目的本研究的目的是利用轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)開發(fā)牡丹皮SSR分子標記,并對不同群體牡丹進行遺傳多樣性分析,以區(qū)分不同來源的牡丹皮;建立牡丹皮中6種有效成分定量分析方法,以評價其化學質(zhì)量。方法與結(jié)果1.牡丹皮轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析利用Illumina Hiseq高通量測序技術對重慶牡丹皮樣本進行轉(zhuǎn)錄組測序,共獲得84965條Unigene序列。利用MISA軟件對Unigene序列進行分析,鑒定SSR類型,并對SSR位點特征進行分析。從16542條長度大于1000 bp的Unigene序列中鑒定出6235個SSR位點,其中單堿基重復SSR數(shù)量最豐富,占總SSR的67.31%;其次是二堿基和三堿基重復SSR,分別占20.03%和11.73%;四堿基、五堿基和六堿基重復SSR數(shù)量很少,總共占0.93%。2.牡丹皮SSR分子標記開發(fā)基于轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)開發(fā)牡丹皮SSR分子標記。從6235個SSR位點中按照一定標準篩選引物,篩選后的引物隨機抽取132對,以重慶產(chǎn)地的牡丹皮為材料進行試驗,檢測到83對可有效擴增的SSR引物,擴增效率為62.88%,其中10對引物（P1^P10）為多態(tài)性引物。1... 

【文章來源】：西南大學重慶市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：98 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

Unigene長度分布圖

西南大學碩士學位論文取下凝膠，用一級水漂洗 2 次，每次 5 分鐘；膠轉(zhuǎn)移到顯影液（4℃預冷）中，放置在低速搖床上輕輕搖膠用一級水迅速漂洗 1 次，室溫干燥后統(tǒng)計 DNA 條帶數(shù)目結(jié)果物設計從牡丹皮轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫得到的6235個SSR位點中篩選并合于后續(xù)試驗研究。引物具體信息見附錄。基因組 DNA 提取與檢測良的 CTAB 法成功提取牡丹皮基因組 DNA，獲得白色、半脂糖凝膠電泳檢測結(jié)果如圖 2-1 所示，DNA 條帶較清晰，求。

圖 2-2 SSR 引物篩選Figure 2-2 Selections of SSR primers注：M: BM 2000 DNA Marker; 1-10: 樣本編號Note: M: BM 2000 DNA Marker;1-10: The No.of samples物篩選4 份牡丹皮樣本，對初步篩選得到的 83 對可擴增引物進行再次篩選聚丙烯酰胺凝膠電泳結(jié)合銀染檢測引物多態(tài)性，共篩選到 10 對R 引物。圖 2-3 為部分引物擴增的電泳圖譜；表 2-3 為 10 對多態(tài)。

【參考文獻】：
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本文編號：3585934