一、肺癌診斷和預后標志物研究 二、三陰性乳腺癌預后相關因子NCAPD2的研究
發(fā)布時間：2021-10-12 22:13
第一部分肺癌診斷和預后標志物研究第一章通過肺發(fā)育數(shù)據(jù)挖掘肺腺癌預后相關因子SMC4背景:腫瘤是一種非常復雜的分子網(wǎng)絡病,腫瘤中的突變基因不僅數(shù)目眾多、功能復雜而且處于動態(tài)的生物分子網(wǎng)絡之中。腫瘤細胞的高度異質性、無序性以及癌前階段發(fā)現(xiàn)難、取材難等特點給腫瘤研究帶來了很大的挑戰(zhàn)。越來越多的證據(jù)顯示,胚胎發(fā)育和腫瘤發(fā)生在基因表達模式以及細胞生物學行為方面存在驚人的相似性,因此腫瘤可以被認為是一種的經(jīng)歷異常和無監(jiān)控器官發(fā)育的特殊器官。但與腫瘤發(fā)生不同,胚胎發(fā)育是一個高度保守、高度一致性的精密調控過程。胚胎發(fā)育過程中,分子調控網(wǎng)絡高度有序,而且不同個體的發(fā)育過程以及發(fā)育過程中發(fā)生的分子變化高度一致。因此利用胚胎發(fā)育作為研究腫瘤的模型可以在最大程度上規(guī)避腫瘤異質性給研究帶來的種種困難,有助于闡明掩蓋于高度異質性和無序下的腫瘤的內在本質特征。目的:本課題旨在探索通過胚胎發(fā)育和腫瘤發(fā)生的比較研究挖掘潛在腫瘤關鍵基因的可行性。材料和方法:分析了44例肺發(fā)育數(shù)據(jù)中1640個持續(xù)一致性變化的基因在69例肺腺癌數(shù)據(jù)中的表達模式,并使用這些基因構建了肺發(fā)育過程的分子共表達網(wǎng)絡,通過篩選高連通度節(jié)點并利用派系過...
【文章來源】：北京協(xié)和醫(yī)學院北京市 211工程院校 985工程院校
【文章頁數(shù)】：121 頁
【學位級別】：博士
【部分圖文】：
圖３?ＳＭＣ４基因在肺腺癌組織中異常髙表達??（Ａ）?ＳＭＣ４的ｍＲＮＡ表達水平在肺腺癌組織中相對成人肺組織顯著高表達
表達組共１２６例（ＳＭＣ４－Ｌ），表達值高于ＳＭＣ４下四分位數(shù)的樣本定義為ＳＭＣ４??高表達組共３８０例（ＳＭＣ４－Ｈ）。生存分析結果顯示，ＳＭＣ４基因高表達與肺腺癌??患者的不良預后密切相關（Ｌｏｇ－ｒａｎｋｔｅｓｔ，?ｐ?＝?０．０２４，圖５）。下一步利用Ｃｏｘ比例??風險回歸模型來評估ＳＭＣ４基因表達水平對肺腺癌病人生存的影響，單因素以及??多因素Ｃｏｘ回歸結果均顯示：與ＳＭＣ４基因低表達相比，ＳＭＣ４基因高表達增加了??肺腺癌相關死亡風險（表２）。這一結果表明，ＳＭＣ４基因不僅在肺腺癌組織中??異常高表達，而且其高表達還是肺腺癌獨立的預后不良因素。??３６??
?第一部分第二章結果??基因表達譜間存在的整體差異。如圖６Ａ所示，肺癌患者樣本與健康人樣本分布??在不同的區(qū)域內、界限清晰，兩者的基因表達譜差異明顯。健康人樣本集中在一??起，而肺癌患者樣本分成了兩部分分別集中于兩個不同的區(qū)域。此外，不同病理??類型的肺癌患者樣本混雜在一起沒有明顯的區(qū)別。接下來，利用ｋ－ｍｅａｎｓ算法對??樣本進行非監(jiān)督聚類，在樣本分類的過程中僅根據(jù)樣本降維后在三個維度的特征??差別進行分類而不去考慮樣本原本的類別。如圖６Ｂ所示，所有樣本共被分為了??３類，健康人樣本主要被分在了?Ｇｒｏｕｐｌ?（８６．８％）中，少部分被分入了?Ｇｒｏｕｐ２??（５．２％）和Ｇｒｏｕｐ３?（７．９％）中；而月市癌樣本被分為了?２類分別被分入了?Ｇｒｏｕｐ２??（２３．２％）和Ｇｒｏｕｐ３中（７６．７％）。這些結果表明肺癌患者與健康人的外周血白??細胞基因表達譜具有明顯的差異，并且具有不同的分類特征，同時肺癌患者間的??外周血白細胞基因表達譜也存在區(qū)別。??Ａ?參?Ｚ－ａｘｉｓ?Ｂ?參魯?Ｚ－ａｘｉｓ??Ａ?’族、、？?’族、??Ｘ－ａｘｉｓ＿?？?Ｘ－ａｘｉｓ＂＂＂？？－??？?ｆｔ！康人?Ｊ?？?Ｇｒｏｕｐｌ?Ｗ??＊?肺鱗癌?Ｙ－ａｘｔｅ?？?Ｇｒｏｕｐ２?Ｖ－ａｘｉｓ??＊肺腺楠?？?Ｇｒｏｕｐ３??小細胞肺癌??圖６肺癌患者和健康人外周血白細胞基因表達譜ｔ－ＳＮＥ降維散點圖??（Ａ）利用Ｔ分布隨機近鄰嵌入算法將高維的基因表達譜數(shù)據(jù)降維到３維
【參考文獻】：
期刊論文
[1]Cancer statistics: updated cancer burden in China[J]. Wanqing Chen. Chinese Journal of Cancer Research. 2015(01)
[2]Gene expression profile of peripheral blood in colorectal cancer[J]. Yu-Tien Chang,Chi-Shuan Huang,Chung-Tay Yao,Sui-Lung Su,Harn-Jing Terng,Hsiu-Ling Chou,Yu-Ching Chou,Kang-Hua Chen,Yun-Wen Shih,Chian-Yu Lu,Ching-Huang Lai,Chen-En Jian,Chiao-Huang Lin,Chien-Ting Chen,Yi-Syuan Wu,Ke-Shin Lin,Thomas Wetter,Chi-Wen Chang,Chi-Ming Chu. World Journal of Gastroenterology. 2014(39)
本文編號：3433400
【文章來源】：北京協(xié)和醫(yī)學院北京市 211工程院校 985工程院校
【文章頁數(shù)】：121 頁
【學位級別】：博士
【部分圖文】：
圖３?ＳＭＣ４基因在肺腺癌組織中異常髙表達??（Ａ）?ＳＭＣ４的ｍＲＮＡ表達水平在肺腺癌組織中相對成人肺組織顯著高表達
表達組共１２６例（ＳＭＣ４－Ｌ），表達值高于ＳＭＣ４下四分位數(shù)的樣本定義為ＳＭＣ４??高表達組共３８０例（ＳＭＣ４－Ｈ）。生存分析結果顯示，ＳＭＣ４基因高表達與肺腺癌??患者的不良預后密切相關（Ｌｏｇ－ｒａｎｋｔｅｓｔ，?ｐ?＝?０．０２４，圖５）。下一步利用Ｃｏｘ比例??風險回歸模型來評估ＳＭＣ４基因表達水平對肺腺癌病人生存的影響，單因素以及??多因素Ｃｏｘ回歸結果均顯示：與ＳＭＣ４基因低表達相比，ＳＭＣ４基因高表達增加了??肺腺癌相關死亡風險（表２）。這一結果表明，ＳＭＣ４基因不僅在肺腺癌組織中??異常高表達，而且其高表達還是肺腺癌獨立的預后不良因素。??３６??
?第一部分第二章結果??基因表達譜間存在的整體差異。如圖６Ａ所示，肺癌患者樣本與健康人樣本分布??在不同的區(qū)域內、界限清晰，兩者的基因表達譜差異明顯。健康人樣本集中在一??起，而肺癌患者樣本分成了兩部分分別集中于兩個不同的區(qū)域。此外，不同病理??類型的肺癌患者樣本混雜在一起沒有明顯的區(qū)別。接下來，利用ｋ－ｍｅａｎｓ算法對??樣本進行非監(jiān)督聚類，在樣本分類的過程中僅根據(jù)樣本降維后在三個維度的特征??差別進行分類而不去考慮樣本原本的類別。如圖６Ｂ所示，所有樣本共被分為了??３類，健康人樣本主要被分在了?Ｇｒｏｕｐｌ?（８６．８％）中，少部分被分入了?Ｇｒｏｕｐ２??（５．２％）和Ｇｒｏｕｐ３?（７．９％）中；而月市癌樣本被分為了?２類分別被分入了?Ｇｒｏｕｐ２??（２３．２％）和Ｇｒｏｕｐ３中（７６．７％）。這些結果表明肺癌患者與健康人的外周血白??細胞基因表達譜具有明顯的差異，并且具有不同的分類特征，同時肺癌患者間的??外周血白細胞基因表達譜也存在區(qū)別。??Ａ?參?Ｚ－ａｘｉｓ?Ｂ?參魯?Ｚ－ａｘｉｓ??Ａ?’族、、？?’族、??Ｘ－ａｘｉｓ＿?？?Ｘ－ａｘｉｓ＂＂＂？？－??？?ｆｔ！康人?Ｊ?？?Ｇｒｏｕｐｌ?Ｗ??＊?肺鱗癌?Ｙ－ａｘｔｅ?？?Ｇｒｏｕｐ２?Ｖ－ａｘｉｓ??＊肺腺楠?？?Ｇｒｏｕｐ３??小細胞肺癌??圖６肺癌患者和健康人外周血白細胞基因表達譜ｔ－ＳＮＥ降維散點圖??（Ａ）利用Ｔ分布隨機近鄰嵌入算法將高維的基因表達譜數(shù)據(jù)降維到３維
【參考文獻】：
期刊論文
[1]Cancer statistics: updated cancer burden in China[J]. Wanqing Chen. Chinese Journal of Cancer Research. 2015(01)
[2]Gene expression profile of peripheral blood in colorectal cancer[J]. Yu-Tien Chang,Chi-Shuan Huang,Chung-Tay Yao,Sui-Lung Su,Harn-Jing Terng,Hsiu-Ling Chou,Yu-Ching Chou,Kang-Hua Chen,Yun-Wen Shih,Chian-Yu Lu,Ching-Huang Lai,Chen-En Jian,Chiao-Huang Lin,Chien-Ting Chen,Yi-Syuan Wu,Ke-Shin Lin,Thomas Wetter,Chi-Wen Chang,Chi-Ming Chu. World Journal of Gastroenterology. 2014(39)
本文編號：3433400
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