轉(zhuǎn)錄因子的篩選是基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究的重要環(huán)節(jié)。通常人們通過(guò)候選轉(zhuǎn)錄因子基序（motif）結(jié)構(gòu)域的DNA結(jié)合序列是否存在于靶基因啟動(dòng)子而進(jìn)行篩選�；虮磉_(dá)相關(guān)性是發(fā)現(xiàn)基因間相互作用的一種有效手段。利用已有的多種人類(lèi)基因組轉(zhuǎn)錄組公共數(shù)據(jù)庫(kù),通過(guò)對(duì)已知轉(zhuǎn)錄因子與靶基因共轉(zhuǎn)錄關(guān)系分析,本研究發(fā)現(xiàn),腫瘤細(xì)胞系大百科全書(shū)（CCLE）基因共轉(zhuǎn)錄相關(guān)系數(shù)可作為篩選候選轉(zhuǎn)錄（抑制和激活）因子的新方法。對(duì)所挖掘出的7個(gè)與EZH2基因轉(zhuǎn)錄高度相關(guān)的候選轉(zhuǎn)錄因子（TCF7L2、PML、TBP、PHF8、RBBP5、MYBL2、NRF1）進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)PHF8和NRF1過(guò)表達(dá)（或敲降）確實(shí)促進(jìn)（或抑制）EZH2基因轉(zhuǎn)錄;染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)和熒光素酶報(bào)告基因結(jié)果亦證實(shí),PHF8和NRF1能夠結(jié)合EZH2基因啟動(dòng)子DNA,提示PHF8和NRF1可能是EZH2基因的轉(zhuǎn)錄因子。 

【文章來(lái)源】：中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2020,36(06)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：9 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 基因轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)的下載與歸一化處理
    1.2 基因共轉(zhuǎn)錄相關(guān)系數(shù)矩陣的構(gòu)建方法
    1.3 基因共轉(zhuǎn)錄相關(guān)系數(shù)位置序列矩陣的構(gòu)建方法
    1.4 “已知”轉(zhuǎn)錄因子檢索及處理
    1.5 細(xì)胞來(lái)源與培養(yǎng)
    1.6 小干擾RNA轉(zhuǎn)染
    1.7 過(guò)表達(dá)質(zhì)粒構(gòu)建與轉(zhuǎn)染
    1.8 qRT-PCR方法和引物序列
    1.9 分析TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中結(jié)腸癌與切緣正常組織基因表達(dá)量
    1.10 免疫印跡分析
    1.11 染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)（ChIP）
    1.12 熒光素酶報(bào)告基因檢測(cè)
    1.13 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法
2 結(jié)果
    2.1 基因轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)集整理和共轉(zhuǎn)錄相關(guān)系數(shù)矩陣的建立
    2.2 “已知”轉(zhuǎn)錄因子與其靶基因之間存在明確的共轉(zhuǎn)錄關(guān)系
    2.3 EZH2新轉(zhuǎn)錄因子初步鑒定
3 討論



本文編號(hào)：3031301