腎細(xì)胞癌被認(rèn)為是泌尿系統(tǒng)發(fā)病率極高的惡性腫瘤,而腎透明細(xì)胞癌（kidney renal clear cell carcinoma,KIRC）是腎臟惡性腫瘤最常見(jiàn)的亞型。盡管腎透明細(xì)胞癌的治療方法已取得很大進(jìn)展,但其死亡率仍非常高,尤其是對(duì)于晚期/轉(zhuǎn)移性腎透明細(xì)胞癌的患者,目前免疫療法和分子靶向藥物的療效并不理想。癌癥相關(guān)的異常可變剪接分析是近年來(lái)癌癥靶標(biāo)搜索的重要研究方向�？勺兗艚釉斐僧惓５鞍椎漠a(chǎn)生或過(guò)度表達(dá),這些蛋白調(diào)控細(xì)胞周期、細(xì)胞凋亡等生命過(guò)程,從而導(dǎo)致癌癥的發(fā)生和發(fā)展,但目前缺乏關(guān)于可變剪接對(duì)腎透明細(xì)胞癌影響的全面分析。因此為了改善腎透明細(xì)胞癌患者的治療效果,進(jìn)一步完善用于腎透明細(xì)胞癌患者的預(yù)后預(yù)測(cè)和治療的生物標(biāo)志物,以供潛在的診斷性治療靶點(diǎn)篩選以KIRC治療,本論文針對(duì)與KIRC相關(guān)的可變剪接同工型并對(duì)其功能作用進(jìn)行了深入探究,主要分為以下三個(gè)方面的內(nèi)容。首先,為篩選KIRC中癌旁與癌癥樣本之間差異可變剪接事件（Different alternative splicing events,DASEs）,本論文基于TCGA提供的RNA-Seq數(shù)據(jù)將252個(gè)樣本納入本次研究隊(duì)列,在... 

【文章來(lái)源】：哈爾濱工業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校 985工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】：62 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

SpliceSeq評(píng)估的剪接事件類(lèi)型[38]

哈爾濱工業(yè)大學(xué)理學(xué)碩士學(xué)位論文16一個(gè)基因包含多種AS組合的形式為富集轉(zhuǎn)錄組功能多樣性提供了巨大的潛力。圖2-1KIRC中檢測(cè)到的可變剪接事件(n=35436)本論文為獲得可靠的AS事件，經(jīng)過(guò)嚴(yán)格篩選后的結(jié)果如表2-2所示，一共從10205個(gè)基因中獲得34978個(gè)AS事件，其中ES占比最多，而ME最少，這與先前的研究結(jié)果保持一致。表2-2篩選前后7種可變剪接事件所含數(shù)量SplicetypeBeforefilterAfterfilterRatioAA3821304079.6%AD3270247175.6%AP9509642767.6%AT8632604470.0%ES181171445679.8%ME23515666.4RI2831238484.2%注釋?zhuān)篠plicetype：剪接類(lèi)型；Beforefilter：篩選前對(duì)應(yīng)可變剪接事件所含數(shù)量；Afterfilter：篩選后對(duì)應(yīng)可變剪接事件所含數(shù)量；Ratio：篩選后可變剪接事件數(shù)量占篩選前數(shù)量的比例。2.3.3DASE識(shí)別結(jié)果為確定KIRC特異的AS事件，本論文比較了39個(gè)配對(duì)腫瘤與癌旁組織之間的PSI值，最終從502個(gè)基因中初步篩選到了604個(gè)DASE事件(如圖2-2A），占篩選的KIRCAS總事件的1.70%，其中有353個(gè)在癌組織種上調(diào)，有251個(gè)在癌組織中下調(diào)，如圖2-2B所示。DASEs包括11個(gè)AA，16個(gè)AD，357個(gè)AP，118個(gè)AT，70個(gè)ES，3個(gè)ME，29個(gè)RI。盡管在KIRC隊(duì)列中檢測(cè)到ME事件，但

KIRC中DASE的識(shí)別結(jié)果


本文編號(hào)：3017852