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深度挖掘腫瘤相關的DNA甲基化和tRNA來源小片段的分子特征

發(fā)布時間:2021-06-27 08:55
  隨著高通量測序技術的迅猛發(fā)展和測序成本的持續(xù)降低,海量的生物醫(yī)學大數(shù)據(jù)呈現(xiàn)爆炸式增長,這給我們帶來了機遇和挑戰(zhàn)——如何挖掘這些海量數(shù)據(jù)背后的生物學意義。這篇博士論文主要目標是發(fā)展基于多種不同維度組學數(shù)據(jù)的整合策略來分析生物醫(yī)學大數(shù)據(jù),揭示腫瘤發(fā)生,發(fā)展和轉移的機制,以期發(fā)現(xiàn)腫瘤中新的診斷和預后標記以及治療靶點。論文共分為四章。第一章,引導和概述第二章,我們發(fā)展了可用于RRBS基準化分析的模擬器,RRBSsim。通過利用肺癌實際RRBS數(shù)據(jù)和模擬產(chǎn)生的數(shù)據(jù),我們?nèi)婢C合地評估了 7個RRBS的比對算法。我們的結果表明bwa-meth和BS Seeker2(bowtie2)的分析功效、準確性以及效率較高。同時,我們也發(fā)現(xiàn)了不同RRBS工具結果不一致的CpGs具有測序深度低,中等程度甲基化的特征或者其主要位于CpG島岸和基因體內(nèi)。因此,當前的RRBS工具并不能有效的分析這些CpGs,需要我們謹慎解讀這些CpGs背后的生物學知識。我們的研究結果不僅可以幫助生物學家通過RRBS分析獲得可靠的生物有關的預測結果,還可以為之后開發(fā)更加強大高效的RRBS工具提供強有力的指導和建議。第三章,我們首次利用... 

【文章來源】:浙江大學浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】:121 頁

【學位級別】:博士

【部分圖文】:

深度挖掘腫瘤相關的DNA甲基化和tRNA來源小片段的分子特征


圖1.1?tRFs生成和成熟

位點,甲基化,變化范圍,均值


?B??圖2.1PAX7基因的DNA甲基化圖譜??其次,我們從圖2.2A可以看出不同比對工具之間檢測到共有的CpG位點比??例,變化范圍從78.3%到97.2%,均值為89.2%。尤其值得關注的是,使用bowtie??工具的BS-Seeker2?(比如,BS-Seeker2-bowtie)檢測到的CpG位點與其它軟件??有較大不同,有平均超過15%?CpG位點是其它軟件所沒有得到的。然而,使用??bowtie2?工具的?BS-Seeker2(比如,BS-Seeker2-local?和?BS-Seeker2-e2e)檢測到??與其他軟件共有的CpG位點數(shù)目有了顯著提高

位點,軟件,圖注,工具


Promoter?B??圖2.1PAX7基因的DNA甲基化圖譜??其次,我們從圖2.2A可以看出不同比對工具之間檢測到共有的CpG位點比??例,變化范圍從78.3%到97.2%,均值為89.2%。尤其值得關注的是,使用bowtie??工具的BS-Seeker2?(比如,BS-Seeker2-bowtie)檢測到的CpG位點與其它軟件??有較大不同,有平均超過15%?CpG位點是其它軟件所沒有得到的。然而,使用??bowtie2?工具的?BS-Seeker2(比如,BS-Seeker2-local?和?BS-Seeker2-e2e)檢測到??與其他軟件共有的CpG位點數(shù)目有了顯著提高


本文編號:3252541

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