前言:國際癌癥研究機(jī)構(gòu)發(fā)布的最新報(bào)告指出,肺癌仍然是最常見和致命的惡性腫瘤。通常,手術(shù)是治療早期疾病患者的最佳選擇,因?yàn)榉稳~切除術(shù)后病理性I期非小細(xì)胞肺癌的五年生存率為45%至65%。但是,大約有70%的患者在疾病晚期被診斷出來,這些患者的五年生存率僅為16.38%。肺腺癌是非小細(xì)胞肺癌最常見的類型,約占病例的40%。因此,本研究的重點(diǎn)僅限于導(dǎo)致肺腺癌發(fā)生和預(yù)后不良的復(fù)雜分子機(jī)制。細(xì)胞周期失調(diào)導(dǎo)致細(xì)胞增殖增加,同時(shí)細(xì)胞周期調(diào)節(jié)因子的異常表達(dá)也是導(dǎo)致腫瘤形成的關(guān)鍵因素。多種靶向細(xì)胞周期的化學(xué)治療劑已經(jīng)被開發(fā)并應(yīng)用,例如,順鉑是用于非特異性阻斷細(xì)胞周期的最成功的抗癌藥物之一。通過關(guān)注導(dǎo)致細(xì)胞周期調(diào)節(jié)器失調(diào)的復(fù)雜基因網(wǎng)絡(luò),可以開發(fā)出一種潛在的肺癌治療策略。已經(jīng)報(bào)道的先前研究中,非編碼RNA,例如長非編碼RNA（long non-coding RNA,lncRNA）和微小RNA（micro RNA,miRNA）廣泛的參與細(xì)胞周期調(diào)節(jié)過程。此外,據(jù)報(bào)道充當(dāng)競爭內(nèi)源性RNA（competing endogenous RNA,ce RNA）的lncRNA可以通過吸附miRNA產(chǎn)生類似海綿吸附水的效果... 

【文章來源】：中國醫(yī)科大學(xué)遼寧省

【文章頁數(shù)】：131 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

TCGA中肺腺癌早期和晚期差異表達(dá)RNA的火山圖

中國醫(yī)科大學(xué)博士學(xué)位論文20也就是對(duì)基因與基因之間相關(guān)系數(shù)進(jìn)行5次冪的時(shí)候可以在0.85的最小程度達(dá)到最接近無尺度網(wǎng)絡(luò)的矩陣。圖1.3TCGA中肺腺癌確定無尺度鄰接矩陣的軟閾值A(chǔ)計(jì)算擬合過程中的無尺度拓?fù)渲丿B網(wǎng)絡(luò)R2值，橫坐標(biāo)表示β值取為1到20時(shí)對(duì)應(yīng)的構(gòu)建無尺度網(wǎng)絡(luò)的效力，紅色的橫線為我們?cè)O(shè)定的0.85的效力時(shí)β取值為5；B代表點(diǎn)之間連通性平均值，橫坐標(biāo)同樣代表β值取為1到20時(shí)對(duì)應(yīng)的點(diǎn)與點(diǎn)之間連通性平均值。3.3.3動(dòng)態(tài)混合剪切樹確定基因模塊根據(jù)軟閾值β為5，將基因表達(dá)矩陣近似地轉(zhuǎn)化成無尺度的鄰接矩陣，再轉(zhuǎn)化成TOM拓?fù)渲丿B矩陣。利用cutreeDynamic()函數(shù)，限定每個(gè)模塊基因至少包含30個(gè)基因，分割程度（deepSplit）為2且合并高度（mergeCutHeight）為0.25的參數(shù)設(shè)定下，將基因分成5個(gè)共表達(dá)模塊和1個(gè)無序模塊（灰色模塊中的基因由于不能合并到任何其他五個(gè)模塊中而被認(rèn)為是無序的）并用不同顏色對(duì)這些基因模塊進(jìn)行上色命名。這五個(gè)模塊中含有最少基因的模塊為綠色，包括33個(gè)基因，藍(lán)綠色模塊含有最多的基因508個(gè)，并有102個(gè)基因不能聚集到任何一個(gè)模塊，占全部基因的10.3%。進(jìn)一步利用moduleEigengenes()函數(shù)計(jì)算不用顏色模塊的ME值，再次通過ME值對(duì)模塊在進(jìn)行一次合并，通過建立系統(tǒng)聚類樹（圖1.4A）及MEDissThres

行了基因聚類樹，以及熱圖的繪制，其中，上方對(duì)應(yīng)的是基因的聚類樹，而左方對(duì)應(yīng)的也是基因的聚類樹，因此在進(jìn)行熱圖繪制的時(shí)候，基因的順序是通過聚類樹的順序進(jìn)行排列的，每一個(gè)顏色就對(duì)應(yīng)到了一個(gè)具體的模塊上面，而聚類樹上面的一個(gè)大分支可以對(duì)應(yīng)到一個(gè)具體的模塊上面，熱圖的繪制是基于拓?fù)渲丿B矩陣?yán)L制的，也就是利用了前面計(jì)算得到的拓?fù)渲丿B性的值進(jìn)行繪制，當(dāng)顏色越紅，說明拓?fù)渲丿B性值越高，顏色淺，說明拓?fù)渲丿B性值校通過聚類可以發(fā)現(xiàn)，整個(gè)熱圖在聚類的過程中，它的對(duì)角線位置會(huì)聚集到比較紅顏色的色塊，如下圖1.5A所示，對(duì)角線上色塊可以對(duì)應(yīng)到具體的模塊上面，因?yàn)橐粋�(gè)模塊指的就是拓?fù)渲丿B性比較高的點(diǎn)，而深紅色的區(qū)域指的就是拓?fù)渲丿B性比較高的基因，它能夠被聚到一起，因此它會(huì)被劃分到一個(gè)具體的模塊上面，所以通過上圖可以判斷一下在WGCNA分析過程中，如果聚類的結(jié)果越好，對(duì)角線位置聚集到的比較深顏色的區(qū)域越聚集，說明對(duì)應(yīng)的分析效果越好。對(duì)角線中的紅色方塊，通過橫坐標(biāo)和縱坐標(biāo)的對(duì)應(yīng)，可以發(fā)現(xiàn)會(huì)被對(duì)應(yīng)到具體的模塊上面，而這個(gè)具體的模塊會(huì)被對(duì)應(yīng)到聚類數(shù)上面的一個(gè)大分枝，由于熱圖的繪制是橫坐標(biāo)和縱坐標(biāo)對(duì)應(yīng)的都是聚類的基因，所以整個(gè)熱圖是呈對(duì)角線的位置進(jìn)行對(duì)稱的。再利用ME值計(jì)算模塊之間的相關(guān)性，利用熱圖圖1.5B表示，左和下的圖例分別表示基因模塊的顏色，圖中為相關(guān)性表示的熱圖，圖右為相關(guān)性系數(shù)對(duì)應(yīng)的顏色。圖1.5拓?fù)渲丿B矩陣的熱圖


本文編號(hào)：3213774