目的:本文以生物信息學(xué)分析方法為基礎(chǔ),通過對膀胱癌（bladder cancer,BLCA）TCGA數(shù)據(jù)庫mRNA,miRNA和lncRNA基因表達(dá)數(shù)據(jù)譜及臨床數(shù)據(jù)的挖掘,構(gòu)建和分析與膀胱癌臨床分期相關(guān)的ceRNAs網(wǎng)絡(luò),尋找與膀胱癌發(fā)病、進(jìn)展及生存相關(guān)的mRNA,miRNA和lncRNA,探究可能在膀胱癌診斷、進(jìn)展和預(yù)后起到重要作用的相關(guān)基因。方法:下載癌癥基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas,TCGA）數(shù)據(jù)庫中410例膀胱癌樣本的RNA測序（RNA sequencing,RNA-Seq）數(shù)據(jù)、miRNA-seq數(shù)據(jù)以及這些患者的臨床信息進(jìn)行分析,根據(jù)臨床分期,將133例臨床分期為Ⅰ、Ⅱ的膀胱癌組織定為“早期”,將277例臨床分期為Ⅲ、Ⅳ的膀胱癌組織定為”晚期”,篩選出與臨床分期相關(guān)的差異表達(dá)的lncRNA、miRNA和mRNA。為了進(jìn)一步探索差異表達(dá)mRNAs的生物學(xué)功能,本研究利用R語言對差異表達(dá)mRNAs進(jìn)行GO及KEGG通路分析,預(yù)測可能涉及的功能及信號通路。通過miRcode和mirRDB數(shù)據(jù)庫對差異表達(dá)的RNA之間的關(guān)系進(jìn)行分析,構(gòu)建出膀胱癌中與臨床... 

【文章來源】：蚌埠醫(yī)學(xué)院安徽省

【文章頁數(shù)】：46 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖３膀胱癌中基于臨床分期分類的差異表達(dá)ｍＲＮＡｓＧＯ及ＫＥＧＧ分析圖??注：圖Ａ為ＧＯ功能分析，主要由從上至下生物學(xué)功能、細(xì)胞組成和分子功能分析三部分??

春令參？?？氟？??？令?？??？?？?＿?？？？??？騰?？?？?？??．？．參？．?？冊?？??？？？？？？？？?：??？?？參攀？？驀？魯?？?？??？?參?＇？令??備?令？?？?－?？?？??？?１?？??？?■？＊？？?？？??？？？？??圖４差異表達(dá)ＩｎｃＲＮＡ－ｍｉＲＮＡ－ｍＲＮＡ?ｃｅＲＮＡ調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)??注：正方形代表ｍｉＲＮＡ，圓形代表ｍＲＮＡ，菱形代表ＩｎｃＲＮＡ。藍(lán)色代表下調(diào)基因??，紅色代表上調(diào)基因。??４．ｃｅＲＮＡ網(wǎng)絡(luò)中差異表達(dá)ＲＮＡｓ的預(yù)后分析：４４個ＤＥｌｎｃＲＮＡ中，有１９個與??膀胱癌患者預(yù)后相關(guān)（Ｐ＜?〇．〇５），其分別是ＡＣ００９８０３？丨、ＡＣ１１０４９１．１、??ＡＣ１２７４９６．３、ＡＤＡＭＴＳ９－ＡＳ１、ＡＬ０３３３８１．１、Ｃ１７ｏｒｆ７７、ＦＡＭ１５５Ａ－ＩＴ１、??ＦＮＤＣ卜?１Ｔ１、ＦＲＭＤ６－ＡＳ２、ＬＩＮＣ０００５２、ＬＩＮＣ００４５８、ＬＩＮＣ００５２３、ＮＡＶ２－ＡＳ２、??ＮＫＸ２－１－ＡＳ１、ＲＢＭＳ３－ＡＳ３、ＳＯＸ２－ＯＴ、ＳＰＡＮＸＡ２－ＯＴ１、ＶＣＡＮ－ＡＳ１、??ＺＮＦ３８５Ｄ－ＡＳｌ〇４５個ＤＥｍＲＮＡ中，有１２個與膀胱癌患者預(yù)后相關(guān)（Ｐ＜〇．〇５），??其分別是?ＣＤＨ１１、ＣＳＤＣ２、ＦＧＦ７、ＨＯＸＢ５、ＬＥＦＴＹ２、ＭＭＰ９、ＮＫＤ１、ＮＰＴＸ１、??ＰＴＧＩＳ、Ｓ１００Ａ７Ａ、ＳＦＲＰ１、ＳＭＡＤ６。７?個?ＤＥｍｉＲＮＡ?中，有?４?個與膀胱癌患??者的預(yù)后相關(guān)（Ｐ?＜?〇．?〇５）?’?分別為?ｈｓａ－ｍｉｒ－２０４、ｈｓａ－ｍｉｒ－２１６ａ、ｈｓａ－ｍｉｒ－２１６ｂ、??ｈｓａ－ｍｉ

?１２?Ｍ?０?２?４?６?８?１０?１２?１４??Ｔｍｔ（ｙｅｍ）?ＴｍＱｆＭｎ）?Ｔｍａ?（ｙａａｎ）?Ｔｌｍ＊（ｙａａｒａ）??ＰＴＣＷｐＯ?一，?ＳＩＯＯＡＴ＾ｐ－Ｍ＾，?ＳＦＲＰ，…７?叫?雙《＜—．一，??〇?２?４?ｅ?？?ｉｏ?ｉ｝?ｉ４?ｏ?２?４?ｅ?ｅ?ｔｏ?１２?ｔ４?ｏ?２?４?ｅ?ｅ?１０?１３?１４?０２?？?ｔ?８?１０?１２?１４??Ｔ）ｎｗ（ｙＭｉｓ）?Ｔｔｎ？?（ｙＭｒａ）?Ｔｋｎａ（ｙａｗｓ）?Ｔｒａ?（ｙＭｎ）??圖６膀觥癌中１２個ＤＥｎｉＲＮＡ的總體生存曲線??注：橫坐標(biāo)為隨訪時間，縱坐標(biāo)為生存率??ｈＭ－ｒａｌｒ－２０４＜ｐ－１．７７３？？２）?ｈＭ－＜ｎｉｒ－３１６＾ｐ－１?Ｊ４４＾？？）?ｈ？？＊ｎＨｒ＞３１７（ｐ？Ｓ＿？Ｏｉ＊＂０２）??〇?ｒ?＝－＝ｉ?〇ｊ?〇?ｒ?＝？＝｜?２??�。海埽�?—?Ｗ＇?丨丨：、．々—??Ｑ?ｐ?〇?〇?．??０?２?？?ｅ?ｅ?１０?１２?１４?〇?２?４?ｅ?ａ?１０?１２?１４?０?２?４?ｅ?ａ?１０?１２?１４?０?２?４?ｓ?ｂ?１０?ｕ??Ｔｗｍ（ｙｕｔｎ）?Ｔｍｗ（ｙＭ＞？）?Ｔｗ？〇ｗ？？）?Ｔｒａ〇Ｍｒａ）??圖７膀胱癌中４個ＤＥｍｉＲＮＡ的總體生存曲線??注：橫坐標(biāo)為隨訪時間，縱坐標(biāo)為生存率??５．構(gòu)建與膀胱癌預(yù)后相關(guān)的基因的子網(wǎng)絡(luò)：結(jié)合結(jié)果４結(jié)論，在該ｃｅＲＮＡ網(wǎng)絡(luò)??中，保留與膀胱癌預(yù)后相關(guān)的基因，剔除與膀胱癌預(yù)后無關(guān)的基因，構(gòu)建出與膀??胱癌預(yù)后相關(guān)的基因的子網(wǎng)絡(luò)，見圖８。結(jié)合ｃｅＲＮＡ假說和差異基因的表達(dá)高??低，ＮＫＸ２－ｌ－ＡＳｌ／ｈｓａ－ｍｉ

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]尿液中膀胱癌腫瘤標(biāo)記物的研究進(jìn)展[J]. 于浩,林天歆.  嶺南現(xiàn)代臨床外科. 2012(02)



本文編號：3267110