背景和目的（1）利用TCGA以及GEO數(shù)據(jù)庫通過生物信息學的方法篩選出亞裔肝細胞癌（HCC）特異性lncRNAHA02-IT1,并預(yù)測其功能。（2）預(yù)測HAO2-IT1上游轉(zhuǎn)錄因子及下游調(diào)控靶基因,并分析與臨床特征的關(guān)聯(lián)性。（3）收集HCC組織樣本進行qRT-PCR實驗,驗證HAO2-IT1、HAO2和LEF1基因的差異表達情況及相關(guān)性。材料與方法（1）從TCGA以及GEO數(shù)據(jù)庫下載關(guān)于亞裔HCC的表達譜文件以及臨床信息文件,進行差異分析后利用Venn分析以及生存分析篩選出共同的差異且和生存相關(guān)的lncRNA。（2）利用GSEA軟件對HAO2-IT1進行基因集富集分析,利用R軟件進行GO以及KEGG分析預(yù)測HAO2-IT1的功能。（3）對HAO2-IT1進行共表達分析以及轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測分析篩選出上下游有調(diào)控關(guān)系的靶基因以及轉(zhuǎn)錄因子分別是HAO2和LEF1。（4）通過qRT-PCR對HCC組織標本中HAO2-IT1、HAO2和LEF1的表達差異情況行驗證以及相關(guān)性分析。結(jié)果（1）TCGA 聯(lián)合 GEO 分析發(fā)現(xiàn) 4 個差異 lncRNAs,HHIP-AS1、HAO2-IT1和HAND2-A... 

【文章來源】：鄭州大學河南省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：49 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖２ＨＡ０２－ＩＴ１相關(guān)的ＧＯ?（左）以及ＫＥＧＧ分析（右）??３?ＨＡ０２－ＩＴ１?的?ＧＳＥＡ?分析??

?ｉ?ｐ?＝?０．００５?丨?１?＝Ｌ－??．ｒ?Ｗ?Ｈａｚａｒｄ?Ｒａｔｉｏ?＝?０．３８?ｇ〇?２５．?Ｈａｚａｒｄ?Ｒａｔｉｏ?＝?０．５２??Ｊ?．?？?〇?〇〇．?９５０／０?Ｃ？：?０．２１－０．６９?°?９５０／０?Ｃｌ：?０．３１－０．８７??—１?１?１?１?＾?０?２?４?６?８?０?００?Ｕ?，??，???０?１?２?３?４?５?６?Ｔｉｍｅ?〇?２?４?６??ＨＡ０２－ＩＴ１?ｍｎｐｍｓｔｏｏ?Ｔｉｍｅ??圖４?ＨＡ０２－ＩＴ１靶基因ＨＡ０２的篩選??注：Ａ圖為ＨＡ０２和ＨＡ０２－ＩＴ１的相關(guān)性圖；Ｂ圖為ＨＡ０２的總生存分析圖；Ｃ圖為??ＨＡ０２的無病生存分析圖，紅線代表高表達，綠線代表低表達。??５?ＨＡ０２－ＩＴ１轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測??轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測分析共發(fā)現(xiàn)３１２個轉(zhuǎn)錄因子對ＨＡ０２－ＩＴ１有調(diào)控關(guān)系，將３１２??個轉(zhuǎn)錄因子與ＨＡ０２－ＩＴ１行共表達分析，顯示ＬＥＦ１和ＨＡ０２－ＩＴ１有相關(guān)性??（ｃｏｒ＝－０．４２５?＆Ｐ＜０．００１）（圖５）。ＴＣＧＡ表達譜差異分析結(jié)果顯示ＬＥＦ１為差異??表達基因（ｌｏｇ２ＦＣ＝３．７４２８２２，Ｐ＝０．０００２９４），在?ＨＣＣ?中上調(diào)。??Ｃ〇ｐ：－０．４２５?（ｐ－ｖａｌｕｅ＝１．４６１ｅ－０８）??Ｐ?？？?？？？?？？？??ｒｉ?ｘ．：．．?？??ｉ?－?？?？?？＊？？?？??寸－＊?？?？??＇?．＊?．?．?．?？??參??？?？?？？?？??ＣＭ?４＾?，?，?１?１?１?１￣??０?１?２?３?４?５?６??ＨＡ０２－ＩＴ１?ｅｘｐｒ

０２－ＩＴ１?ｍｎｐｍｓｔｏｏ?Ｔｉｍｅ??圖４?ＨＡ０２－ＩＴ１靶基因ＨＡ０２的篩選??注：Ａ圖為ＨＡ０２和ＨＡ０２－ＩＴ１的相關(guān)性圖；Ｂ圖為ＨＡ０２的總生存分析圖；Ｃ圖為??ＨＡ０２的無病生存分析圖，紅線代表高表達，綠線代表低表達。??５?ＨＡ０２－ＩＴ１轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測??轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測分析共發(fā)現(xiàn)３１２個轉(zhuǎn)錄因子對ＨＡ０２－ＩＴ１有調(diào)控關(guān)系，將３１２??個轉(zhuǎn)錄因子與ＨＡ０２－ＩＴ１行共表達分析，顯示ＬＥＦ１和ＨＡ０２－ＩＴ１有相關(guān)性??（ｃｏｒ＝－０．４２５?＆Ｐ＜０．００１）（圖５）。ＴＣＧＡ表達譜差異分析結(jié)果顯示ＬＥＦ１為差異??表達基因（ｌｏｇ２ＦＣ＝３．７４２８２２，Ｐ＝０．０００２９４），在?ＨＣＣ?中上調(diào)。??Ｃ〇ｐ：－０．４２５?（ｐ－ｖａｌｕｅ＝１．４６１ｅ－０８）??Ｐ?？？?？？？?？？？??ｒｉ?ｘ．：．．?？??ｉ?－?？?？?？＊？？?？??寸－＊?？?？??＇?．＊?．?．?．?？??參??？?？?？？?？??ＣＭ?４＾?，?，?１?１?１?１￣??０?１?２?３?４?５?６??ＨＡ０２－ＩＴ１?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ??圖５轉(zhuǎn)錄因子ＬＥＦ１和ＨＡ０２－ＩＴ１的相關(guān)性圖??１１??

【參考文獻】：
期刊論文
[1]LncRNA-ATB promotes autophagy by activating Yes-associated protein and inducing autophagy-related protein 5 expression in hepatocellular carcinoma[J]. Chuan-Zhuo Wang,Guang-Xin Yan,De-Shuo Dong,He Xin,Zhao-Yu Liu.  World Journal of Gastroenterology. 2019(35)
[2]Long non-coding RNA highly up-regulated in liver cancer promotes exosome secretion[J]. Shun-Qi Cao,Hong Zheng,Bao-Cun Sun,Zheng-Lu Wang,Tao Liu,Dong-Hui Guo,Zhong-Yang Shen.  World Journal of Gastroenterology. 2019(35)



本文編號：3413224