目的:1.探討三陰性乳腺癌患者臨床病理學(xué)特征與預(yù)后。2.探討分析三陰性乳腺癌患者BRCA1/2致病性胚系突變情況及其與臨床病理資料的相關(guān)性。3.探討分析三陰性乳腺癌患者除BRCA外其他腫瘤易感基因致病性胚系突變情況及其與臨床病理資料的相關(guān)性。4.探討分析三陰性乳腺癌患者腫瘤易感基因意義未明突變情況及其與臨床病理資料的相關(guān)性。5.探討分析三陰性乳腺癌患者多基因胚系突變與預(yù)后的相關(guān)性。方法:1.患者納入與標(biāo)本收集:納入經(jīng)病理確診的三陰性乳腺癌患者外周血液標(biāo)本100例。收集患者外周全血標(biāo)本5ml,-80℃凍存。收集患者臨床病理學(xué)數(shù)據(jù),患者均每半年進(jìn)行一次隨訪復(fù)查,并通過電話對(duì)患者進(jìn)行隨訪。2.DNA提取及二代測序:使用試劑盒提取外周血白細(xì)胞基因組DNA,并對(duì)DNA進(jìn)行純化及質(zhì)控。運(yùn)用包含115個(gè)基因的測序面板對(duì)外周血DNA進(jìn)行建庫雜交及二代高通量測序,包括21個(gè)遺傳性乳腺癌/卵巢癌相關(guān)基因及94個(gè)其他惡性腫瘤相關(guān)基因或DNA損傷修復(fù)通路相關(guān)基因。檢測包括外顯子、側(cè)翼30bp內(nèi)含子區(qū)域以及已知的致病區(qū)域。3.測序結(jié)果分析:將單核苷酸多態(tài)性定義為在人群中突變頻率大于1%或之前文獻(xiàn)報(bào)道的多態(tài)性或與... 

【文章來源】：天津醫(yī)科大學(xué)天津市 211工程院校

【文章頁數(shù)】：79 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

堿基組成和堿基質(zhì)量分析

圖 1.2 堿基質(zhì)量分布量評(píng)估機(jī)數(shù)據(jù)進(jìn)行信息分析，根據(jù) 3 項(xiàng)指標(biāo)來進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估：Rawb)：總數(shù)據(jù)量；Target Mean depth：樣品目標(biāo)區(qū)域平均測序深e：目標(biāo)區(qū)域覆蓋度；，100 例 TNBC 樣本每個(gè)樣本的總數(shù)據(jù)量（Raw data yield )達(dá)到 我們的 0.8G 的要求。樣本目標(biāo)區(qū)域平均測序深度（Target Mean d00X，遠(yuǎn)超過 200X 的要求。目標(biāo)區(qū)域覆蓋度（Coverage）都在 9結(jié)果分析核苷酸多態(tài)性定義為在人群中突變頻率大于 1%或之前文獻(xiàn)報(bào)道的多傳規(guī)律明顯矛盾者。將致病性突變定義為導(dǎo)致蛋白質(zhì)截?cái)嘈愿淖兺蛔儭⒓艚幼儺�、�?dǎo)致移碼突變的插入或缺失。CNV 及已有文獻(xiàn)變也認(rèn)為是致病性突變。

圖 2.1 樣本 14B1006989 的 chr17 染色體的相對(duì)測序深度2.2BRCA2 致病性突變?cè)跇颖?14B1006981 和 14B1005986 中檢測到 BRCA2 基因的移碼突變7679_7680delTT（p.Phe2560Serfs*5）和 c.1856delA（p.Q619Rfs*25）（詳見表1），BIC 數(shù)據(jù)庫判定該突變?yōu)?Class5：Pathogenic，這兩個(gè)突變都造成 BRCA2因編碼蛋白的提前截?cái)啵吧途幋a蛋白長度為 3418 個(gè)氨基酸，編碼蛋白提前終止，會(huì)對(duì)蛋白功能產(chǎn)生影響。但這兩個(gè)突變均沒有相關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道。在樣本 14B0951953 和 14S0951985 中分別檢測到 BRCA2 基因的無義突變8970G>A 和 c.5959C>T（詳見表 2.1），這兩個(gè)突變都造成了 BRCA2 基因編碼白的提前終止，會(huì)對(duì)其蛋白的功能產(chǎn)生影響，是致病的突變。其中 c.5959C>T 突變?cè)?BRCA2 基因的 BRC 重復(fù)基元中。c.7679_7680delTT c.8970G>A 突變?cè)?BRCA2 基因 Zinc-hook 結(jié)構(gòu)域中。表 2.2 BRCA1 及 BRCA2 致病性突變StudyIDAffectedGeneNucleotideChangeVariantEffectProteinChangeFamilyCancerReference

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Novel CDH1 germline mutations identified in Chinese gastric cancer patients[J]. Qin-Hua Chen,Wei Deng,Xiao-Wei Li,Xiu-Fang Liu,Jing-Mei Wang,Li-Feng Wang,Nong Xiao,Qiong He,Ya-Ping Wang,Yi-Mei Fan.  World Journal of Gastroenterology. 2013(06)
[2]Three novel missense germline mutations in different exons of MSH6 gene in Chinese hereditary non-polyposis colorectal cancer families[J]. Shi-Yan Yan, Xiao-Yan Zhou, Xiang Du,Tai-Ming Zhang, Yong-Ming Lu, Xiao-Li Xu, Bao-Hua Yu, Heng-Hua Zhou, Da- Ren Shi, Department of Pathology, Cancer Hospital/Institute, Fudan University; Department of Oncology, Shanghai Medical College, Fudan University, Shanghai 200032, China San-Jun Cai, Department of Abdominal Surgery, Cancer Hospital/Institute, Fudan University, Shanghai 200032, China.  World Journal of Gastroenterology. 2007(37)



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