本文關(guān)鍵詞：分子動力學(xué)模擬別構(gòu)抑制劑Efavirenz對HIV-1逆轉(zhuǎn)錄酶的作用

  更多相關(guān)文章： HIV-I逆轉(zhuǎn)錄酶 逆轉(zhuǎn)錄酶抑制劑 別構(gòu)抑制劑 分子動力學(xué)模擬 構(gòu)象

【摘要】：為了理解非核苷類逆轉(zhuǎn)錄酶抑制劑(NNRTIs)與HIV-1逆轉(zhuǎn)錄酶(RT)的相互作用機(jī)制,利用新力場ff12SB對未結(jié)合和結(jié)合Efavirenz(EFV)逆轉(zhuǎn)錄酶的三種RT大分子體系分別進(jìn)行了100 ns的長時間動力學(xué)模擬。通過分析EFV對RT結(jié)構(gòu)的影響、不同殘基柔性和不同體系構(gòu)象的動力學(xué)行為等,發(fā)現(xiàn)EFV的結(jié)合會導(dǎo)致RT結(jié)構(gòu)變化,從而影響RT的活性;證實(shí)了EFV的"分子楔"作用;還發(fā)現(xiàn)EFV的結(jié)合不但引起"拇指關(guān)節(jié)炎",而且引起輕度"手指關(guān)節(jié)炎";整個模擬過程中沒有出現(xiàn)不同構(gòu)象間的躍遷,但是無別構(gòu)分子時的RT張開構(gòu)象表現(xiàn)出明顯的閉合傾向。這些結(jié)果有助于理解NNRTIs的抑制機(jī)制和RT構(gòu)象變化的動力學(xué)性質(zhì)。另外,還比較分析了模擬方法對計算結(jié)果的影響,對大分子體系的動力學(xué)模擬具有重要借鑒意義。
【作者單位】： 山東師范大學(xué)物理與電子科學(xué)學(xué)院;
【基金】：國家自然科學(xué)基金(11274206)資助項(xiàng)目~~
【分類號】：O641.3
【正文快照】： 1引言逆轉(zhuǎn)錄酶(RT)在I型人體免疫缺陷病毒(HIV-1)復(fù)制過程中,可以催化病毒RNA基因組使之逆轉(zhuǎn)錄為雙鏈DNA病毒前體,因此是發(fā)明抗艾滋病(anti-AIDS)新藥的一個重要靶酶1。目前,以RT為靶治療艾滋病的藥物中,非核苷類RT抑制劑(NNRTIs)被認(rèn)為是一類具有前景的特效藥2-4。NNRTIs也稱

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 王麗,邊秀房,李輝;金屬Cu液固轉(zhuǎn)變及晶體生長的分子動力學(xué)模擬[J];物理化學(xué)學(xué)報;2000年09期

2 滕智津,韓振為;分子動力學(xué)模擬在蛋白質(zhì)固體表面吸附構(gòu)象轉(zhuǎn)變中的應(yīng)用[J];化學(xué)工業(yè)與工程;2005年03期

3 黃金保;劉朝;江德正;;分子動力學(xué)模擬在聚合物熱解中的應(yīng)用[J];功能高分子學(xué)報;2009年01期

4 馬云霞;趙慧霞;楊曉峰;;分子動力學(xué)模擬的基本步驟及誤差分析[J];硅谷;2012年03期

5 吳方棣;鄭輝東;劉俊劭;鄭細(xì)鳴;;分子動力學(xué)模擬在化工中的應(yīng)用進(jìn)展[J];重慶理工大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué));2013年10期

6 徐英武,王存新,施蘊(yùn)渝;環(huán)孢霉素A分子的隨機(jī)動力學(xué)模擬[J];中國科學(xué)(B輯 化學(xué) 生命科學(xué) 地學(xué));1993年07期

7 王慧娟;陳成;鄧聯(lián)文;江建軍;;硅晶體中點(diǎn)缺陷結(jié)合過程的分子動力學(xué)模擬[J];材料科學(xué)與工程學(xué)報;2007年02期

8 劉倩;岳紅;張慧軍;莊昌清;;聚合物共混相容性分子動力學(xué)模擬進(jìn)展[J];材料開發(fā)與應(yīng)用;2011年03期

9 岳雅娟;劉清芝;伍聯(lián)營;胡仰棟;;有機(jī)分子在聚乙烯膜中擴(kuò)散過程的分子動力學(xué)模擬[J];化工學(xué)報;2012年01期

10 羅彬賓;李祥;陳云飛;;超薄水膜剪切流的分子動力學(xué)模擬[J];機(jī)械工程學(xué)報;2007年09期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 黃慶生;吳洪明;吳建華;;用納米孔道測定蛋白質(zhì)序列的分子動力學(xué)模擬[A];第八屆全國生物力學(xué)學(xué)術(shù)會議論文集[C];2006年

2 岳紅偉;王艷;陳光巨;;不同的識別劑、剪切劑對接到DNA上的動力學(xué)模擬比較[A];中國化學(xué)會第27屆學(xué)術(shù)年會第14分會場摘要集[C];2010年

3 言天英;高學(xué)平;Gregory A．Voth;;分子動力學(xué)模擬離子液體的結(jié)構(gòu)與動力學(xué)性質(zhì)[A];中國化學(xué)會第九屆全國量子化學(xué)學(xué)術(shù)會議暨慶祝徐光憲教授從教六十年論文摘要集[C];2005年

4 黃世萍;;分子篩中烷烴的甲基旋轉(zhuǎn)動力學(xué):分子動力學(xué)模擬研究[A];中國化學(xué)會第26屆學(xué)術(shù)年會理論化學(xué)方法和應(yīng)用分會場論文集[C];2008年

5 田國才;華一新;;分子動力學(xué)模擬研究離子液體中水分子的光譜和動力學(xué)[A];中國化學(xué)會第26屆學(xué)術(shù)年會理論化學(xué)方法和應(yīng)用分會場論文集[C];2008年

6 王后芳;雷鳴;;小分子抑制劑與甲狀腺結(jié)合前清蛋白對接,分子動力學(xué)模擬及結(jié)合自由能計算研究[A];中國化學(xué)會第26屆學(xué)術(shù)年會化學(xué)信息學(xué)與化學(xué)計量學(xué)分會場論文集[C];2008年

7 張輝;李全偉;李英;李志強(qiáng);;泡沫液膜的分子動力學(xué)模擬及泡沫析液機(jī)制的研究[A];中國化學(xué)會第十二屆膠體與界面化學(xué)會議論文摘要集[C];2009年

8 徐愛進(jìn);周哲瑋;胡國輝;;固體平板上超薄水膜潤濕過程的分子動力學(xué)模擬[A];慶祝中國力學(xué)學(xué)會成立50周年暨中國力學(xué)學(xué)會學(xué)術(shù)大會’2007論文摘要集（下）[C];2007年

9 張繼偉;卞富永;施國軍;徐四川;;多巴胺在細(xì)胞膜中擴(kuò)散和透過分子動力學(xué)模擬研究[A];第八屆全國化學(xué)生物學(xué)學(xué)術(shù)會議論文摘要集[C];2013年

10 趙克杰;陳常青;;銅單晶中納米孔洞生長尺度效應(yīng)的分子動力學(xué)模擬[A];慶祝中國力學(xué)學(xué)會成立50周年暨中國力學(xué)學(xué)會學(xué)術(shù)大會’2007論文摘要集（下）[C];2007年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 ;曙光超級計算機(jī)縮短病毒研究時間[N];中國電子報;2006年

2 記者 耿挺;鋁如何對人體造成傷害[N];上�？萍紙�;2014年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 張云安;微尺度下單晶硅疲勞失效機(jī)理的分子動力學(xué)模擬研究[D];國防科學(xué)技術(shù)大學(xué);2014年

2 于華;蛋白質(zhì)—肽相互作用的分子動力學(xué)模擬研究[D];浙江大學(xué);2015年

3 張仕通;層狀復(fù)合金屬氫氧化物理論模擬分子力場的建立及其結(jié)構(gòu)拓?fù)滢D(zhuǎn)變研究[D];北京化工大學(xué);2015年

4 孫浩;糖原合成酶激酶-3β結(jié)構(gòu)與功能的動力學(xué)模擬研究[D];浙江大學(xué);2009年

5 陳林;極端嗜熱蛋白結(jié)構(gòu)與功能的分子動力學(xué)模擬研究[D];吉林大學(xué);2013年

6 王瑩;基于分子動力學(xué)模擬的兩種重要蛋白結(jié)構(gòu)與功能研究[D];上海交通大學(xué);2012年

7 薛嶠;分子動力學(xué)模擬在生物大分子體系中的應(yīng)用[D];吉林大學(xué);2014年

8 楊坤;一類非平衡分子動力學(xué)模擬中優(yōu)化方法的研究[D];大連理工大學(xué);2009年

9 韓立波;銅缺陷熔化及其沖擊力學(xué)行為的分子動力學(xué)模擬[D];中國科學(xué)技術(shù)大學(xué);2010年

10 仲秀娟;離子液體聯(lián)合原子力場開發(fā)與分子動力學(xué)模擬[D];北京化工大學(xué);2012年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 代春月;白細(xì)胞介素IL-8及受體CXCR1的分子動力學(xué)模擬[D];華南理工大學(xué);2015年

2 王正;RO/R_2O-Al_2O_3-SiO_2熔體粘度特性的分子動力學(xué)模擬[D];山東建筑大學(xué);2015年

3 鐘建峰;抑雜劑與離子型稀土礦中鋁雜質(zhì)相互作用的分子動力學(xué)模擬分析[D];江西理工大學(xué);2015年

4 相敏;金屬熔體特征溫度的分子動力學(xué)模擬[D];西安工業(yè)大學(xué);2015年

5 胡立梅;蛋白質(zhì)在材料表面吸附的分子動力學(xué)模擬[D];山東大學(xué);2015年

6 趙智博;兩種與癌癥相關(guān)的酶的結(jié)構(gòu)與活性的分子模擬研究[D];哈爾濱工業(yè)大學(xué);2015年

7 黎迪暉;水堿浸泡條件下環(huán)氧樹脂的性能演化與分子動力學(xué)模擬[D];哈爾濱工業(yè)大學(xué);2015年

8 郭子鳳;碲基材料熱導(dǎo)率的分子動力學(xué)模擬[D];廣西大學(xué);2015年

9 李晶晶;服飾皮革材料熱穩(wěn)定性的分子動力學(xué)模擬研究[D];武漢紡織大學(xué);2015年

10 侯銀菊;鋁熔化各向異性的分子動力學(xué)模擬[D];山西大學(xué);2014年

，

本文編號：1298551