本文選題：煙草　切入點(diǎn)：種質(zhì)資源　出處：《山東農(nóng)業(yè)大學(xué)》2016年碩士論文

【摘要】：煙草(Nicotiana tabacum L)是茄科(Solanaceae)煙草屬植物,是在世界范圍內(nèi)都非常重要的經(jīng)濟(jì)作物,同時煙草作為一種模式植物在現(xiàn)代分子生物學(xué)和生命科學(xué)的多個相關(guān)領(lǐng)域都應(yīng)用廣泛。SNP是新興的一種分子標(biāo)記方法,具有密度高,準(zhǔn)確性好,實(shí)驗(yàn)操作簡單等優(yōu)點(diǎn),成為當(dāng)前研究的熱點(diǎn)。本實(shí)驗(yàn)針對已有SNP預(yù)測軟件的不足,開發(fā)了一個植物SNP預(yù)測平臺,并通過此平臺研究了已知的煙草EST序列,開發(fā)了大量的SNP位點(diǎn),并選擇位點(diǎn)設(shè)計(jì)引物進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證和物種親緣關(guān)系的鑒定。主要結(jié)果如下：1、使用60個植物作為對比, 開發(fā)了植物SNIP預(yù)測平臺CsSNP(http://biodb.sdau.edu.cn/cssnp/index,html.)。2、基于10種煙草EST序列,開發(fā)了20,607,973個潛在的SNP位點(diǎn),其豐度是在67 SNPs/KB (N. tabacum)和 256 SNPs/KB (N. suaveolens x tabacum)之間,平均豐度為87.57 SNPs／KB。共統(tǒng)計(jì)了12個類型的SNP,并且表明SNP在基因組中是廣泛存在的。統(tǒng)計(jì)結(jié)果表明堿基之間置換(59.22%)的比例要大于顛換(40.78%)3、根據(jù)SNP位點(diǎn)設(shè)計(jì)引物,并在15個煙草品種中進(jìn)行擴(kuò)增后進(jìn)行測序；對所測序列進(jìn)行聯(lián)配并聚類分析,可以區(qū)別出不同煙草品種的親緣。4、基于得到的煙草SNP信息, 構(gòu)建了第一個煙草SNP數(shù)據(jù)庫NSNP(http://biodb.sdau.edu.cn/nsnp/)。
[Abstract]:Nicotiana tabacum L) is a plant of Solanaceae, which is a very important cash crop in the world. Tobacco, as a model plant, has been widely used in many related fields of modern molecular biology and life sciences. SNP is a new molecular marker method, which has the advantages of high density, good accuracy, simple experiment and so on. In this study, a plant SNP prediction platform was developed, and the known EST sequences of tobacco were studied, and a large number of SNP loci were developed. The main results are as follows: 1. Using 60 plants as a comparison, a plant SNIP prediction platform, CsSNPN, was developed to predict plant SNIP, namely, http: r. R. Biodb.sdau.edu.cnrcssnpindexhtml.tml.2. based on 10 tobacco EST sequences, 20607973 potential SNP loci were developed with abundance between 67 SNPs/KB n. tabacum and 256 SNPs/KB n. suaveolens x tabacum. The average abundance was 87.57 SNPs / KB.A total of 12 types of SNPs were counted, and the results showed that SNP existed widely in the genome. The statistical results showed that the proportion of SNP was higher than that of transposition 40.78%. The primers were designed according to the SNP locus. The genetic relationship of different tobacco varieties can be distinguished by combining and clustering analysis. Based on the obtained tobacco SNP information, the first tobacco SNP database was constructed, namely http: / / / biodb.sdau.edu.cnrnsnpr.
【學(xué)位授予單位】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S572;Q943.2

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：1688833