目的隨著基因測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展,人類基因組中越來(lái)越多的長(zhǎng)鏈非編碼RNA(long-noncoding RNA,lncRNA)被鑒定出來(lái)。大量的研究表明,lncRNA在細(xì)胞的眾多生命活動(dòng)中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用,部分lncRNA在癌癥中異常表達(dá),在癌癥的發(fā)生、發(fā)展中扮演著重要的角色。然而,大多數(shù)lncRNA在癌癥中的功能卻未知,因此,鑒定癌癥相關(guān)的lncRNA及其功能已成為生命科學(xué)領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)之一。生物信息學(xué)方法基于豐富的測(cè)序等高通量數(shù)據(jù)、較為成熟的算法及高效的計(jì)算機(jī)工具,已成為基因功能研究的主要手段之一,其中包括對(duì)lncRNA的鑒定與功能注釋。本研究基于CRISPR在多種癌細(xì)胞系中的全基因組篩選數(shù)據(jù),運(yùn)用生物信息學(xué)方法獲取癌癥相關(guān)的蛋白編碼基因,并利用統(tǒng)計(jì)學(xué)模型預(yù)測(cè)癌癥相關(guān)的lncRNA,進(jìn)而預(yù)測(cè)其有關(guān)的調(diào)控分子,構(gòu)建調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò),實(shí)現(xiàn)對(duì)癌癥相關(guān)lncRNA的功能注釋。方法本研究利用CRISPR在69個(gè)癌細(xì)胞系樣本中的全基因組篩選測(cè)序數(shù)據(jù),獲取到1231個(gè)癌癥相關(guān)的蛋白編碼基因,基于所整合的蛋白編碼基因—lncRNA共表達(dá)、蛋白編碼基因與蛋白編碼基因共表達(dá)、及蛋白蛋白相互作用(protei...

【文章頁(yè)數(shù)】：82 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
1 引言
    1.1 LncRNA 參與癌癥基因調(diào)控
    1.2 CRISPR/Cas9 技術(shù)與lncRNA
        1.2.1 CRISPR/Cas9 技術(shù)簡(jiǎn)介
        1.2.2 CRISPR/Cas9 在 lncRNA 方面的應(yīng)用
    1.3 隨機(jī)游走算法
        1.3.1 網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)
        1.3.2 馬爾科夫鏈
        1.3.3 基于網(wǎng)絡(luò)圖的重啟隨機(jī)游走
2 材料和方法
    2.1 數(shù)據(jù)來(lái)源
        2.1.1 CRISPR/Cas9 全基因組高通量篩選數(shù)據(jù)
        2.1.2 蛋白編碼基因—lncRNA 關(guān)系數(shù)據(jù)
        2.1.3 基因注釋信息
    2.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理
    2.3 蛋白編碼基因—lncRNA 關(guān)系網(wǎng)絡(luò)
    2.4 LncRNA 調(diào)控關(guān)系的預(yù)測(cè)
    2.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法
        2.5.1 t檢驗(yàn)
        2.5.2 皮爾森相關(guān)
        2.5.3 超幾何分布檢驗(yàn)
        2.5.4 Bootstrap 分析
        2.5.5 Wilcoxon 秩和檢驗(yàn)
    2.6 基于蛋白編碼基因—lncRNA 關(guān)系網(wǎng)絡(luò)的隨機(jī)游走算法
    2.7 軟件及工具
    2.8 本研究中的難點(diǎn)
3 實(shí)驗(yàn)及預(yù)測(cè)結(jié)果
    3.1 篩選癌癥重要的蛋白編碼基因
        3.1.1 癌癥重要基因的網(wǎng)絡(luò)特征
        3.1.2 癌癥重要基因在各癌癥中的表達(dá)特點(diǎn)
        3.1.3 基因功能和通路富集分析
    3.2 鑒定癌癥相關(guān)的 lncRNA
        3.2.1 基于蛋白編碼基因—lncRNA 關(guān)系網(wǎng)絡(luò)的超幾何分布檢驗(yàn)
        3.2.2 基于蛋白編碼基因—lncRNA 關(guān)系網(wǎng)絡(luò)的隨機(jī)游走
        3.2.3 預(yù)測(cè)癌癥相關(guān)的 lncRNA
    3.3 預(yù)測(cè) lncRNA 的調(diào)控因子
    3.4 注釋癌癥相關(guān) lncRNA 的功能
        3.4.1 富集分析注釋 lncRNA 的功能
4 討論
    4.1 LncRNA 功能的重要性
    4.2 CIRSPR 篩選數(shù)據(jù)鑒定重要基因
    4.3 預(yù)測(cè)方法的評(píng)價(jià)
    4.4 LncRNA 功能的注釋評(píng)價(jià)
5 結(jié)論及展望
    5.1 結(jié)論
    5.2 展望
參考文獻(xiàn)
附錄A 本研究鑒定與預(yù)測(cè)癌癥相關(guān)的 lncRNA
附錄B 綜述
    參考文獻(xiàn)(
在學(xué)研究成果
致謝



本文編號(hào)：3888871