【摘要】：隨著基因組研究的不斷深入,目前已有大量的分子生物信息公共數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)可供研究者使用。然而牛、羊、駱駝等反芻家畜的基因組數(shù)據(jù)分散存儲(chǔ)在多個(gè)不同的公共數(shù)據(jù)庫中,需要研究人員循環(huán)往復(fù)地在不同數(shù)據(jù)庫平臺(tái)上檢索下載,使得研究人員耗費(fèi)了較多的時(shí)間與精力。因此,反芻家畜基因組一體化存儲(chǔ)平臺(tái)的構(gòu)建勢(shì)在必行。同時(shí),隨著測(cè)序技術(shù)的迅猛發(fā)展和測(cè)序成本的大幅度下降,基因組測(cè)序數(shù)據(jù)呈現(xiàn)爆發(fā)式增長的趨勢(shì),使得基因組數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)和管理面臨著前所未有的挑戰(zhàn),傳統(tǒng)的存儲(chǔ)技術(shù)已無法滿足大數(shù)據(jù)時(shí)代的需求。因此,建立一個(gè)基于大數(shù)據(jù)技術(shù)的反芻家畜基因組大數(shù)據(jù)管理平臺(tái)具有較大的現(xiàn)實(shí)意義。本文的具體工作如下:(1)首先,本文調(diào)研了大型公共數(shù)據(jù)庫以及相關(guān)文獻(xiàn),結(jié)合應(yīng)用信息生物學(xué)研究室人員的研究需求,設(shè)計(jì)了基因組數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)模型。并從NCBI和ENSEMBL等公共數(shù)據(jù)庫整合下載了牛、羊、駱駝等物種的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)、全基因組數(shù)據(jù)與變異數(shù)據(jù)23000多條,約30TB的數(shù)據(jù)量,為反芻家畜基因組大數(shù)據(jù)管理平臺(tái)的建設(shè)提供充分的數(shù)據(jù)支持。(2)其次,本文以生物信息領(lǐng)域海量基因組數(shù)據(jù)存儲(chǔ)與檢索需求為背景,提出了一種基于MongoDB分布式集群的反芻家畜基因組大數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)方案。并以Spring MVC框架為核心,結(jié)合Ajax與Vue等技術(shù),采用Java編程語言對(duì)整體平臺(tái)進(jìn)行功能實(shí)現(xiàn),主要為用戶提供了對(duì)基因組數(shù)據(jù)的一系列操作,如序列文件的上傳與下載、Excel表中批量基因組數(shù)據(jù)的導(dǎo)入以及基因組描述文檔的增、刪、改、查等管理功能,最終形成了反芻家畜基因組大數(shù)據(jù)管理平臺(tái)。(3)最后,本文在5個(gè)節(jié)點(diǎn)的MongoDB分布式集群上部署了反芻家畜基因組大數(shù)據(jù)管理平臺(tái),并且采用黑盒測(cè)試方法對(duì)平臺(tái)的核心功能進(jìn)行測(cè)試,實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,該平臺(tái)具備良好的用戶體驗(yàn)且各功能使用正常。該平臺(tái)的設(shè)計(jì)與開發(fā)為反芻家畜基因組學(xué)的研究提供了一個(gè)良好的數(shù)據(jù)平臺(tái),為從事反芻家畜基因組學(xué)研究的工作者提供了方便和幫助。
【圖文】：

圖1分片集群架構(gòu)圈

圖２邋復(fù)制集架構(gòu)圖逡逑Ｆｉｇ．２邋Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ邋ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ邋ｄｉａｇｒａｍ逡逑
【學(xué)位授予單位】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：TP311.13;S813.1;TP311.52

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前7條

1 周煒;;云環(huán)境下提升MongoDB自動(dòng)分片性能研究[J];科技創(chuàng)新導(dǎo)報(bào);2013年29期

2 饒冬梅;;NCBI數(shù)據(jù)庫及其資源的獲取[J];科技視界;2013年07期

3 李健;石冬琴;;軟件黑盒測(cè)試方法研究及應(yīng)用[J];中國高新技術(shù)企業(yè);2011年04期

4 吳茂昌;陽玉琴;;基于MVC模式的Java主流框架整合技術(shù)研究[J];計(jì)算機(jī)與數(shù)字工程;2009年10期

5 劉克;;MVC架構(gòu)及其在Web應(yīng)用開發(fā)中的應(yīng)用[J];計(jì)算機(jī)應(yīng)用與軟件;2006年07期

6 黃廷華;曹建華;余梅;劉榜;朱猛進(jìn);趙書紅;李奎;樊斌;;豬專門化分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫的建立及其初步應(yīng)用[J];豬業(yè)科學(xué);2006年02期

7 張文廣;陳銘;李金泉;;絨山羊分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫的設(shè)計(jì)與構(gòu)建[J];中國生物工程雜志;2005年S1期

相關(guān)博士學(xué)位論文 前2條

1 胡泉軍;牦�；蚪M數(shù)據(jù)庫建設(shè)[D];蘭州大學(xué);2014年

2 段軍;家蠶基因組數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建及應(yīng)用[D];西南大學(xué);2008年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前2條

1 方健飛;蝙蝠基因組數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建[D];華東師范大學(xué);2015年

2 王智慧;基于NoSQL的智能電網(wǎng)數(shù)據(jù)云存儲(chǔ)研究及應(yīng)用[D];華北電力大學(xué);2015年

，

本文編號(hào)：2650922