),以微流控芯片為集成平臺(tái),本論文構(gòu)建了一種新型功能化DNA無(wú)酶信號(hào)放大邏輯系統(tǒng)。在邏輯門轉(zhuǎn)換單元中構(gòu)建了一種以折扇型結(jié)構(gòu)為主體的置換反應(yīng)區(qū),首次引入了無(wú)酶鏈替代循環(huán)反應(yīng),提高反應(yīng)信號(hào)響應(yīng)。在此基礎(chǔ)上...
【文章來(lái)源】:青島科技大學(xué)山東省
【文章頁(yè)數(shù)】:89 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
原位滾動(dòng)環(huán)轉(zhuǎn)錄同步機(jī)制(RCTsm)檢測(cè)miRNA原理圖[36]
DNA邏輯門無(wú)酶信號(hào)放大傳感分析方法的構(gòu)建和檢測(cè)miRNA的應(yīng)用4圖1-1原位滾動(dòng)環(huán)轉(zhuǎn)錄同步機(jī)制(RCTsm)檢測(cè)miRNA原理圖[36]Figure1-1SchematicdiagramofmiRNAdetectionbyinsiturollingringtranscriptionsynchronizationmechanism(RCTsm)[36]Pan等人[37]將鎖核酸(LNA)修飾的DNA探針固定在磁珠上,并通過(guò)選擇性雜交和隨后的磁分離測(cè)試從樣品基質(zhì)中分離目標(biāo)miRNA。此外,LNA修飾的探針顯示出高的核酸酶抗性,適用于復(fù)雜樣品分析。為了提高檢測(cè)靈敏度,引入了聚合酶輔助的miRNA聚腺苷酸化的信號(hào)放大,設(shè)計(jì)了通過(guò)甲酸水解擴(kuò)展的靶標(biāo)miRNA和HPLC-FD測(cè)定游離腺嘌呤的方法。該方法可以對(duì)生物學(xué)樣品(即牛血清和細(xì)胞裂解液)中的miRNA-21進(jìn)行定量檢測(cè)。圖1-2基于信號(hào)開(kāi)啟策略的HPLC-FD定量分析miRNA[37]。Figure1-2QuantitativeassayofmiRNAsbyHPLC-FDbasedonasignal-onstrategy[37].MiRNA對(duì)于轉(zhuǎn)錄后基因調(diào)控至關(guān)重要。Zhang等人[38]合成了一種新型的雙二茂鐵生物標(biāo)志物,將其放置在發(fā)夾DNA的兩端,從而產(chǎn)生了高效擴(kuò)增信號(hào)的探針。開(kāi)發(fā)了基于CHA和雙二茂鐵的雙擴(kuò)增miRNA電化學(xué)生物傳感器。首先將Au電極固定在DNA1(H1)
青島科技大學(xué)研究生學(xué)位論文5上。然后,靶標(biāo)miRNA與H1雜交以打開(kāi)其發(fā)夾結(jié)構(gòu),并暴露隱藏序列以進(jìn)一步補(bǔ)充H2。發(fā)夾DNA結(jié)構(gòu)(H2)在DNA序列的5"和3"末端具有兩個(gè)雙二茂鐵單元。作為進(jìn)一步的H2雜交的結(jié)果,靶從H1靶的雙鏈結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)移并用于隨后的雜交,導(dǎo)致大量的H2-H1雙鏈結(jié)構(gòu)附著在Au電極表面上。因此,在H2的5"末端標(biāo)記的越來(lái)越多的雙二茂鐵接近Au電極。此外,由于H2的3"端存在大量未雜交的T堿基,固定在H2的3"末端的雙二茂鐵也靠近Au電極。該電化學(xué)生物傳感器以高特異性擴(kuò)增實(shí)行了miRNA的檢測(cè)。圖1-3基于催化發(fā)夾裝配和新型雙二茂鐵標(biāo)記的miRNA檢測(cè)電化學(xué)生物傳感器[38]。Figure1-3TheelectrochemicalbiosensorbasedoncatalytichairpinassemblyandnovelbisferrocenelabelingformiRNAdetection[38].He等人[39]提出了一種非標(biāo)記和KF輔助的雙鏈延伸信號(hào)擴(kuò)增手段,用于靈敏地檢測(cè)miRNA-155。靶標(biāo)miRNA-155序列與發(fā)夾探針雜交,以在另一個(gè)發(fā)夾和部分雙鏈體的輔助下觸發(fā)兩個(gè)隨后的鏈延伸反應(yīng),并與KF酶和dNTPs共存。這導(dǎo)致形成大量G-四鏈體序列,這些序列可以與ThT染料結(jié)合,提高熒光強(qiáng)度,從而實(shí)現(xiàn)對(duì)miRNA-155的高度靈敏檢測(cè)。與其他方法相比,該方法具有兩個(gè)明顯的優(yōu)勢(shì)。首先,未經(jīng)修飾的核酸探針用于實(shí)現(xiàn)miRNA的完全非標(biāo)記檢測(cè)。第二,兩條鏈延伸回收利用含義的整合顯示了檢測(cè)fM水平的miRNA-155的高靈敏度。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Enzyme-free and multiplexed micro RNA detection using micro RNA-initiated DNA molecular motor[J]. Hui Wang,Honghong Wang,Chenghui Liu,Xinrui Duan,Zhengping Li. Science China(Chemistry). 2016(01)
本文編號(hào):3537782
【文章來(lái)源】:青島科技大學(xué)山東省
【文章頁(yè)數(shù)】:89 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
原位滾動(dòng)環(huán)轉(zhuǎn)錄同步機(jī)制(RCTsm)檢測(cè)miRNA原理圖[36]
DNA邏輯門無(wú)酶信號(hào)放大傳感分析方法的構(gòu)建和檢測(cè)miRNA的應(yīng)用4圖1-1原位滾動(dòng)環(huán)轉(zhuǎn)錄同步機(jī)制(RCTsm)檢測(cè)miRNA原理圖[36]Figure1-1SchematicdiagramofmiRNAdetectionbyinsiturollingringtranscriptionsynchronizationmechanism(RCTsm)[36]Pan等人[37]將鎖核酸(LNA)修飾的DNA探針固定在磁珠上,并通過(guò)選擇性雜交和隨后的磁分離測(cè)試從樣品基質(zhì)中分離目標(biāo)miRNA。此外,LNA修飾的探針顯示出高的核酸酶抗性,適用于復(fù)雜樣品分析。為了提高檢測(cè)靈敏度,引入了聚合酶輔助的miRNA聚腺苷酸化的信號(hào)放大,設(shè)計(jì)了通過(guò)甲酸水解擴(kuò)展的靶標(biāo)miRNA和HPLC-FD測(cè)定游離腺嘌呤的方法。該方法可以對(duì)生物學(xué)樣品(即牛血清和細(xì)胞裂解液)中的miRNA-21進(jìn)行定量檢測(cè)。圖1-2基于信號(hào)開(kāi)啟策略的HPLC-FD定量分析miRNA[37]。Figure1-2QuantitativeassayofmiRNAsbyHPLC-FDbasedonasignal-onstrategy[37].MiRNA對(duì)于轉(zhuǎn)錄后基因調(diào)控至關(guān)重要。Zhang等人[38]合成了一種新型的雙二茂鐵生物標(biāo)志物,將其放置在發(fā)夾DNA的兩端,從而產(chǎn)生了高效擴(kuò)增信號(hào)的探針。開(kāi)發(fā)了基于CHA和雙二茂鐵的雙擴(kuò)增miRNA電化學(xué)生物傳感器。首先將Au電極固定在DNA1(H1)
青島科技大學(xué)研究生學(xué)位論文5上。然后,靶標(biāo)miRNA與H1雜交以打開(kāi)其發(fā)夾結(jié)構(gòu),并暴露隱藏序列以進(jìn)一步補(bǔ)充H2。發(fā)夾DNA結(jié)構(gòu)(H2)在DNA序列的5"和3"末端具有兩個(gè)雙二茂鐵單元。作為進(jìn)一步的H2雜交的結(jié)果,靶從H1靶的雙鏈結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)移并用于隨后的雜交,導(dǎo)致大量的H2-H1雙鏈結(jié)構(gòu)附著在Au電極表面上。因此,在H2的5"末端標(biāo)記的越來(lái)越多的雙二茂鐵接近Au電極。此外,由于H2的3"端存在大量未雜交的T堿基,固定在H2的3"末端的雙二茂鐵也靠近Au電極。該電化學(xué)生物傳感器以高特異性擴(kuò)增實(shí)行了miRNA的檢測(cè)。圖1-3基于催化發(fā)夾裝配和新型雙二茂鐵標(biāo)記的miRNA檢測(cè)電化學(xué)生物傳感器[38]。Figure1-3TheelectrochemicalbiosensorbasedoncatalytichairpinassemblyandnovelbisferrocenelabelingformiRNAdetection[38].He等人[39]提出了一種非標(biāo)記和KF輔助的雙鏈延伸信號(hào)擴(kuò)增手段,用于靈敏地檢測(cè)miRNA-155。靶標(biāo)miRNA-155序列與發(fā)夾探針雜交,以在另一個(gè)發(fā)夾和部分雙鏈體的輔助下觸發(fā)兩個(gè)隨后的鏈延伸反應(yīng),并與KF酶和dNTPs共存。這導(dǎo)致形成大量G-四鏈體序列,這些序列可以與ThT染料結(jié)合,提高熒光強(qiáng)度,從而實(shí)現(xiàn)對(duì)miRNA-155的高度靈敏檢測(cè)。與其他方法相比,該方法具有兩個(gè)明顯的優(yōu)勢(shì)。首先,未經(jīng)修飾的核酸探針用于實(shí)現(xiàn)miRNA的完全非標(biāo)記檢測(cè)。第二,兩條鏈延伸回收利用含義的整合顯示了檢測(cè)fM水平的miRNA-155的高靈敏度。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Enzyme-free and multiplexed micro RNA detection using micro RNA-initiated DNA molecular motor[J]. Hui Wang,Honghong Wang,Chenghui Liu,Xinrui Duan,Zhengping Li. Science China(Chemistry). 2016(01)
本文編號(hào):3537782
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