本文選題：頭頸鱗狀細(xì)胞癌 + 相互作用網(wǎng)絡(luò)　； 參考：《南方醫(yī)科大學(xué)》2017年碩士論文

【摘要】：90%以上的頭頸腫瘤為頭頸鱗狀細(xì)胞癌。全球每年約有50多萬(wàn)新發(fā)的頭頸鱗狀細(xì)胞癌患者,而每年因頭頸鱗狀細(xì)胞癌死亡的患者有20萬(wàn)左右[1,2]。其中頭頸鱗狀細(xì)胞癌的治療方式以手術(shù)治療為主,輔以放療、化療及分子靶向治療等[3]。盡管許多的治療手段在不斷的更新和進(jìn)步,但是頭頸鱗狀細(xì)胞癌患者五年的總生存率并沒(méi)有得到明顯的改善,維持在50%左右。患者如果出現(xiàn)病灶的遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移,那五年生存率則下降至20%左右[4],嚴(yán)重危害人類的健康和生命。因此,本文利用生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)頭頸鱗狀細(xì)胞癌中基因從分子水平進(jìn)行研究,為了解頭頸鱗狀細(xì)胞癌的發(fā)病機(jī)制和臨床預(yù)防和抑制頭頸鱗狀細(xì)胞癌提供有效措施和方法。生物信息學(xué)是一個(gè)涉及多個(gè)領(lǐng)域的交叉學(xué)科,其核心內(nèi)容之一是研究基因表達(dá)調(diào)控的內(nèi)在機(jī)制,揭示人類疾病的本質(zhì)規(guī)律,為更快速、準(zhǔn)確的診斷和有效治療疾病創(chuàng)造條件。本研究旨在對(duì)基因芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析找到與頭頸鱗狀細(xì)胞癌發(fā)生發(fā)展相關(guān)的差異基因和其功能。首先我們從GEO(Gene Expression Omnibus)數(shù)據(jù)庫(kù)下載基因表達(dá)譜GSE6791[5],其包括42個(gè)頭頸鱗狀細(xì)胞癌和與正常的癌旁組織。與正常組織相比,結(jié)合Bioconductor中的Affy包和根據(jù)其注釋平臺(tái)通過(guò)Affy芯片探針注釋文件對(duì)探針?biāo)綌?shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理后,用R語(yǔ)言中的limma包對(duì)預(yù)處理過(guò)后的表達(dá)矩陣進(jìn)行差異基因?qū)ふ?｜logFC｜l,p0.05)。然后用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)上調(diào)和下調(diào)的差異基因進(jìn)行GO功能注釋和KEGG通路分析差異基因的生物學(xué)功能和涉及的信號(hào)通路,然后應(yīng)用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)差異基因(綜合分?jǐn)?shù)≥0.8)構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖,通過(guò)Cytoscape軟件將其可視化,利用MCODE插件對(duì)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行模塊分析,并對(duì)不同的模塊進(jìn)行GO功能注釋和KEGG通路分析。最后,根據(jù)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治?節(jié)點(diǎn)度)選取蛋白互作網(wǎng)絡(luò)中重要的核心蛋白,通過(guò)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)驗(yàn)證這些核心基因的表達(dá)水平是否與頭頸鱗狀細(xì)胞癌生存預(yù)后有明顯的相關(guān)性。通過(guò)上述方法,我們得到811個(gè)差異基因,其中有550個(gè)是表達(dá)上調(diào)的,而261個(gè)表達(dá)下調(diào)。GO功能注釋和KEGG通路分析顯示這些差異基因主要富集在蛋白酶體和ECM-受體相互作用通路中。用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)將符合標(biāo)準(zhǔn)的差異基因構(gòu)建成蛋白互作網(wǎng)絡(luò)后,利用MCODE插件得出三個(gè)重要的模塊,而它們主要富集在蛋白酶體和ECM-受體相互作用通路中。在蛋白互作網(wǎng)絡(luò)中,根據(jù)節(jié)點(diǎn)度的大小,我們得到15個(gè)核心蛋白,而這15個(gè)核心蛋白大部分處于上述的模塊中。另外利用TCGA頭頸鱗狀細(xì)胞癌數(shù)據(jù)庫(kù)顯示,4個(gè)mRNA高表達(dá)的核心基因與患者總的生存率有明顯的負(fù)相關(guān)性,如PSMA7,ITGB4,ITGA6和APP。以上研究表明,這4個(gè)核心基因可能通過(guò)上述通路對(duì)頭頸鱗狀細(xì)胞癌發(fā)生發(fā)展起到重要作用,為我們進(jìn)一步研究頭頸鱗狀細(xì)胞癌潛在的機(jī)制提供了的方向,而且這些核心基因也可能成為頭頸鱗狀細(xì)胞癌診斷和治療潛在的靶點(diǎn),當(dāng)然我們?nèi)匀恍枰ㄟ^(guò)進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)研究來(lái)驗(yàn)證我們的結(jié)論。
[Abstract]:More than 90 % of the head and neck cancers are head and neck squamous cell carcinoma . About half a million new head and neck squamous cell carcinoma patients are diagnosed each year , and the patients with squamous cell carcinoma of the head and neck have about 200,000 left and right . Among them , the treatment of head and neck squamous cell carcinoma is mainly surgical treatment , and adjuvant radiotherapy , chemotherapy and molecular targeted therapy . In order to find out the intrinsic mechanism of gene expression regulation and to provide effective measures and methods for the diagnosis and treatment of squamous cell carcinoma of the head and neck . In this paper , we obtained 811 difference genes by using the MCODE plug - in in the interaction of proteasome and ECM - receptor . The results showed that the four core genes were mainly enriched in the interaction pathway of proteasome and ECM - receptor .
【學(xué)位授予單位】：南方醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：R739.91

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前1條

1 Vermorken JB;Mesia R;Rivera F;陸嘉德;;鉑類化療聯(lián)合西妥昔單抗治療轉(zhuǎn)移或復(fù)發(fā)性頭頸部鱗癌[J];中國(guó)癌癥雜志;2009年02期

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本文編號(hào)：2117324