本文關(guān)鍵詞：堿基對(duì)在DNA雙螺旋鏈上分離的自由能計(jì)算（英文）

  更多相關(guān)文章： 平均力勢 氫鍵 分子動(dòng)力學(xué)模擬 傘形取樣

【摘要】：DNA是大部分生物包括病毒的基因載體。DNA雙螺旋鏈通過A=T和G≡C兩種堿基對(duì)編碼實(shí)現(xiàn)對(duì)遺傳信息的存儲(chǔ)。堿基對(duì)中的相互作用對(duì)DNA雙螺旋鏈的穩(wěn)定性起到重要作用,直接關(guān)系到基因的復(fù)制和轉(zhuǎn)錄。當(dāng)前研究中,我們構(gòu)建了四組不同結(jié)構(gòu)的DNA雙螺旋鏈,進(jìn)行了總共4.3μs的分子動(dòng)力學(xué)模擬。通過傘形取樣技術(shù)計(jì)算了DNA雙螺旋鏈中堿基對(duì)分離的自由能曲線,并從分子尺度細(xì)節(jié)和相互作用能對(duì)自由能曲線進(jìn)行解析。在堿基對(duì)G≡C的自由能曲線(PMF-PGC)上觀察到三個(gè)峰,通過監(jiān)測氫鍵數(shù)目的變化發(fā)現(xiàn)分別對(duì)應(yīng)于G≡C三個(gè)氫鍵的斷裂;而在A=T的自由能曲線(PMF-PAT)上只出現(xiàn)一個(gè)峰,說明A=T的兩個(gè)氫鍵在分離過程中幾乎同時(shí)斷裂。PMF-PGC的總能壘比PMF-PAT高,主要是因?yàn)镚≡C比A=T多一個(gè)氫鍵,更穩(wěn)定。兩條曲線的后段自由能仍然升高,而此時(shí)堿基對(duì)的氫鍵已斷裂,這是DNA鏈骨架剛性所導(dǎo)致。我們還研究了堿基對(duì)穩(wěn)定性受相鄰堿基對(duì)的影響,發(fā)現(xiàn)鄰近G≡C堿基對(duì)會(huì)增強(qiáng)A=T的穩(wěn)定性,C≡G會(huì)削弱A=T的穩(wěn)定性,T=A對(duì)A=T的影響較小。
【作者單位】： 四川師范大學(xué)化學(xué)與材料科學(xué)學(xué)院;中國科學(xué)院理論物理研究所 理論物理國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：supported by the National Natural Science Foundation of China(11405113) Science and Technology Plan of Sichuan Province;China(2010JY0122) Science Research Fund of Sichuan Normal University;China(10MSL02)~~
【分類號(hào)】：Q503;O641.3
【正文快照】： 1 IntroductionDNA duplexes are double-stranded DNA(ds DNA),in whichtwo complementary nucleic acid strands are combined into onehelix.DNA is the primary genetic material for biological objects.The studies on its structures and functions are the basis of e

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 紀(jì)軍,楊瑞馥;電化學(xué)生物傳感器快速檢測DNA研究進(jìn)展[J];生物技術(shù)通訊;2002年02期

2 王志軍,袁正宏,聞?dòng)衩?DNA的電荷轉(zhuǎn)移[J];生命的化學(xué);2003年05期

3 冀海偉,劉道杰;卟啉試劑在DNA檢測中的應(yīng)用[J];化學(xué)試劑;2005年02期

4 ;Study on the binding mode of Mg(Sal_2trien) with DNA[J];Chinese Science Bulletin;2006年19期

5 劉孟黎;韋小謙;;兩種DNA抽提方法的操作過程及影響因素分析[J];現(xiàn)代檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)雜志;2006年05期

6 ;Effect of Concentration of DNA in DNA Damage Induced by γ-ray[J];Annual Report of China Institute of Atomic Energy;2006年00期

7 ;Effect of Dose Rate in DNA Damage Induced by γ-ray[J];Annual Report of China Institute of Atomic Energy;2006年00期

8 焦鵬;葉文靜;常起;趙曉民;;從血液中提取DNA方法探討[J];實(shí)用醫(yī)技雜志;2007年03期

9 楊同文;朱自學(xué);;廚房中粗提DNA[J];生物學(xué)通報(bào);2007年03期

10 ;科學(xué)家確定一種新的與DNA復(fù)制相關(guān)的酶[J];廣西科學(xué);2008年01期

中國重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 梁金玲;吳玲玲;周劍章;林仲華;;電化學(xué)石英晶體微天平研究DNA的控電位雜交[A];第十三次全國電化學(xué)會(huì)議論文摘要集（下集）[C];2005年

2 范新萍;;孕婦外周血中游離DNA的分級(jí)分離方法初探[A];第五次全國中青年檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編[C];2006年

3 鄭利雄;李放娟;吳育慶;張桂梅;何桂蕎;熊峰;;熒光定量PCR法在檢測梅毒血清TP-DNA中的應(yīng)用[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)第十二次全國皮膚性病學(xué)術(shù)會(huì)議論文集[C];2006年

4 邵勇;劉亭麗;張罡棋;朱曉青;;基于脫堿基位點(diǎn)設(shè)計(jì)的DNA單核苷多型的小分子識(shí)別研究[A];中國化學(xué)會(huì)第十五屆全國有機(jī)分析及生物分析學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2009年

5 關(guān)明;;高分辨熔解技術(shù)在分子檢驗(yàn)中的應(yīng)用[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)第八次全國檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議暨中華醫(yī)學(xué)會(huì)檢驗(yàn)分會(huì)成立30周年慶典大會(huì)資料匯編[C];2009年

6 ;DNA G-quadruplexes as potential anticancer drug targets[A];第一屆全國生物物理化學(xué)會(huì)議暨生物物理化學(xué)發(fā)展戰(zhàn)略研討會(huì)論文摘要集[C];2010年

7 張新躍;;牧草DNA基因多態(tài)性研究與在草業(yè)中的應(yīng)用[A];中國草學(xué)會(huì)飼料生產(chǎn)專業(yè)委員會(huì)第十六次學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2011年

8 Michael M.Yang;;FABRICATION OF DNA CHIPS FOR DIAGNOSTIC AND ENVIRONMENTAL APPLICATIONS[A];首屆粵港生物物理學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];1999年

9 鄧用川;陳菊培;羅越華;李冠一;林棲鳳;;紅樹DNA導(dǎo)入水稻引起的變異[A];植物分子育種——第四屆全國植物分子育種學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2004年

10 李延;張成孝;;電化學(xué)發(fā)光檢測DNA的初步研究[A];中國化學(xué)會(huì)第十屆膠體與界面化學(xué)會(huì)議論文摘要集[C];2004年

中國重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 記者 徐敏;DNA分子為何不穩(wěn)定？[N];解放日?qǐng)?bào);2005年

2 劉工;DNA計(jì)算機(jī)微乎其微 功能強(qiáng)大[N];經(jīng)濟(jì)參考報(bào);2002年

3 北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 侯巧明;DNA識(shí)別遺傳信息判斷人[N];計(jì)算機(jī)世界;2001年

4 陳丹;以科學(xué)家研制出DNA計(jì)算機(jī)[N];科技日?qǐng)?bào);2001年

5 郭朝元;克隆永續(xù)經(jīng)營的DNA[N];民營經(jīng)濟(jì)報(bào);2005年

6 本報(bào)記者 翟永太 聶同鋼;DNA“精確制導(dǎo)”[N];人民公安報(bào);2006年

7 張夢然;首個(gè)近乎完全由人造“零件”搭建的DNA分子問世[N];科技日?qǐng)?bào);2008年

8 韓梁;DNA證據(jù)可偽造,刑案鑒定蒙陰影[N];新華每日電訊;2009年

9 記者 鄭曉春;可區(qū)分真?zhèn)蜠NA的檢測技術(shù)問世[N];科技日?qǐng)?bào);2009年

10 記者 王艷紅;以研制出新型DNA計(jì)算機(jī)[N];新華每日電訊;2001年

，

本文編號(hào)：1231708