APOBEC3A/B啟動子單核苷酸多態(tài)性對膽道系統(tǒng)癌癥發(fā)生風險影響及機制的研究
發(fā)布時間:2021-03-18 14:30
研究背景和目的膽道系統(tǒng)腫瘤(Bile tract cancer BTC),是指發(fā)生于膽道上皮的惡性腫瘤,包括膽管癌(Cholangiocarcinoma CCA)和膽囊癌(Gallbladder cancer GBC)。膽管癌約占消化系統(tǒng)腫瘤的3%,按照解剖位置不同,可進一步分為肝內(nèi)膽管癌(Intrahepatic cholangiocarcinoma ICC)、肝門部膽管癌(Perihilar cholangiocarcinoma p CC)和遠端膽管癌(Distal cholangiocarcinoma d CC),后兩者按第三版《國際腫瘤分類》應歸于肝外膽管癌(Extrahepatic Cholangiocarcinoma ECC)范疇[1];膽囊癌則是消化系統(tǒng)第6位常見腫瘤[6]。雖屬同一系統(tǒng),但上述腫瘤在致病誘因、易患人群、發(fā)生率、病死率方面均存在顯著差別:從致病誘因來看,泰國等沿海地區(qū)以寄生蟲感染(肝吸蟲)為主要誘因,而我國以膽道結(jié)石及其導致的慢性炎癥為主要病因,歐美國家則主要以原發(fā)性硬化性膽管炎(PSC)為主要致病危險因素
【文章來源】:中國人民解放軍海軍軍醫(yī)大學上海市 211工程院校
【文章頁數(shù)】:96 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
APOBEC3A rs12157810位點分析
Ensembl數(shù)據(jù)庫顯示rs2267401(-338bp,T>G)位點低頻基因型(G型)的檢出率為34.3%,同樣利用Hapmap和Haploview4.2軟件對APOBEC3B啟動子區(qū)域進行分析后,結(jié)果顯示該啟動子包含相同的單體基因型共7個,但彼此之間存在連鎖不平衡性(r2=0.95),且該位點最接近APOBEC3B基因編碼區(qū),因此將該位點納入待研究位點。(圖2)(3)APOBEC3B rs12628403(+4340bp,APOBEC3A,內(nèi)含子4區(qū),A>C,APOBEC3B缺失型“代理”位點)
本研究使用熒光探針實時定量PCR技術,3個目標SNP位點在99%以上的樣本中成功獲得了基因分型,由Roche Lightcycle480實時定量PCR儀計算并生成樣本的分型散點圖,在Hardy-Weinberg遺傳平衡檢驗中APOBEC3A rs12628403(+4340bp,APOBEC3A,內(nèi)含子4區(qū),A>C,APOBEC3B缺失型“代理”位點)及APOBEC3B rs2267401(-338bp,APOBEC3B啟動子區(qū)域,T>G)符合平衡定律,但樣本測得APOBEC3A rs12157810(-525bp,APOBEC3A啟動子區(qū)域,A>C)不符合平衡定律,為探究原因排除檢驗錯誤,遂隨機送樣40例進行Sanger測序,測序結(jié)果(GenBank No.MH229491-MH229530)與本中心檢驗結(jié)果完全相符。(圖3、4、5)圖4 APOBEC3A rs12628403分型檢測結(jié)果
【參考文獻】:
期刊論文
[1]膽管癌診斷與治療——外科專家共識[J]. Chinese Chapter of International Hepato-Pancreato-Biliary Association;Hepatic Surgery Group,Chinese Society of Surgery,Chinese Medical Association;. 臨床肝膽病雜志. 2015(01)
[2]Salmonella typhi and gallbladder cancer:report from an endemic region[J]. Mallika Tewari,Raghvendra R Mishra,Hari S Shukla. Hepatobiliary & Pancreatic Diseases International. 2010(05)
[3]原發(fā)性膽囊癌的流行病學研究[J]. 石景森. 肝膽胰外科雜志. 2003(01)
本文編號:3088481
【文章來源】:中國人民解放軍海軍軍醫(yī)大學上海市 211工程院校
【文章頁數(shù)】:96 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
APOBEC3A rs12157810位點分析
Ensembl數(shù)據(jù)庫顯示rs2267401(-338bp,T>G)位點低頻基因型(G型)的檢出率為34.3%,同樣利用Hapmap和Haploview4.2軟件對APOBEC3B啟動子區(qū)域進行分析后,結(jié)果顯示該啟動子包含相同的單體基因型共7個,但彼此之間存在連鎖不平衡性(r2=0.95),且該位點最接近APOBEC3B基因編碼區(qū),因此將該位點納入待研究位點。(圖2)(3)APOBEC3B rs12628403(+4340bp,APOBEC3A,內(nèi)含子4區(qū),A>C,APOBEC3B缺失型“代理”位點)
本研究使用熒光探針實時定量PCR技術,3個目標SNP位點在99%以上的樣本中成功獲得了基因分型,由Roche Lightcycle480實時定量PCR儀計算并生成樣本的分型散點圖,在Hardy-Weinberg遺傳平衡檢驗中APOBEC3A rs12628403(+4340bp,APOBEC3A,內(nèi)含子4區(qū),A>C,APOBEC3B缺失型“代理”位點)及APOBEC3B rs2267401(-338bp,APOBEC3B啟動子區(qū)域,T>G)符合平衡定律,但樣本測得APOBEC3A rs12157810(-525bp,APOBEC3A啟動子區(qū)域,A>C)不符合平衡定律,為探究原因排除檢驗錯誤,遂隨機送樣40例進行Sanger測序,測序結(jié)果(GenBank No.MH229491-MH229530)與本中心檢驗結(jié)果完全相符。(圖3、4、5)圖4 APOBEC3A rs12628403分型檢測結(jié)果
【參考文獻】:
期刊論文
[1]膽管癌診斷與治療——外科專家共識[J]. Chinese Chapter of International Hepato-Pancreato-Biliary Association;Hepatic Surgery Group,Chinese Society of Surgery,Chinese Medical Association;. 臨床肝膽病雜志. 2015(01)
[2]Salmonella typhi and gallbladder cancer:report from an endemic region[J]. Mallika Tewari,Raghvendra R Mishra,Hari S Shukla. Hepatobiliary & Pancreatic Diseases International. 2010(05)
[3]原發(fā)性膽囊癌的流行病學研究[J]. 石景森. 肝膽胰外科雜志. 2003(01)
本文編號:3088481
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