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基于堿基切除修復(fù)的熒光生物傳感策略用于尿嘧啶-DNA糖基化酶活性檢測(cè)

發(fā)布時(shí)間:2020-06-22 09:13
【摘要】:尿嘧啶-DNA糖基化酶(UDG)對(duì)DNA中尿嘧啶特異性識(shí)別和移除,屬于尿嘧啶損傷修復(fù)蛋白,它通過識(shí)別DNA中的尿嘧啶并切斷尿嘧啶與脫氧核糖之間的N-糖苷鍵來移除尿嘧啶(U)堿基,產(chǎn)生無堿基或無嘧啶(AP)位點(diǎn),啟動(dòng)堿基切除修復(fù)路徑,然后結(jié)合其他蛋白酶完成整個(gè)DNA損傷修復(fù)過程。它在堿基切除修復(fù)路徑中具有重要的作用,可維持基因組完整性。鑒于以上分析,本文利用堿基切除修復(fù)的熒光生物傳感方法對(duì)UDG活性進(jìn)行靈敏、準(zhǔn)確檢測(cè)。本文共分為三章:第一章為緒論,概述了堿基切除的產(chǎn)生原因和機(jī)理、UDG的結(jié)構(gòu)和功能、研究意義以及分析歸納了目前關(guān)于UDG活性的傳統(tǒng)檢測(cè)方法和新型生物傳感檢測(cè)方法,并指出檢測(cè)方法中存在的問題。第二章構(gòu)建了一種基于自引物自模板循環(huán)滾環(huán)擴(kuò)增(Self-RRCA)策略用于UDG活性的靈敏和準(zhǔn)確檢測(cè)。首先,設(shè)計(jì)了含有一個(gè)U的不成熟的模板鏈,它與引物鏈部分互補(bǔ),形成一個(gè)前體擴(kuò)增子識(shí)別探針。經(jīng)UDG和內(nèi)切酶Ⅳ(endoⅣ)作用后,前體擴(kuò)增子探針發(fā)生構(gòu)象轉(zhuǎn)變,進(jìn)而形成一個(gè)RCA擴(kuò)增子。然后RCA擴(kuò)增子被用于觸發(fā)RCA反應(yīng),經(jīng)Nt.BbvCI切刻酶作用,新的擴(kuò)增子被釋放來觸發(fā)下一輪RCA,這就構(gòu)成了一個(gè)Self-RRCA。在這個(gè)方法中,設(shè)計(jì)的不成熟模板與引物在連接部分不完全互補(bǔ),這可有效地避免非特異性連接,最終有效地避免非特異性擴(kuò)增。相比線性RCA,Self-RRCA展現(xiàn)了更高的擴(kuò)增效率。由于以上優(yōu)勢(shì),本方法實(shí)現(xiàn)了 UDG的靈敏和準(zhǔn)確檢測(cè),檢測(cè)限低至510-5U mL-1。而且,這個(gè)方法用于篩選UDG抑制劑和分析HeLa細(xì)胞裂解液中的UDG活性。這個(gè)方法將會(huì)提供一種有前景的分析工具用于進(jìn)一步的UDG生物研究和臨床診斷。第三章構(gòu)建了一種基于內(nèi)源性酶觸發(fā)的DNA walker用于胞內(nèi)檢測(cè)UDG活性。首先,金納米顆粒上修飾有3'端標(biāo)記熒光團(tuán)FAM的且含有U堿基的底物鏈(SR)和DNAwalker鏈(DW)。由于熒光共振能量轉(zhuǎn)移,金納米顆粒將SR上熒光淬滅掉。其次,DW上有一部分與SR堿基互補(bǔ),在目標(biāo)物UDG作用下,尿嘧啶堿基被移除,產(chǎn)生AP位點(diǎn)。緊接著在AP內(nèi)切酶(APE1)作用下,將AP位點(diǎn)切割,底物鏈被切斷后熒光恢復(fù)。隨后,DW繼續(xù)與下一條SR雜交,產(chǎn)生增強(qiáng)的熒光信號(hào)。此策略中,首先,DNA walker的運(yùn)行是由胞內(nèi)內(nèi)源性酶觸發(fā)的,無需外加蛋白酶或其他任何物質(zhì),保證了 DNAwalker在胞內(nèi)的正常運(yùn)行。其次,由于金納米顆粒上DNA局部濃度增大,可進(jìn)一步促進(jìn)酶切反應(yīng)和底物鏈的卸載,這有利于DNA walker的快速反應(yīng)和熒光釋放,最后,由于DNA負(fù)載到金納米顆粒上可有效避免胞內(nèi)核酸酶對(duì)DNA鏈的降解。本文提出的這一策略將為胞內(nèi)檢測(cè)其他DNA修復(fù)酶提供一個(gè)重要的工具。
【學(xué)位授予單位】:山東大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號(hào)】:O657.3
【圖文】:

示意圖,尿嘧啶,貝塔,切除修復(fù)


圖i.i堿基切除修復(fù)路徑示意圖24逡逑啶-DNA糖基化酶概述逡逑啶-DNA糖基化酶的結(jié)構(gòu)和功能逡逑啶-DNA糖基化酶(UDG)是DNA糖基化酶中的一種,屬于白,分子量大約為37邋KDa,屬于小的單體蛋白,無需其他輔因其活性28。它是高度保守型的,由4個(gè)平行的貝塔折疊和8個(gè)而且4個(gè)平行的貝塔折疊是由8阿爾法螺旋包圍著,其二級(jí)

示意圖,結(jié)構(gòu)示意圖,脫氧尿苷,貝塔


著、春4逡逑##逡逑wu?,/逡逑圖1.3邋UDG作用于DNA的示意圖35_37。逡逑注:含脫氧尿苷的DNA綁定到UDG的被8個(gè)阿爾法螺旋包圍著的四條平行貝塔折疊逡逑的C-末端邊緣。脫氧尿苷核苷酸從堿基堆里翻轉(zhuǎn)過來進(jìn)入酶活性位點(diǎn)。逡逑3逡逑

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本文編號(hào):2725516

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