隨著高通量測序技術(shù)的飛速發(fā)展,從癌癥分子水平上了解致癌的發(fā)病機理已成為現(xiàn)實。研究發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致癌癥發(fā)生的失調(diào)信號通路或調(diào)控通路通常由多個驅(qū)動基因共同作用,即通路中任何一個驅(qū)動基因發(fā)生突變均會導(dǎo)致通路失調(diào),從而引發(fā)癌癥。在通路水平上研究突變,對于獲得異質(zhì)性模式和理解癌癥形成更具有生物學(xué)意義,驅(qū)動通路識別問題應(yīng)運而生,識別不同癌癥之間的公共驅(qū)動通路是其中一個重要的子問題,本文對該問題進行研究,主要工作如下:對泛癌公共驅(qū)動通路識別模型進行研究,張等人2017年提出的ComMDP方法通過計算各癌癥的絕對權(quán)重累加值來構(gòu)造模型,以期找到累加值最大的通路。然而不同癌癥樣本數(shù)一般差異較大,計算各癌癥的絕對權(quán)重累加值,可能會導(dǎo)致小樣本癌癥數(shù)據(jù)作用受到忽略,從而影響求解效果,遺漏某些驅(qū)動通路。針對該問題,本文提出基于相對權(quán)重累加值的求解思路,并利用方差或調(diào)和均值以最小化各相對權(quán)重離散度,由此構(gòu)造泛癌公共驅(qū)動通路識別模型MDP1（Multi-cancer driver pathway 1）和MDP2（Multi-cancer driver pathway2）。針對識別模型MDP1和MDP2的NP難特性,提出兩種基... 

【文章來源】：廣西師范大學(xué)廣西壯族自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：52 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第1章 緒論
    1.1 研究背景及意義
    1.2 相關(guān)知識介紹
        1.2.1 泛癌數(shù)據(jù)
        1.2.2 高通量測序數(shù)據(jù)庫
    1.3 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.3.1 識別單個驅(qū)動通路
        1.3.2 識別協(xié)作驅(qū)動通路
        1.3.3 識別泛癌的驅(qū)動通路
    1.4 論文的研究內(nèi)容與創(chuàng)新點
    1.5 論文結(jié)構(gòu)與安排
第2章 兩種公共驅(qū)動通路識別模型及其求解算法
    2.1 兩種公共驅(qū)動通路識別模型
        2.1.1 問題描述
        2.1.2 識別模型MDP1和MDP2
    2.2 求解識別模型的單親遺傳算法和粒子群優(yōu)化算法
        2.2.1 單親遺傳算法PGA-MDP1和PGA-MDP2
        2.2.2 粒子群優(yōu)化算法PSO-MDP1和PSO-MDP2
    2.3 本章小結(jié)
第3章 實驗測試與結(jié)果分析
    3.1 實驗數(shù)據(jù)
        3.1.1 模擬數(shù)據(jù)
        3.1.2 生物數(shù)據(jù)
    3.2 實驗環(huán)境和運行參數(shù)
    3.3 模型比較
    3.4 算法比較
    3.5 識別性能比較
        3.5.1 CB數(shù)據(jù)集
        3.5.2 CBB數(shù)據(jù)集
        3.5.3 CBL數(shù)據(jù)集
        3.5.4 CBLB數(shù)據(jù)集
    3.6 本章小結(jié)
第4章 總結(jié)與展望
    4.1 論文總結(jié)
    4.2 未來工作展望
參考文獻
攻讀學(xué)位期間的科研和獎勵情況
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
[1]中國惡性腫瘤流行情況及防控現(xiàn)狀[J]. 曹毛毛,陳萬青.  中國腫瘤臨床. 2019(03)
[2]Cancer incidence and mortality in China, 2014[J]. Wanqing Chen,Kexin Sun,Rongshou Zheng,Hongmei Zeng,Siwei Zhang,Changfa Xia,Zhixun Yang,He Li,Xiaonong Zou,Jie He.  Chinese Journal of Cancer Research. 2018(01)

碩士論文
[1]泛癌中驅(qū)動突變模式挖掘方法研究[D]. 錢鑫.湖南大學(xué) 2018



本文編號：3181723