基于LC-MS的白色鏈霉菌代謝物差異分析及其應(yīng)用研究
發(fā)布時(shí)間:2021-03-25 00:03
鏈霉菌的次級(jí)代謝能力非常強(qiáng)大,代謝形式更是繁復(fù)多樣,其可以提供豐富的天然產(chǎn)物,被廣泛應(yīng)用于人類醫(yī)學(xué),動(dòng)物健康和植物作物保護(hù)。但是我們對(duì)鏈霉菌的代謝路徑、生物合成基因簇功能的了解還是相對(duì)有限,通過對(duì)微生物代謝組學(xué)的分析,可以對(duì)鏈霉菌的細(xì)胞功能有更深層次的了解。(1)目前,代謝物的識(shí)別和鑒定是代謝組學(xué)進(jìn)展最重要的限制因素之一,建立代謝物二級(jí)質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫可以有效地促進(jìn)代謝組學(xué)的發(fā)展。我們利用HPLC-Q-TOF高分辨質(zhì)譜對(duì)模式菌株白色鏈霉菌(Streptomyces albus)的代謝產(chǎn)物進(jìn)行檢測(cè),然后通過二級(jí)質(zhì)譜(Auto ms/ms)對(duì)代謝物的結(jié)構(gòu)進(jìn)行鑒定,從而建立基礎(chǔ)的白色鏈霉菌代謝物質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫。通過實(shí)驗(yàn)本文共獲得了1188個(gè)二級(jí)質(zhì)譜譜圖,297種無重復(fù)的化合物二級(jí)質(zhì)譜數(shù)據(jù),鑒定了其中52種代謝產(chǎn)物。此數(shù)據(jù)庫為后續(xù)分析白色鏈霉菌以及其為宿主的異源表達(dá)菌株的代謝差異和研究SF2768生物合成基因簇功能奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。(2)SF2768為雙異腈天然活性物質(zhì),具有潛在應(yīng)用價(jià)值。本章研究旨在揭示SF2768的生物合成途徑,尋找可能的生物合成前體,解釋其生物合成基因簇的功能。首先,本文比較了野生...
【文章來源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:85 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
基于Metlin的代謝物鑒別工作流程圖
、樣品前處理方法、液相色譜分離條件、質(zhì)譜采集參化。養(yǎng)基及培養(yǎng)方式的選擇考察了菌體的培養(yǎng)方式,包括固體培養(yǎng)、液體培養(yǎng)、 培養(yǎng)基、MS 培養(yǎng)基)。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,在 2CM 培養(yǎng)為 2CM 營(yíng)養(yǎng)貧瘠,不利于白色鏈霉菌的代謝,故本實(shí)S 培養(yǎng)基中含有大量的大豆餅粉,營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)豐富,白于此培養(yǎng)基基質(zhì)復(fù)雜,經(jīng)過樣品前處理后進(jìn)質(zhì)譜檢測(cè)擾效應(yīng)。所以最終本實(shí)驗(yàn)選擇基質(zhì)簡(jiǎn)單,營(yíng)養(yǎng)程度適中培養(yǎng)被污染時(shí),固體培養(yǎng)易于觀察,而且其樣品前處最終選擇固體培養(yǎng)方式。圖 2-1 為液培、固培菌體外
圖 2-2 液相方法優(yōu)化色譜圖Fig. 2-2 The Chromatograms in different liquid separation methods3.2 二級(jí)質(zhì)譜數(shù)據(jù)的采集與初步處理由于Q-TOF-MS的靈敏度很高,而且容易獲取大量的二級(jí)質(zhì)譜片段,同時(shí)對(duì)于Q-TOF-MS來說,具有可以同時(shí)獲得幾百個(gè)高分辨率和精確度的二級(jí)質(zhì)譜數(shù)據(jù)的功能,所以我們利用Q-TOF-MS檢測(cè)模式菌株白色鏈霉菌代謝產(chǎn)物,快速獲得大批量二級(jí)質(zhì)譜圖。0 5 10 15 20 255.0x1051.0x1061.5x1062.0x1062.5x10method 2Aquisition Time(min)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Nuclear magnetic resonance based metabolomics and liver diseases: Recent advances and future clinical applications[J]. Roland Amathieu,Mohamed Nawfal Triba,Corentine Goossens,Nadia Bouchemal,Pierre Nahon,Philippe Savarin,Laurence Le Moyec. World Journal of Gastroenterology. 2016(01)
[2]微生物代謝組學(xué)研究及應(yīng)用進(jìn)展[J]. 席曉敏,張和平. 食品科學(xué). 2016(11)
[3]廈門霉素生物合成基因簇在白色鏈霉菌及吸水鏈霉菌FR-008中的異源表達(dá)[J]. 張金龍. 信陽師范學(xué)院學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2015(02)
[4]微生物次級(jí)代謝產(chǎn)物生物合成基因簇異源表達(dá)研究進(jìn)展[J]. 杜東霞. 中國(guó)抗生素雜志. 2012(08)
[5]代謝組學(xué)研究策略與方法的新進(jìn)展[J]. 夏建飛,梁瓊麟,胡坪,王義明,羅國(guó)安. 分析化學(xué). 2009(01)
[6]鏈霉菌基因組及次生代謝研究進(jìn)展[J]. 吳雪昌,繆克排,錢凱先. 遺傳學(xué)報(bào). 2005(11)
[7]非核糖體多肽合成酶研究進(jìn)展[J]. 明鎮(zhèn)寰,潘建偉,朱睦元. 生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展. 2002(05)
碩士論文
[1]色譜—質(zhì)譜聯(lián)用分析微生物代謝網(wǎng)絡(luò)[D]. 許衛(wèi)萍.大連工業(yè)大學(xué) 2011
[2]模式鏈霉菌可移動(dòng)基因組的比較分析[D]. 邵鈺城.上海交通大學(xué) 2011
本文編號(hào):3098642
【文章來源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:85 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
基于Metlin的代謝物鑒別工作流程圖
、樣品前處理方法、液相色譜分離條件、質(zhì)譜采集參化。養(yǎng)基及培養(yǎng)方式的選擇考察了菌體的培養(yǎng)方式,包括固體培養(yǎng)、液體培養(yǎng)、 培養(yǎng)基、MS 培養(yǎng)基)。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,在 2CM 培養(yǎng)為 2CM 營(yíng)養(yǎng)貧瘠,不利于白色鏈霉菌的代謝,故本實(shí)S 培養(yǎng)基中含有大量的大豆餅粉,營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)豐富,白于此培養(yǎng)基基質(zhì)復(fù)雜,經(jīng)過樣品前處理后進(jìn)質(zhì)譜檢測(cè)擾效應(yīng)。所以最終本實(shí)驗(yàn)選擇基質(zhì)簡(jiǎn)單,營(yíng)養(yǎng)程度適中培養(yǎng)被污染時(shí),固體培養(yǎng)易于觀察,而且其樣品前處最終選擇固體培養(yǎng)方式。圖 2-1 為液培、固培菌體外
圖 2-2 液相方法優(yōu)化色譜圖Fig. 2-2 The Chromatograms in different liquid separation methods3.2 二級(jí)質(zhì)譜數(shù)據(jù)的采集與初步處理由于Q-TOF-MS的靈敏度很高,而且容易獲取大量的二級(jí)質(zhì)譜片段,同時(shí)對(duì)于Q-TOF-MS來說,具有可以同時(shí)獲得幾百個(gè)高分辨率和精確度的二級(jí)質(zhì)譜數(shù)據(jù)的功能,所以我們利用Q-TOF-MS檢測(cè)模式菌株白色鏈霉菌代謝產(chǎn)物,快速獲得大批量二級(jí)質(zhì)譜圖。0 5 10 15 20 255.0x1051.0x1061.5x1062.0x1062.5x10method 2Aquisition Time(min)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Nuclear magnetic resonance based metabolomics and liver diseases: Recent advances and future clinical applications[J]. Roland Amathieu,Mohamed Nawfal Triba,Corentine Goossens,Nadia Bouchemal,Pierre Nahon,Philippe Savarin,Laurence Le Moyec. World Journal of Gastroenterology. 2016(01)
[2]微生物代謝組學(xué)研究及應(yīng)用進(jìn)展[J]. 席曉敏,張和平. 食品科學(xué). 2016(11)
[3]廈門霉素生物合成基因簇在白色鏈霉菌及吸水鏈霉菌FR-008中的異源表達(dá)[J]. 張金龍. 信陽師范學(xué)院學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2015(02)
[4]微生物次級(jí)代謝產(chǎn)物生物合成基因簇異源表達(dá)研究進(jìn)展[J]. 杜東霞. 中國(guó)抗生素雜志. 2012(08)
[5]代謝組學(xué)研究策略與方法的新進(jìn)展[J]. 夏建飛,梁瓊麟,胡坪,王義明,羅國(guó)安. 分析化學(xué). 2009(01)
[6]鏈霉菌基因組及次生代謝研究進(jìn)展[J]. 吳雪昌,繆克排,錢凱先. 遺傳學(xué)報(bào). 2005(11)
[7]非核糖體多肽合成酶研究進(jìn)展[J]. 明鎮(zhèn)寰,潘建偉,朱睦元. 生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展. 2002(05)
碩士論文
[1]色譜—質(zhì)譜聯(lián)用分析微生物代謝網(wǎng)絡(luò)[D]. 許衛(wèi)萍.大連工業(yè)大學(xué) 2011
[2]模式鏈霉菌可移動(dòng)基因組的比較分析[D]. 邵鈺城.上海交通大學(xué) 2011
本文編號(hào):3098642
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