基于數(shù)據(jù)分析N-cadherin在肝癌中的表達(dá)及N-糖基化位點(diǎn)突變體的構(gòu)建
發(fā)布時(shí)間:2021-04-22 21:54
在癌細(xì)胞中經(jīng)常會(huì)檢測(cè)到蛋白質(zhì)上的糖基化情況發(fā)生改變,腫瘤發(fā)生時(shí),糖基化發(fā)生異常從而導(dǎo)致糖蛋白上發(fā)生糖鏈結(jié)構(gòu)或者糖鏈數(shù)目上的改變,脂類(lèi)分子上也存在此種現(xiàn)象導(dǎo)致糖脂中的糖鏈發(fā)生改變;除此之外,和糖鏈存在相互作用的糖結(jié)合蛋白(GBPs)的表達(dá)情況也會(huì)發(fā)生改變。細(xì)胞表面的糖蛋白會(huì)參與到許多重要的生物學(xué)過(guò)程中,其上的糖基化作用對(duì)于糖蛋白功能具有重要影響;研究表明,糖蛋白上異常糖基化作用會(huì)引起腫瘤細(xì)胞侵襲遷移能力發(fā)生改變等腫瘤惡性表型。神經(jīng)型鈣黏附蛋白(N-cadherin)作為上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT)的一種標(biāo)志物、鈣粘蛋白家族的重要成之一,臨床研究表明,N-cadherin主要定位于細(xì)胞膜以及細(xì)胞連接部位,其功能主要是介導(dǎo)細(xì)胞間的黏附作用,雖然N-cadherin是一種典型的糖蛋白,但是對(duì)于其上的糖基化研究尚不明確,因此研究N-cadherin上的糖基化作用對(duì)于癌癥的具體影響具有重要意義。本研究基于數(shù)據(jù)對(duì)N-cadherin在正常人體和癌癥病人同一器官內(nèi)的表達(dá)情況進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)與正常人體相比,癌癥患者部分器官N-cadherin表達(dá)量出現(xiàn)變化。對(duì)N-cadherin在肝癌和癌旁組織中mRNA水...
【文章來(lái)源】:哈爾濱工業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校 985工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:67 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第1章 緒論
1.1 課題研究背景及目的和意義
1.2 糖基化對(duì)腫瘤的影響
1.2.1 腫瘤細(xì)胞的異常糖基化
1.2.2 糖基化與腫瘤侵襲、轉(zhuǎn)移
1.2.3 糖基化與腫瘤免疫
1.2.4 糖基化與腫瘤耐藥性
1.3 糖基化與蛋白質(zhì)穩(wěn)定性
1.3.1 蛋白質(zhì)穩(wěn)定性簡(jiǎn)介
1.3.2 蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的影響因素
1.3.3 糖基化對(duì)蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的影響
1.4 鈣粘蛋白
1.4.1 鈣粘蛋白的基本結(jié)構(gòu)與特征
1.4.2 E-cadherin簡(jiǎn)介
1.4.3 N-cadherin簡(jiǎn)介
1.5 N-cadherin功能
1.5.1 N-cadherin結(jié)構(gòu)
1.5.2 N-cadherin在正常細(xì)胞中的功能
1.5.3 N-cadherin與腫瘤的侵襲遷移
1.5.4 N-cadherin參與的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)
1.5.5 N-cadherin突變與疾病
1.5.6 N-cadherin糖基化及其功能
1.6 本文的主要研究?jī)?nèi)容
1.6.1 基于數(shù)據(jù)分析肝癌中N-cadherin的表達(dá)與相關(guān)基因富集分析
1.6.2 N-cadherin野生型及N-糖基化位點(diǎn)突變體的構(gòu)建
第2章 材料與方法
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.1 細(xì)胞系
2.1.2 質(zhì)粒和重組體
2.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
2.1.4 實(shí)驗(yàn)試劑
2.1.5 實(shí)驗(yàn)試劑配方
2.1.6 引物序列
2.1.7 抗體
2.1.8 主要分析軟件
2.2 實(shí)驗(yàn)方法
2.2.1 細(xì)胞培養(yǎng)
2.2.2 RNA提取和逆轉(zhuǎn)錄
2.2.3 重組體構(gòu)建
2.2.4 細(xì)胞轉(zhuǎn)染
2.2.5 細(xì)胞總蛋白提取
2.2.6 蛋白質(zhì)免疫印跡
第3章 基于數(shù)據(jù)分析肝癌中N-cadherin的表達(dá)與相關(guān)基因富集分析
3.1 引言
3.2 N-cadherin在肝癌中的表達(dá)
3.2.1 N-cadherin在人體各器官的分布
3.2.2 N-cadherin在不同癌癥中的表達(dá)情況
3.2.3 N-cadherin在染色體上的位置圖
3.2.4 肝癌與癌旁組織中N-cadherin在mRNA水平上的表達(dá)差異
3.2.5 N-cadherin對(duì)肝癌預(yù)后的影響
3.3 N-cadherin在肝癌中的相關(guān)基因富集分析
3.3.1 肝癌中N-cadherin與其他mRNA的相關(guān)性
3.3.2 N-cadherin與其他蛋白質(zhì)的相關(guān)性
3.3.3 肝癌中N-cadherin相關(guān)基因KEGG富集分析
3.3.4 肝癌中N-cadherin相關(guān)基因GO富集分析
3.3.5 肝癌中N-cadherin相關(guān)基因的基因功能網(wǎng)絡(luò)圖
3.4 本章小結(jié)
第4章 N-cadherin野生型及N-糖基化位點(diǎn)突變體的構(gòu)建
4.1 引言
4.2 肝癌中N-cadherin基因和蛋白結(jié)構(gòu)域突變生物信息分析
4.3 N-cadherin N-糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)
4.4 pCMV-Flag-N-cadherin重組體構(gòu)建
4.5 N-cadherin單糖基化位點(diǎn)突變重組體構(gòu)建
4.6 pCMV-Flag-N-cad-MA重組體構(gòu)建
4.7 N-cadherin糖基化位點(diǎn)突變重組體的表達(dá)檢測(cè)
4.8 本章小結(jié)
結(jié)論
展望
參考文獻(xiàn)
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]腫瘤糖基化在腫瘤免疫逃避中的意義[J]. 路佩佩,劉風(fēng)玲. 腫瘤學(xué)雜志. 2020(05)
[2]蛋白糖基化修飾在腫瘤多藥耐藥中的作用[J]. 胡一,何東,曹科,龔戀. 中國(guó)腫瘤臨床. 2019(23)
[3]腫瘤異常糖鏈糖蛋白在乳腺癌中的表達(dá)及其臨床意義[J]. 多斯波力·扎克汗,木扎帕爾·阿部都克熱木,馬斌林. 世界最新醫(yī)學(xué)信息文摘. 2019(72)
[4]B7-H3對(duì)人肝癌細(xì)胞生物學(xué)特性的影響及臨床意義[J]. 梁詩(shī)琪,張香西,莊小津,王鈺禾,鄒秋琴,張文敏. 福建醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(03)
[5]2018全球癌癥統(tǒng)計(jì)報(bào)告解讀[J]. 王寧,劉碩,楊雷,張希,袁延楠,李慧超,季加孚. 腫瘤綜合治療電子雜志. 2019(01)
[6]GRP78異常O-糖基化對(duì)乳腺癌細(xì)胞侵襲遷移的影響[J]. 劉洋,謝蓉,王秀敏,趙麗娜,王茜,吳琛. 河北大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2018(01)
[7]蛋白質(zhì)糖基化修飾的研究進(jìn)展[J]. 王曉龍,王秀然,盧天成. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2017(10)
[8]糖基化在腫瘤免疫中的作用[J]. 王立萍,陳茜茜,袁慶民,汪淑晶. 中國(guó)免疫學(xué)雜志. 2017(02)
[9]神經(jīng)鈣黏蛋白調(diào)控Akt/PKB信號(hào)通路對(duì)神經(jīng)干細(xì)胞增殖的影響[J]. 顏建輝,黃麗娟,楊柳,陳雁斌,華力明. 中國(guó)老年學(xué)雜志. 2016(08)
[10]E-cadherin在腫瘤治療中的研究進(jìn)展[J]. 常琳琳,朱虹,鄭琳,曹戟,羅沛華,何俏軍. 藥學(xué)進(jìn)展. 2015(10)
博士論文
[1]N-cadherin在肝癌侵襲轉(zhuǎn)移中的作用及其機(jī)制研究[D]. 占大錢(qián).華中科技大學(xué) 2011
碩士論文
[1]GnT-Ⅳa通過(guò)Vimentin影響肝癌細(xì)胞遷移和侵襲的機(jī)制初探[D]. 王豐有.哈爾濱工業(yè)大學(xué) 2019
[2]肺癌患者腫瘤異常糖鏈蛋白的表達(dá)及其意義探討[D]. 黃婷婷.安徽醫(yī)科大學(xué) 2018
[3]N-cadherin和β-catenin異常表達(dá)對(duì)細(xì)胞粘附、增殖及經(jīng)典Wnt信號(hào)通路的影響[D]. 朱少義.新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院 2018
[4]N-cadherin對(duì)人牙髓干細(xì)胞增殖、遷移及成牙本質(zhì)向分化的作用研究[D]. 鄧子龍.南方醫(yī)科大學(xué) 2016
本文編號(hào):3154534
【文章來(lái)源】:哈爾濱工業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校 985工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:67 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第1章 緒論
1.1 課題研究背景及目的和意義
1.2 糖基化對(duì)腫瘤的影響
1.2.1 腫瘤細(xì)胞的異常糖基化
1.2.2 糖基化與腫瘤侵襲、轉(zhuǎn)移
1.2.3 糖基化與腫瘤免疫
1.2.4 糖基化與腫瘤耐藥性
1.3 糖基化與蛋白質(zhì)穩(wěn)定性
1.3.1 蛋白質(zhì)穩(wěn)定性簡(jiǎn)介
1.3.2 蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的影響因素
1.3.3 糖基化對(duì)蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的影響
1.4 鈣粘蛋白
1.4.1 鈣粘蛋白的基本結(jié)構(gòu)與特征
1.4.2 E-cadherin簡(jiǎn)介
1.4.3 N-cadherin簡(jiǎn)介
1.5 N-cadherin功能
1.5.1 N-cadherin結(jié)構(gòu)
1.5.2 N-cadherin在正常細(xì)胞中的功能
1.5.3 N-cadherin與腫瘤的侵襲遷移
1.5.4 N-cadherin參與的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)
1.5.5 N-cadherin突變與疾病
1.5.6 N-cadherin糖基化及其功能
1.6 本文的主要研究?jī)?nèi)容
1.6.1 基于數(shù)據(jù)分析肝癌中N-cadherin的表達(dá)與相關(guān)基因富集分析
1.6.2 N-cadherin野生型及N-糖基化位點(diǎn)突變體的構(gòu)建
第2章 材料與方法
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.1 細(xì)胞系
2.1.2 質(zhì)粒和重組體
2.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
2.1.4 實(shí)驗(yàn)試劑
2.1.5 實(shí)驗(yàn)試劑配方
2.1.6 引物序列
2.1.7 抗體
2.1.8 主要分析軟件
2.2 實(shí)驗(yàn)方法
2.2.1 細(xì)胞培養(yǎng)
2.2.2 RNA提取和逆轉(zhuǎn)錄
2.2.3 重組體構(gòu)建
2.2.4 細(xì)胞轉(zhuǎn)染
2.2.5 細(xì)胞總蛋白提取
2.2.6 蛋白質(zhì)免疫印跡
第3章 基于數(shù)據(jù)分析肝癌中N-cadherin的表達(dá)與相關(guān)基因富集分析
3.1 引言
3.2 N-cadherin在肝癌中的表達(dá)
3.2.1 N-cadherin在人體各器官的分布
3.2.2 N-cadherin在不同癌癥中的表達(dá)情況
3.2.3 N-cadherin在染色體上的位置圖
3.2.4 肝癌與癌旁組織中N-cadherin在mRNA水平上的表達(dá)差異
3.2.5 N-cadherin對(duì)肝癌預(yù)后的影響
3.3 N-cadherin在肝癌中的相關(guān)基因富集分析
3.3.1 肝癌中N-cadherin與其他mRNA的相關(guān)性
3.3.2 N-cadherin與其他蛋白質(zhì)的相關(guān)性
3.3.3 肝癌中N-cadherin相關(guān)基因KEGG富集分析
3.3.4 肝癌中N-cadherin相關(guān)基因GO富集分析
3.3.5 肝癌中N-cadherin相關(guān)基因的基因功能網(wǎng)絡(luò)圖
3.4 本章小結(jié)
第4章 N-cadherin野生型及N-糖基化位點(diǎn)突變體的構(gòu)建
4.1 引言
4.2 肝癌中N-cadherin基因和蛋白結(jié)構(gòu)域突變生物信息分析
4.3 N-cadherin N-糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)
4.4 pCMV-Flag-N-cadherin重組體構(gòu)建
4.5 N-cadherin單糖基化位點(diǎn)突變重組體構(gòu)建
4.6 pCMV-Flag-N-cad-MA重組體構(gòu)建
4.7 N-cadherin糖基化位點(diǎn)突變重組體的表達(dá)檢測(cè)
4.8 本章小結(jié)
結(jié)論
展望
參考文獻(xiàn)
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]腫瘤糖基化在腫瘤免疫逃避中的意義[J]. 路佩佩,劉風(fēng)玲. 腫瘤學(xué)雜志. 2020(05)
[2]蛋白糖基化修飾在腫瘤多藥耐藥中的作用[J]. 胡一,何東,曹科,龔戀. 中國(guó)腫瘤臨床. 2019(23)
[3]腫瘤異常糖鏈糖蛋白在乳腺癌中的表達(dá)及其臨床意義[J]. 多斯波力·扎克汗,木扎帕爾·阿部都克熱木,馬斌林. 世界最新醫(yī)學(xué)信息文摘. 2019(72)
[4]B7-H3對(duì)人肝癌細(xì)胞生物學(xué)特性的影響及臨床意義[J]. 梁詩(shī)琪,張香西,莊小津,王鈺禾,鄒秋琴,張文敏. 福建醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(03)
[5]2018全球癌癥統(tǒng)計(jì)報(bào)告解讀[J]. 王寧,劉碩,楊雷,張希,袁延楠,李慧超,季加孚. 腫瘤綜合治療電子雜志. 2019(01)
[6]GRP78異常O-糖基化對(duì)乳腺癌細(xì)胞侵襲遷移的影響[J]. 劉洋,謝蓉,王秀敏,趙麗娜,王茜,吳琛. 河北大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2018(01)
[7]蛋白質(zhì)糖基化修飾的研究進(jìn)展[J]. 王曉龍,王秀然,盧天成. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2017(10)
[8]糖基化在腫瘤免疫中的作用[J]. 王立萍,陳茜茜,袁慶民,汪淑晶. 中國(guó)免疫學(xué)雜志. 2017(02)
[9]神經(jīng)鈣黏蛋白調(diào)控Akt/PKB信號(hào)通路對(duì)神經(jīng)干細(xì)胞增殖的影響[J]. 顏建輝,黃麗娟,楊柳,陳雁斌,華力明. 中國(guó)老年學(xué)雜志. 2016(08)
[10]E-cadherin在腫瘤治療中的研究進(jìn)展[J]. 常琳琳,朱虹,鄭琳,曹戟,羅沛華,何俏軍. 藥學(xué)進(jìn)展. 2015(10)
博士論文
[1]N-cadherin在肝癌侵襲轉(zhuǎn)移中的作用及其機(jī)制研究[D]. 占大錢(qián).華中科技大學(xué) 2011
碩士論文
[1]GnT-Ⅳa通過(guò)Vimentin影響肝癌細(xì)胞遷移和侵襲的機(jī)制初探[D]. 王豐有.哈爾濱工業(yè)大學(xué) 2019
[2]肺癌患者腫瘤異常糖鏈蛋白的表達(dá)及其意義探討[D]. 黃婷婷.安徽醫(yī)科大學(xué) 2018
[3]N-cadherin和β-catenin異常表達(dá)對(duì)細(xì)胞粘附、增殖及經(jīng)典Wnt信號(hào)通路的影響[D]. 朱少義.新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院 2018
[4]N-cadherin對(duì)人牙髓干細(xì)胞增殖、遷移及成牙本質(zhì)向分化的作用研究[D]. 鄧子龍.南方醫(yī)科大學(xué) 2016
本文編號(hào):3154534
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