【摘要】：背景:甲狀腺癌是一種常見的內(nèi)分泌系統(tǒng)惡性腫瘤,近年來,因超聲等影像檢查在甲狀腺體檢中的常規(guī)應(yīng)用,亞臨床型甲狀腺腫瘤的患者明顯增加,甲狀腺癌也因此成為增長最快的腫瘤之一。其中,甲狀腺乳頭狀癌占所有甲狀腺癌的80%以上,引起了人們的廣泛關(guān)注。近些年來,長鏈非編碼RNA(lncRNA)在腫瘤生物學(xué)研究中占據(jù)越來越重要的地位。關(guān)于lncRNA具有促癌或抑癌的作用,以及在轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控蛋白的表達(dá)的研究報告屢見不鮮,lncRNA作為生物標(biāo)志物可在惡性腫瘤診斷和預(yù)后中發(fā)揮作用。然而,lncRNA在甲狀腺乳頭狀癌中的作用卻較少報道。目的:篩選和研究甲狀腺乳頭狀癌差異表達(dá)lncRNA及相關(guān)mRNA,探索其在甲狀腺乳頭狀癌發(fā)生發(fā)展中的功能,以及與患者臨床特征的相關(guān)性,為甲狀腺乳頭狀癌中l(wèi)ncRNA的作用研究奠定基礎(chǔ)。方法:應(yīng)用二代高通量測序方法檢測甲狀腺乳頭狀癌和癌旁組織中l(wèi)ncRNA和mRNA表達(dá)譜的差異,根據(jù)表達(dá)量的p值挑選差異基因,并應(yīng)用定量PCR的方法驗(yàn)證確定。檢測下調(diào)表達(dá)lncRNA NONHSAT076749對甲狀腺乳頭狀癌細(xì)胞增殖、遷移和侵襲功能的影響。分析差異基因參與的信號通路,同時計算差異lncRNA與差異mRNA的相關(guān)關(guān)系,通過分析共表達(dá)的mRNA解析lncRNA的潛在功能。結(jié)合患者的臨床特征,分析差異基因的在不同臨床分組中的分布,驗(yàn)證臨床特征相關(guān)性lncRNA。檢測甲狀腺乳頭狀癌組織中BRAF V600E突變狀態(tài),分析BRAF突變相關(guān)性的差異lncRNA表達(dá)及功能。結(jié)果:在12對測序樣本中,相對于癌旁組織,RNA-seq檢測發(fā)現(xiàn)半數(shù)以上甲狀腺乳頭狀癌標(biāo)本中共有188個差異表達(dá)lncRNA和505個差異表達(dá)mRNA(差異倍數(shù)2,p0.05)。在31對驗(yàn)證標(biāo)本中,應(yīng)用定量PCR方法確定了 47個lncRNA和39個mRNA的表達(dá)差異。差異表達(dá)lncRNA NONHSAT076749下調(diào)表達(dá)后,對PTC細(xì)胞體外增殖、遷移和侵襲能力無明顯影響。本研究分析了差異lncRNA與mRNA的共相關(guān)關(guān)系,并構(gòu)建了共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖。進(jìn)一步分析表明這些差異lncRNA主要通過調(diào)控共表達(dá)的mRNA,影響其參與的ECM-receptor interactions 和 focal adhesion pathway 等信號通路,調(diào)控甲狀腺乳頭狀癌的發(fā)生發(fā)展。結(jié)合臨床病理特征發(fā)現(xiàn),lncRNA在甲狀腺乳頭狀癌中存在差異性分布,差異lncRNA主要集中在淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移組或非微小癌組。lncRNA NONHSAT076747、NONHSAT122730和 NONHSAT007318等9個lncRNA是淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān)lncRNA;而lncRNANONHSAT130622的表達(dá)與腫瘤大小呈負(fù)相關(guān)。比較分析BRAF基因突變組和野生組間的lncRNA表達(dá)差異,建立BRAF突變相關(guān)lncRNA表達(dá)亞譜。在PTC細(xì)胞中,干擾BRAF基因表達(dá)可調(diào)控BRAF突變相關(guān)lncRNA的表達(dá)。進(jìn)一步分析顯示這些BRAF突變相關(guān)基因多數(shù)富集在p53信號通路。結(jié)論:本研究應(yīng)用第二代高通量測序檢測方法和生物信息學(xué)的分析方法,解析了甲狀腺乳頭狀癌lncRNA表達(dá)譜的變化,為甲狀腺乳頭狀癌的轉(zhuǎn)錄組信息特征提供了新的內(nèi)容和觀點(diǎn)。甲狀腺乳頭狀癌相關(guān)的NONHSAT130622、NONHSAT076747和NONHSAT122730等lncRNA,在PTC的診斷和治療方面具有潛在的靶點(diǎn)作用。BRAF突變相關(guān)的lncRNA差異表達(dá)的發(fā)現(xiàn)對甲狀腺乳頭狀癌分子分型具有重要價值。
[Abstract]:BACKGROUND: Thyroid carcinoma is a common malignant tumor of endocrine system. In recent years, due to the routine application of ultrasonography and other imaging examinations in thyroid physical examination, the number of patients with subclinical thyroid tumors has increased significantly, and thyroid cancer has become one of the fastest-growing tumors. In recent years, long-stranded non-coding RNA (lncRNA) has been playing an increasingly important role in tumor biology. Recent reports on the role of lncRNA in promoting or inhibiting cancer and the expression of regulatory proteins at the transcriptional level are common. As a biomarker, lncRNA can be used in the diagnosis and treatment of malignant tumors. Objective: To screen and study the differentially expressed lncRNA and its related mRNA in papillary thyroid carcinoma, and to explore its function in the development of papillary thyroid carcinoma and its correlation with clinical features. Methods: The expression profiles of lncRNA and mRNA in papillary thyroid carcinoma and adjacent tissues were detected by second-generation high-throughput sequencing, and the differentially expressed genes were selected according to the p-value of the expression, and confirmed by quantitative PCR. The proliferation and migration of papillary thyroid carcinoma cells were detected by down-regulating the expression of lncRNA NONHSAT076749. Effects of different genes on migration and invasion function were analyzed.The correlation between differential lncRNA and differential mRNA was calculated.The potential function of the co-expressed mRNA was analyzed.The distribution of differential genes in different clinical groups was analyzed according to the clinical characteristics. Results: In 12 pairs of sequencing samples, 188 differentially expressed lncRNA and 505 differentially expressed mRNAs were detected by RNA-seq in more than half of the specimens of papillary thyroid carcinoma (P 0, P 2). 05). Among 31 pairs of validated specimens, 47 lncRNA and 39 mRNA expression differences were determined by quantitative PCR. The down-regulated expression of differentially expressed lncRNA NONHSAT076749 had no significant effect on the proliferation, migration and invasion of PTC cells in vitro. One step analysis showed that these differentially expressed lncRNA mainly regulated the development of papillary thyroid carcinoma by regulating co-expressed mRNA, affecting the ECM-receptor interactions and focal adhesion pathways. Nine lncRNAs, such as lncRNA NONHSAT076747, NONHSAT122730 and NONHSAT007318, are lymph node metastasis-related lncRNA, while the expression of lncRNA NONHSAT130622 is negatively correlated with tumor size. RNA expression profiles. Interference with BRAF gene expression regulates the expression of BRAF mutation-related lncRNA in PTC cells. Further analysis revealed that most of these BRAF mutation-related genes were enriched in the p53 signaling pathway. Conclusion: In this study, the second-generation high-throughput sequencing and bioinformatics methods were used to analyze LN in thyroid papillary carcinoma. The changes of cRNA expression profiles provide new insights into the characteristics of transcriptome information in papillary thyroid carcinoma. Molecular typing of papillary carcinoma of the prostate is of great value.
【學(xué)位授予單位】：浙江大學(xué)
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R736.1

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本文編號：2243267