DNA甲基化作為一種重要的表觀遺傳學(xué)修飾機(jī)制與癌癥的發(fā)生發(fā)展有著密切的關(guān)系。近年來(lái),人們已在癌組織樣本中發(fā)現(xiàn)了大量的基于DNA甲基化水平絕對(duì)量的癌癥甲基化診斷標(biāo)記。但是,這些標(biāo)記普遍存在可重復(fù)性低的問(wèn)題。然而已有研究表明基于基因表達(dá)水平的相對(duì)大小秩次關(guān)系的腫瘤標(biāo)記物具有較高的穩(wěn)健性。因此,本文首先評(píng)估了基于DNA甲基化水平相對(duì)大小的秩次關(guān)系來(lái)尋找癌癥診斷標(biāo)記的可行性。本文第一部分分別從五種不同癌組織的甲基化譜數(shù)據(jù)中選出了DNA甲基化水平的相對(duì)大小秩次關(guān)系在癌癥和正常樣本間發(fā)生顯著逆轉(zhuǎn)的CpG位點(diǎn)對(duì),并根據(jù)這些逆轉(zhuǎn)對(duì)的DNA甲基化水平的秩次關(guān)系,利用投票規(guī)則對(duì)測(cè)試集和驗(yàn)證集中的樣本進(jìn)行預(yù)測(cè)。結(jié)果顯示這些標(biāo)記對(duì)癌癥和正常樣本的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率均達(dá)到90%以上且具有很好的跨數(shù)據(jù)集預(yù)測(cè)能力,提示基于DNA甲基化水平秩次關(guān)系的癌癥診斷標(biāo)記同樣具有較高的穩(wěn)健性且這類標(biāo)志可以自然地應(yīng)用于個(gè)體的鑒別診斷。相比于組織樣本,在外周血中發(fā)現(xiàn)的分子標(biāo)記更便于臨床應(yīng)用。但是,目前在外周全血、血清中識(shí)別的癌癥相關(guān)的DNA甲基化標(biāo)記的來(lái)源和特異性尚不清楚。因此,在本文的第二部分中我們分別在全基因組水平上對(duì)頭頸癌、卵巢癌外...

【文章頁(yè)數(shù)】：120 頁(yè)

【部分圖文】：

圖1-1.DNA甲基化圖示

第一章緒論NA甲基化簡(jiǎn)介DNA甲基化及其生物學(xué)功能觀遺傳學(xué)主要研究的對(duì)象是DNA甲基化、RNA干擾、組蛋白修飾變DNA序列的前提下引起可遺傳的基因表達(dá)或細(xì)胞表型變化的分子中DNA甲基化是人類最早發(fā)現(xiàn)的表觀遺傳機(jī)制。所謂的DNA甲基A甲基轉(zhuǎn)移酶（DNMT）的....

圖1-2DNA甲基化芯片檢測(cè)原理

圖1-2DNA甲基化芯片檢測(cè)原理（本圖根據(jù)來(lái)自http://www.bioon.com.cn/server/Show_product.asp?id=9265的圖片重繪）1.2癌癥組織中的DNA甲基化標(biāo)記癌癥是人類最常見(jiàn)的致死性疾病之一。據(jù)報(bào)道，2012年全世界有....

圖1-3外周全血中主要白細(xì)胞類型

圖1-3外周全血中主要白細(xì)胞類型1.3.2癌癥血清中的DNA甲基化標(biāo)記利用血清樣本來(lái)尋找癌癥的標(biāo)記物的假設(shè)是血清中可能包含脫落、壞死或破裂的腫瘤細(xì)胞的DNA[31]。基于這類假設(shè)，研究者通常以在癌癥病人組織中發(fā)現(xiàn)的異常高甲基化位點(diǎn)或以與癌癥發(fā)生發(fā)展相關(guān)的關(guān)鍵基因作為候....

圖2-1研究流程

第二章基于DNA甲基化水平秩次關(guān)系尋找癌癥診斷標(biāo)記和正常樣本間廣泛存在DNA甲基化水平相對(duì)大小秩次關(guān)系發(fā)生逆轉(zhuǎn)的現(xiàn)象。但是由于找到的R-CpGs數(shù)目較大，我們需要進(jìn)一步挑選最具有代表性的R-CpGs來(lái)作為候選癌癥診斷標(biāo)記。我們發(fā)現(xiàn)CpG位點(diǎn)在R-CpGs中出....

本文編號(hào)：3944893