長鏈非編碼RNA在結(jié)直腸癌組織中的表達(dá)特征和LINC02595在結(jié)直腸癌發(fā)生發(fā)展中的作用機制
發(fā)布時間：2021-03-01 15:52
背景及目的:結(jié)直腸癌（colorectal cancer,CRC）被認(rèn)為是當(dāng)今全球最常見的威脅人類生命健康的惡性腫瘤之一[1]。結(jié)直腸癌每年的發(fā)病率和死亡率在所有惡性腫瘤當(dāng)中都高居前列。根據(jù)最新的流行病學(xué)統(tǒng)計,全世界每年都有超過60萬患者死于結(jié)直腸癌,流行病學(xué)調(diào)查研究顯示超過90%的患者的死亡原因是由于腫瘤的遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移引起的[2]。因此,如何及早的發(fā)現(xiàn)及早期干預(yù)治療,對于降低結(jié)直腸癌患者的死亡率及預(yù)后生存質(zhì)量具有重要的意義。隨著基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究發(fā)展,不斷深入的研究證實長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA,lncRNA）在多種疾病,尤其是在多種惡性腫瘤的發(fā)生發(fā)展的過程中扮演重要的角色[3-6]。lncRNA是一種最近被研究證實的具有特定調(diào)控功能的RNAs,lncRNA長度大于200個堿基,由于缺乏明顯的開放閱讀框而不具備編碼蛋白質(zhì)的功能[7]。目前對于lncRNA的研究手段包括:長鏈非編碼RNA芯片[8]、RNA-seq[9]、以及...
【文章來源】：中國醫(yī)科大學(xué)遼寧省
【文章頁數(shù)】：127 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
KEGGpathyway分析
中國醫(yī)科大學(xué)博士學(xué)位論文13圖1.6lncRNAs轉(zhuǎn)錄本在CRC組織及配對癌旁組織中表達(dá)水平。用qRT-PCR檢測12個lncRNA轉(zhuǎn)錄本在10例CRC患者配對組織中的表達(dá)水平，PVT1為質(zhì)控組，*P<0.05。其次，我們發(fā)現(xiàn)在驗證的12個lncRNAs中ENST00000456532.1(LINC02595)在這10例CRC患者腫瘤組織中的表達(dá)差異最為顯著。這些結(jié)果說明LINC02595可能在CRC的發(fā)生、發(fā)展進(jìn)程中扮演重要角色。3.4LINC02595在TCGA數(shù)據(jù)庫CRC患者組織的表達(dá)特征首先，我們從TCGA數(shù)據(jù)庫中下載了506例CRC患者（包含534個腫瘤組織和41個配對的癌旁組織）的RNA-seq數(shù)據(jù)及完整的臨床信息數(shù)據(jù)，通過R語言及perl語言程序?qū)υ紨?shù)據(jù)分析，結(jié)果顯示869個表達(dá)上調(diào)的mRNAs和756個表達(dá)下調(diào)的mRNAs（FC>2，F(xiàn)DR<0.01）（圖1.7A）,同時分析結(jié)果顯示622個lncRNAs表達(dá)上調(diào)和201lncRNAs表達(dá)下調(diào)（FC>2，F(xiàn)DR<0.01）(圖1.7B）。
中國醫(yī)科大學(xué)博士學(xué)位論文14圖1.7TCGA數(shù)據(jù)庫CRC組織種mRNA和lncRNA分析聚類。AmRNAs在534例CRC腫瘤組織及41例癌旁組織中的聚類分析,FC>2，F(xiàn)DR<0.01；BlncRNAs在534例CRC腫瘤組織及41例癌旁組織中的聚類分析,FC>2，F(xiàn)DR<0.01。其次，我們對TCGA數(shù)據(jù)庫中差異表達(dá)的mRNA也進(jìn)行了GO(圖1.8A-C)（P<0.05）及KEGGpathyway（圖1.8D）（P<0.05）分析，結(jié)果顯示其差異表達(dá)的mRNA主要富集通路依然與腫瘤發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)，由此證實我們的分析結(jié)果可信。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Functional role of long non-coding RNA CASC19/miR-140-5p/CEMIP axis in colorectal cancer progression in vitro[J]. Xiao-Dong Wang,Jian Lu,Yun-Shou Lin,Chao Gao,Feng Qi. World Journal of Gastroenterology. 2019(14)
[2]Significance of Bcl-xL in human colon carcinoma[J]. You-Li Zhang, Li-Qun Pang, Ying Wu, Xiao-Yan Wang, Chong-Qiang Wang, Yu Fan Department of Gastroenterology, Affiliated Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang 212001, Jiangsu Province, China Department of General Surgery, Affiliated Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang 212001, Jiangsu Province, China Cancer Institute, Department of Chemotherapy, Affiliated People’s Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang 212002, Jiangsu Province, China. World Journal of Gastroenterology. 2008(19)
本文編號：3057700
【文章來源】：中國醫(yī)科大學(xué)遼寧省
【文章頁數(shù)】：127 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
KEGGpathyway分析
中國醫(yī)科大學(xué)博士學(xué)位論文13圖1.6lncRNAs轉(zhuǎn)錄本在CRC組織及配對癌旁組織中表達(dá)水平。用qRT-PCR檢測12個lncRNA轉(zhuǎn)錄本在10例CRC患者配對組織中的表達(dá)水平，PVT1為質(zhì)控組，*P<0.05。其次，我們發(fā)現(xiàn)在驗證的12個lncRNAs中ENST00000456532.1(LINC02595)在這10例CRC患者腫瘤組織中的表達(dá)差異最為顯著。這些結(jié)果說明LINC02595可能在CRC的發(fā)生、發(fā)展進(jìn)程中扮演重要角色。3.4LINC02595在TCGA數(shù)據(jù)庫CRC患者組織的表達(dá)特征首先，我們從TCGA數(shù)據(jù)庫中下載了506例CRC患者（包含534個腫瘤組織和41個配對的癌旁組織）的RNA-seq數(shù)據(jù)及完整的臨床信息數(shù)據(jù)，通過R語言及perl語言程序?qū)υ紨?shù)據(jù)分析，結(jié)果顯示869個表達(dá)上調(diào)的mRNAs和756個表達(dá)下調(diào)的mRNAs（FC>2，F(xiàn)DR<0.01）（圖1.7A）,同時分析結(jié)果顯示622個lncRNAs表達(dá)上調(diào)和201lncRNAs表達(dá)下調(diào)（FC>2，F(xiàn)DR<0.01）(圖1.7B）。
中國醫(yī)科大學(xué)博士學(xué)位論文14圖1.7TCGA數(shù)據(jù)庫CRC組織種mRNA和lncRNA分析聚類。AmRNAs在534例CRC腫瘤組織及41例癌旁組織中的聚類分析,FC>2，F(xiàn)DR<0.01；BlncRNAs在534例CRC腫瘤組織及41例癌旁組織中的聚類分析,FC>2，F(xiàn)DR<0.01。其次，我們對TCGA數(shù)據(jù)庫中差異表達(dá)的mRNA也進(jìn)行了GO(圖1.8A-C)（P<0.05）及KEGGpathyway（圖1.8D）（P<0.05）分析，結(jié)果顯示其差異表達(dá)的mRNA主要富集通路依然與腫瘤發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)，由此證實我們的分析結(jié)果可信。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Functional role of long non-coding RNA CASC19/miR-140-5p/CEMIP axis in colorectal cancer progression in vitro[J]. Xiao-Dong Wang,Jian Lu,Yun-Shou Lin,Chao Gao,Feng Qi. World Journal of Gastroenterology. 2019(14)
[2]Significance of Bcl-xL in human colon carcinoma[J]. You-Li Zhang, Li-Qun Pang, Ying Wu, Xiao-Yan Wang, Chong-Qiang Wang, Yu Fan Department of Gastroenterology, Affiliated Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang 212001, Jiangsu Province, China Department of General Surgery, Affiliated Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang 212001, Jiangsu Province, China Cancer Institute, Department of Chemotherapy, Affiliated People’s Hospital of Jiangsu University, Zhenjiang 212002, Jiangsu Province, China. World Journal of Gastroenterology. 2008(19)
本文編號：3057700
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