腎細胞癌被認為是泌尿系統(tǒng)發(fā)病率極高的惡性腫瘤,而腎透明細胞癌（kidney renal clear cell carcinoma,KIRC）是腎臟惡性腫瘤最常見的亞型。盡管腎透明細胞癌的治療方法已取得很大進展,但其死亡率仍非常高,尤其是對于晚期/轉(zhuǎn)移性腎透明細胞癌的患者,目前免疫療法和分子靶向藥物的療效并不理想。癌癥相關(guān)的異�？勺兗艚臃治鍪墙陙戆┌Y靶標搜索的重要研究方向�？勺兗艚釉斐僧惓５鞍椎漠a(chǎn)生或過度表達,這些蛋白調(diào)控細胞周期、細胞凋亡等生命過程,從而導致癌癥的發(fā)生和發(fā)展,但目前缺乏關(guān)于可變剪接對腎透明細胞癌影響的全面分析。因此為了改善腎透明細胞癌患者的治療效果,進一步完善用于腎透明細胞癌患者的預后預測和治療的生物標志物,以供潛在的診斷性治療靶點篩選以KIRC治療,本論文針對與KIRC相關(guān)的可變剪接同工型并對其功能作用進行了深入探究,主要分為以下三個方面的內(nèi)容。首先,為篩選KIRC中癌旁與癌癥樣本之間差異可變剪接事件（Different alternative splicing events,DASEs）,本論文基于TCGA提供的RNA-Seq數(shù)據(jù)將252個樣本納入本次研究隊列,在... 

【文章來源】：哈爾濱工業(yè)大學黑龍江省 211工程院校 985工程院校

【文章頁數(shù)】：62 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

SpliceSeq評估的剪接事件類型[38]

哈爾濱工業(yè)大學理學碩士學位論文16一個基因包含多種AS組合的形式為富集轉(zhuǎn)錄組功能多樣性提供了巨大的潛力。圖2-1KIRC中檢測到的可變剪接事件(n=35436)本論文為獲得可靠的AS事件，經(jīng)過嚴格篩選后的結(jié)果如表2-2所示，一共從10205個基因中獲得34978個AS事件，其中ES占比最多，而ME最少，這與先前的研究結(jié)果保持一致。表2-2篩選前后7種可變剪接事件所含數(shù)量SplicetypeBeforefilterAfterfilterRatioAA3821304079.6%AD3270247175.6%AP9509642767.6%AT8632604470.0%ES181171445679.8%ME23515666.4RI2831238484.2%注釋：Splicetype：剪接類型；Beforefilter：篩選前對應可變剪接事件所含數(shù)量；Afterfilter：篩選后對應可變剪接事件所含數(shù)量；Ratio：篩選后可變剪接事件數(shù)量占篩選前數(shù)量的比例。2.3.3DASE識別結(jié)果為確定KIRC特異的AS事件，本論文比較了39個配對腫瘤與癌旁組織之間的PSI值，最終從502個基因中初步篩選到了604個DASE事件(如圖2-2A），占篩選的KIRCAS總事件的1.70%，其中有353個在癌組織種上調(diào)，有251個在癌組織中下調(diào)，如圖2-2B所示。DASEs包括11個AA，16個AD，357個AP，118個AT，70個ES，3個ME，29個RI。盡管在KIRC隊列中檢測到ME事件，但

KIRC中DASE的識別結(jié)果


本文編號：3017852